アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
年末年始休業 / 全社研修による休業のお知らせ
平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。
年末年始と全社研修による休業および営業日についてお知らせいたします。

【休業期間】
2014年12月27日(土)〜2015年1月4日(日)まで
2015年1月5日(月)10:00〜18:00
【営業開始】
2015年1月6日(火)より通常営業


1月5日は社内研修のため、お問い合わせにつきましては、6日以降に順次対応させていただきます。
ご不便をおかけ致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願いいたします。

また、この一年のご愛顧に心より感謝とお礼を申し上げます。
来年も皆様にとって、すばらしい年となることを社員一同お祈り申し上げます。

アメリエフ株式会社 社員一同
| kubo | 会社のこと | 16:45 | comments(0) | - |
フリーソフトではじめるChIP-seq解析
第40回勉強会他で使用した「フリーソフトではじめるChIP-seq解析」の資料をSlideShareにアップロードしました。
次世代シーケンスリードのQCから、ゲノムマッピング、ChIP-seqピーク検出ソフトMACSの使い方まで、コマンドを交えてご紹介しています。


解析をご検討されている方は、弊社Webサイトの受託解析を、
ご自身で解析したい方は、トレーニングや、NGS解析サーバを、
ぜひ一度ご覧くださいおてんき
| hat | 勉強会 | 10:44 | comments(0) | - |
ホームページリニューアルのお知らせ
日頃より、「アメリエフのブログ」をご愛読いただきありがとうございます。
本日、弊社ホームページ(http://amelieff.jp/)のリニューアルを行いましたのでお知らせいたします。

リニューアルに伴うトップページアドレスの変更はございませんが、情報の整理・統合を行ったことから一部アドレスが変更となっているページがあります。各ページを「お気に入り」や「ブックマーク」等に登録されている方は、お手数をおかけいたしますが、変更をお願いいたします。

今後とも、内容の充実を図り、お客様に役立つ情報を発信してまいりますので、どうぞよろしくお願いいたします。
| ymm | 会社のこと | 15:57 | comments(0) | - |
乾燥
ブログ執筆陣に「kubo」と「kubor」がいることにはお気づきでしょうか。名前が似ていて紛らわしいですが、社内でもときどき混乱しています。
今回は r がつかないほうのkuboです。毎日寒いですね。

今年の冬は、一気に本格的な寒さへ突入したような印象があります。
私はここ最近、毎朝布団から抜け出るのに苦戦しています。

冬と言えば寒さ以外にも、乾燥という苦難も待ち受けています。
私も毎年手荒れやドライアイなどに悩まされるため、今年も準備万端で冬に臨んでいます。
どこへいくにも目薬とハンドクリームを持ち歩き、洗い物の際は手袋装備です。

社内でも湿度が低くなりがちで、せっせと働いてくれている加湿器に、こちらもせっせと水を補充しています。

乾燥以外にも、一定の湿度はインフルエンザの予防に効果的だともされています。
予防接種は受けていますが、東京都では流行注意報も出ていますので、積極的に加湿して予防に努めています。
みなさまもお気をつけください。
| kubo | よもやま話 | 17:00 | comments(0) | - |
CentOSの2TBの壁
こんにちは。Kitanoです。

突然ですが、皆さんは「CentOSにおける2TBの壁」というものをご存知でしょうか? これは、サーバ構築時やfdiskコマンドによるパーティション作成の際に、2TB以上のパーティションの作成ができないという問題を示した言葉です。
つまり「3TBのHDDを購入しても3TBのまま使えない」と言うことです。
しかし、バイオインフォマティクスにおいてはデータ量が膨大であり、バックアップを取る際など大容量のHDDを必要とする場面が少なくありません。
そのような場合、今回ご紹介する方法であれば、簡単に「2TBの壁」を超えることができます。

その方法とはディスク・ユーティリティによるパーティション作成です。

まず、ディスク・ユーティリティを開きます。
ディスク・ユーティリティはCentOSのGUI操作により開くことができます。
(スタート画面の左上)アプリケーション>システムツール>ディスク・ユーティリティ
次に、ディスク・ユーティリティ内のストレージデバイスに表示されているHDDの中から、使用したいHDDを選択します。
最後に、「ドライブをフォーマット(D)」を選択し「GUIDパーティションテーブル」に指定した後、フォーマットを行います。

これで完了です。ただし、最後の手順の際にHDDをフォーマットするため、データ管理には注意が必要です。
後は、使用したい場所にマウントするだけで、大容量のHDDを使用することができます。

この方法であれば、特別なCUI操作も必要なく、「CUI操作が苦手」と感じておられる方でも比較的簡単に行えるのではないでしょうか。
ぜひお試しください。
| kitanog | システム | 15:56 | comments(0) | - |
第40回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるChIP-seq&メチル化データ解析入門@福岡」開催のお知らせ
12月18日(木)に、福岡朝日ビルB1 15号で開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。
今回の勉強会では、九州大学 生体防御医学研究所の須山先生にご講演いただきます。

これからNGS解析(特にChIP-seqデータ解析とメチル化データ解析)を始めたい方を対象に、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。
九州大学 須山先生には、次世代シーケンサから出力される大規模なデータをどのように解析し、活用するかを豊富なご経験から紹介いただきます。
アメリエフからはChIP-seqデータのデータ解析手法とSeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit(Roche社) を用いてエンリッチメントされたサンプルのシーケンスデータ(illumina社のNGSを使用)のメチル化データ解析手法をご紹介いたします。

詳細はこちらでご確認ください。

お申込はこちら 【お申込み締切:12月16日(火)正午まで】
| kubo | 勉強会 | 11:31 | comments(0) | - |
SeqCap Epi連載[5]|BSMAP methratio.pyでメチル化検出
先日鈴鹿サーキットに初めて行ってきた久保(kubor)です。レーシングカーのスピードもさることながら、時の流れも早いもので、僕がアメリエフに入社して2ヶ月が経ちました。これからもどうぞ、よろしくお願いいたします。

さて、SeqCap Epi連載第5回目の今回は、BSMAP*1でマッピングした結果から、メチル化塩基を検出するPythonスクリプト(methratio.py)を紹介します。BSMAPは次世代シーケンサー(NGS)でバイサルファイトシーケンスを行った結果得られるシーケンスリードをマッピングするためのツールソフトウェアです。このBSMAPについては、前回「SeqCap Epi連載[4]|BSMAPでバイサルファイトシーケンスのマッピング」こちらの記事で紹介致しました。ご興味のある方は併せてお読みいただくと、より解析手順を把握しやすいと思います。
続きを読む >>
| kubor | 次世代シーケンサー解析 | 17:04 | comments(0) | - |
はじめまして
本日より入社いたしました、山本(ymm)と申します。

<自己紹介>

大学時代は政治経済学部にて学びました。
ですので、本日初めて出社し社内のいろいろな情報を拝見し、これまで触れたことのない分野の内容に驚いております。

そんな私がアメリエフ株式会社に興味を持ったのは、「病気の発生に遺伝子の傷が関係している」という研究が進んでいると知人から聞いていたこと、家族をもち健康について感心が高まったこと、仕事とプライベートの両立ができる会社であると思ったことが上げられます。

これまでの仕事を通して、仕事をする上では「知識」は必須ですが、併せて一緒に仕事をする方とのコミュニケーションが重要だと感じておりました。
業務上必要となる専門的な知識はできるだけ身に着けつつも、緊密なコミュニケーションで仕事がスムーズに進むよう頑張りたいと思います。

どうぞよろしくお願いいたします。
| ymm | 会社のこと | 14:28 | comments(0) | - |
VCFのフォーマットに関するブログ記事について
先日、VCF formatの記事に一部誤りがあるとご指摘を受け、記述を訂正いたしました。
VCFのGTに関する解釈についての部分です。

VCFのフォーマットのGTやPLの解釈については、こちらのページ、GTとPLの関係についてはGATKのガイドを参照しています。

当ブログをご覧の皆様にはご迷惑をおかけしまして申し訳ありませんでした。
ブログ記事に関しまして、弊社は極力正しい記載を心がけて参りますが、万一誤記があった場合は、ご指摘いただけましたら幸いです。
| kubo | 次世代シーケンサー解析 | 14:00 | comments(0) | - |
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