アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
STARとCufflinks
RNA-seq解析におけるマッピングソフトウェアの選択肢は、TopHat一強から、STARもずいぶん多く使われるようになってきました。
性能や速度から、STAR一択! と言い切る人もいますが、まだ根強くTopHatユーザもいるという印象です。

マッピングは解析の中でも、非常に重要ですが、実行時間がボトルネックということも多いので、マッピングソフトウェアの速度や精度は非常に気になるところですね。

STARでマッピングした後は、遺伝子発現解析を行うと思いますが、Cufflinksを使用される際は、「--outSAMstrandField intronMotif」オプションでXSタグを付ける必要があります。
※STARのバージョンは2.5.1bです。

■コマンド例

$ STAR --genomeDir /path/to/STARIndex/ --runThreadN 3 --sjdbGTFfile genes.gtf --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outFileNamePrefix samplename --outSAMstrandField intronMotif --readFilesCommand zcat --readFilesIn sample_1.fastq.gz sample_2.fastq.gz

■その他のオプションの説明


--outSAMtype BAM SortedByCoordinate
デフォルトでは出力ファイル形式がSAMなので、BAMファイルで出力します。SortedByCoordinateと指定しているので、染色体のポジションでソートされて出力されます。
--readFilesCommand zcat
入力fastqファイルをSTARで処理する前に実行するコマンドを指定できます。今回使用しているfastqファイルはgz圧縮しているので、zcatでファイルを解凍した結果をSTARで処理しています。
| kubo | バイオインフォマティクス | 14:26 | comments(0) | - |
本社移転のお知らせ
この度、業務拡大に伴い、2016年4月18日(月)より下記の通り本社を移転する運びとなりました。つきましては、移転に伴い、住所、電話番号、FAX番号が変更となりますので、恐れ入りますが、お取り計らいの程よろしくお願い申し上げます。
なお、現住所、電話番号でのお問い合わせは2016年4月15日(金)13:00までとなります。

■新住所
業務開始:2016年4月18日(月)9:00から
住所:〒108-0014 東京都港区芝4-12-2 クロスサイド田町ビル6階
TEL:03-6459-4508
FAX:03-6459-4506

最寄り駅:JR山手線 田町駅 三田口(西口)より徒歩6分
     都営三田線 三田駅 A9出口より徒歩2分
     都営浅草線 三田駅 A6出口より徒歩3分

今後とも、社員一同業務に精励いたしますので、一層のご愛顧を賜りますようお願い申し上げます。
| ymm | 会社のこと | 15:28 | comments(0) | - |
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