アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
お花見メタゲノムに参加します!
東京に開花予想が出た頃、お花見メタゲノムプロジェクトの採取キットが届きました!


個人で参加するので解析まではお手伝いできないかもしれませんが、これを機にメタゲノム解析について少しでも勉強できればいいなと思っています。

サンプルの採取場所は、自宅近くの目黒川沿いにする予定です。
あの綺麗な満開の花に、どんな細菌がうようよいるのでしょう。ゾクゾクします。

最後に、私の好きな都々逸をご紹介します。

お酒呑む人 花なら桜
今日もさけさけ 明日もさけ


いよっ!粋ですね。それでは皆様も良いお花見を。
| hat | バイオインフォマティクス | 14:21 | comments(0) | - |
春ですね
冷え性の私は、春が来て暖かくなって過ごしやすくなったとのんきに浮かれていますが、花粉症のひとは苦しそうです。と、他人事のように言っていますが、実は私も目がかゆいです。

とまあ良いことばかりじゃありませんが、やはり春の訪れは気分が浮き立ちます。

先日、家の近所で、早咲きの桜(種類は不明)をメジロがつついていました。
誰の本だったか、スズメは桜を花ごとを食いちぎってしまうので花が荒らされるが、メジロは桜の蜜をなめるだけ、と書いてあったのを思い出し、自分の目で見られてなんとなく嬉しくなりました。
いよいよ春だなあ、などと思っているうちに、先週の土曜日に春分を迎え、東京でもソメイヨシノの開花が発表されました。

桜が咲いて、随所でお花見が企画されているのではないかと思いますが、余裕がありましたら、地面を見てみてください。桜が花びらではなく、花ごと落ちていたらたぶんスズメの仕業です。
| kubo | よもやま話 | 14:56 | comments(0) | - |
RSQLite依存パッケージインストールのエラーについて
ある環境で使用していたとあるBioconductorパッケージを、別の環境でも使うためインストールしようとしたらエラーが出ました。
具体的にはggbioとbiovizBase、他にもhatさんご紹介のReactomePAもダメでした。

エラー文を見てみると、「RSQLite」パッケージの名前が出てきます。
調べたところ、どうやらこのRSQLiteパッケージは昨年10月にアップデートされています。その結果、RSQLiteに依存しているパッケージに影響があったようです。

最新のR-3.1以降のバージョンで使えるbiocLiteでは、既にこの問題に対応済みのパッケージをインストールできるようです。
これ以前のバージョンのRでは、既にインストール済みのパッケージは(何かのはずみでRSQLiteをバージョンアップしない限り)動作に問題がありませんが、新しくRSQLiteに依存しているパッケージをインストールすることができないようです。

今まで問題なかったものが、突然うまくいかなくなると焦りますね。
私の場合は、最新のバージョンのRを使うことにしました。
| kubo | 統計解析ソフトR | 15:18 | comments(0) | - |
ReactomePAを使ってみた
パスウェイデータベースReactomeをRから操作できるBioconductorパッケージ、ReactomePAを使ってみました。

インストール
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("ReactomePA")

テスト実行
> library(ReactomePA)
> library(DOSE)
> data(geneList)
> de <- names(geneList)[abs(geneList)>1]
> require(ReactomePA)
> x <- enrichPathway(gene=de, pvalueCutoff=0.05, readable=T)
> barplot(x, showCategory=8)
遺伝子のパスウェイ解析をする時に便利そうです。
| hat | バイオインフォマティクス | 17:23 | comments(0) | - |
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