アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
今年もNGSハンズオン講習会
去年、講師・TAを担当させていただいたNGSハンズオン講習会で、今年もNGS解析を担当させていただきます!
平成28年度NGSハンズオン講習会

去年担当させていただいた科目は、PythonやPerlなどのプログラミングとNGS解析の一部(NGS基礎・Reseq解析)でしたが、今年はプログラミング講座のかわりにRNA-seqとChIP-seqをさせていただくことになりました。
去年から引き続き担当させていただいている科目につきましては、内容のブラッシュアップや増量にも取り組みました。

アメリエフ担当科目は来週からの開催です。今年はなんと、講師とTAを社員が日替わりで務めます。
はじめての試みですので不慣れな点も多いかと思いますが、気を引き締めて精一杯務めさせていただきます。
会場で、受講される方とお会いするのを楽しみにしています!
| kubo | 会社のこと | 14:52 | comments(0) | - |
7周年記念
みなさまのご支援を賜りまして、今年の7月1日でアメリエフは設立7周年を迎えました。
今後とも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。


アメリエフ社員にとっては、7月1日はおいしいものを食べられる日ということになっています。
今年はウナギを食べました。ウナギがおいしすぎて、食べることに熱中するあまり全員無言で食事をする静かな時間でした。
7周年目うなぎ

7月に入り暑さが加速するような日々ですが、みなさまも熱中症などにはお気を付けてください。
| kubo | 会社のこと | 11:38 | comments(0) | - |
はじめまして
5月からアメリエフに入社しましたhachikuboです。
アメリエフでは、総務、経理、人事などのバックオフィス全般を担当します。

10年以上前に大学の生物学科を卒業しましたワーキングマザーです。
大学卒業後、営業、研究補助、経理、労務など様々な仕事に携わってきました。
アメリエフでは、いままでの経験を活かして、社員の皆さんが少しでも働きやすい環境を作っていけたらと思います。

よろしくお願い致します。
| hachikubo | 会社のこと | 14:51 | comments(0) | - |
HISAT2
RNA-seqのアライメントツールHISAT2についてご紹介します。

HISAT2は、当ブログ内でもたびたびご紹介してるTopHat2開発グループが作った、TopHat2の後継ソフトです。
TopHat2より速いしメモリもそんなに使わないとアピールしています。

ゲノムに対して小さなインデックスを細かく、たくさん作成することで効率的なマッピングをするということだそうです。

私はLinux環境で使うので、Linux用バイナリをダウンロードしてきて使ってみました。バージョンは2.0.4でした。
zipファイルを解凍したら、新しく作成されたディレクトリ内の"hisat2"、"hisat2-build"、"hisat2-inspect"をパスの通ったところに追加します。Bowtie2と同じ手順です。私の場合は/usr/local/binです。
$ cd hisat2-2.0.4
$ sudo ln -s /path/to/hisat2 /usr/local/bin/
(以下同)

本体の次はゲノムとインデックスを準備します。
手元のリファレンスゲノムからhisat2-buildで自分でビルドすることもできるようですが、GRCh38やhg19、その他メジャーなゲノムについては、インデックスを一緒に配布してくれているので、そこからダウンロードすればいいですね。既知のtranscriptやSNPを使用してビルドしたインデックスもあり、そちらを使用したほうがうまくマッピングできるようです。

あとはマッピングするだけです。

ところで、名前が紳士服と関係なくなってしまったのが少し残念ですね。
最初のころ、RNA-seq関連のソフトウェアが紳士服と関係あることにしばらく気づいていなかった社員のつぶやきでした。
| kubo | バイオインフォマティクス | 14:44 | comments(0) | - |
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