アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
findの-execオプション
findコマンドの-execオプションを使うと、findの結果を他のコマンドで実行することができます。

例:現在のディレクトリにある *.gz ファイルを全て解凍する
$ find . -name '*.gz' -exec gunzip {} ¥;

・findの結果が{}に入ります。
・末尾の「¥;」の前には半角空白1つ入れてください。

これは、先日お客様にトレーニングを行っている時に、お客様から教えていただきました。
今までこのような場合はfindの結果をパイプしてxargsに食わせていたのですが、このほうが簡単に書けそうです。

よく使うfindコマンドにこんなオプションがあったとは。
勉強になりました!
| hat | バイオインフォマティクス | 13:43 | comments(0) | - |
JSHG出展のお知らせ
現在船堀にて開催中の日本人類遺伝学会の一般口演で発表いたします。
11月22日(土)9:45〜10:40の、腫瘍遺伝学2のセッションです。
WGSを用いたがん体細胞変異検出について、弊社の社長が発表いたします。
時間制限があるため概要の説明にはなりますが、ぜひお立ち寄りください。


企業ブースも出展中です!
jshg2914
| 管理者 | 学会出展 | 10:51 | comments(0) | - |
アメリクのご紹介
アメリクとは……
アメリク

バイオ研究の解析に使用するソフトや解析手法について、無償で調査するサービスです。
調査結果はアメリエフのブログでご紹介いたします→ソフトの紹介例
「学会で●●というソフトについて聞いたけど、どんなソフトだろう? メリットやデメリットは何だろう?」のような疑問の解決などに、ぜひご利用ください。

申込みフォームはこちら
◇ ブログの公開時期などは、ご希望にそえない場合がございますのでご了承ください。
◇ ご依頼者の許可なく個人情報を第三者に開示することはございません。
| kubo | バイオインフォマティクス | 14:35 | comments(0) | - |
12月上旬に開催!バイオインフォマティクス勉強会のお知らせ
これからNGS解析(特にChIP-seqデータ解析とメチル化データ解析)を始めたい方を対象に、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。今回は特に、SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit(Roche社)を用いてエンリッチメントされたサンプルのシーケンスデータ(illumina社のNGSを使用)のメチル化データ解析手法をご紹介いたします。

東京開催では、まずロシュ・ダイアグノスティックス株式会社のご担当者様から、この製品の特徴などを紹介いただく予定です。
勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す限り、ぜひご参加ください。

《京都開催》
開催日:2014年12月5日(金)15:30〜16:50(受付開始 15:15〜)
場 所ハートピア京都 第3会議室
参加費:1,000円(税込み)

《京都開催》
開催日:2014年12月6日(土)10:30〜11:50(受付開始 10:15〜)
場 所文京区シビック 区民会議室5階 会議室A
参加費:1,000円(税込み)

☆詳細はこちら⇒第38回/第39回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるChIP-seq&メチル化データ解析入門」開催のお知らせ

☆お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/GWUBjk
【お申込み締切:12月4日(木)正午まで】
| akb | 勉強会 | 10:30 | comments(0) | - |
SAM/BAMのフラグの意味を教えてくれるサイト
SAM/BAMのFLAG列には、そのリードまたはペアとなるリードの
マッピング状態に関する情報がビットの和で示されています。

例えばあるリードがFLAG=12だった場合、12は2進数で1100となり、
SAM Specによると「マップされなかったリード」は0x4で
「相方がマップされなかったリード」は0x8ですので、
「自分も相方もマップされなかったリード」であることがわかります。

仕事中、FLAGの意味を確認したいことがしばしばあるのですが、
この「FLAGを2進数変換して解釈する」ステップが地味に面倒くさく
感じていました。

この件に関して、いつも頼りにさせていただいている
NGS Surfer's Wikiに、非常に便利なサイトの紹介があるのを見つけました。
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| hat | バイオインフォマティクス | 15:06 | comments(0) | - |
SeqCap Epi連載[4]|BSMAPでバイサルファイトシーケンスのマッピング
「Trick or treat!!シーケンシングデータをくれないといたずらしちゃうぞ!!」
ということで記事執筆時の今日はハロウィンですが、ジャック・オ・ランタンはいままで作ったことがない久保です(kubor)。新しい解析方法を試してみたいけど、最適な公開データが見つからない。そういう時に誰かがこの一言で、データを見つけ出してくださると嬉しいですよね。もちろん、お菓子をいただけるというのであれば、それもありがたく頂戴いたします。

さて、第4回目を迎えたSeqCap Epi連載ですが、今回はこのパイプラインの要とも言えるマッピングソフト(BSMAP)の紹介です。

|バイサルファイト変換を考慮したマッピングソフト

「BSMAP(Bisulfite Sequence Mapping Program)*1」は、バイサルファイトシーケンスで得られたショートリードをマッピングするためのソフトウェアです。バイサルファイト変換を行うと非メチル化シトシン(C)がウラシル(U)に変換されます。このUはシーケンサーではチミン(T)として検出されますので、バイサルファイト変換によりC -> Uと置換され、その結果シーケンシングデータではC -> Tの置換が起きます。すなわち、バイサルファイト変換が100%の確率で成功している場合、残ったCはすべてメチル化されたCであると言えます。

シーケンシングリードをマッピングするときには、このC -> Tの置換、および逆鎖におけるG -> Aの置換を考慮することが肝要です。BSMAPのようなバイサルファイトシーケンスに対応したマッピングソフトは、これらを考慮することが可能です。
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| kubor | 次世代シーケンサー解析 | 14:50 | comments(0) | - |
SeqCap Epi連載[3]|Trimmomticでシーケンシング用アダプターを除去
学生時代ですと今頃の時期は、実験圃場のイネの刈り取り時期を気にしている頃ですが、今年は来月の学会の準備ばかりを気にしているバイオインフォマティクス事業部の久保(kubor)です。

さて、3回目のSeqCap Epi連載ですが、今回からはまだアメリエフブログで紹介したことのないソフトを紹介します。
まず今日紹介するのは「Trimmomatic*1」です。

このソフトはSeqCap Epi解析パイプラインにおいてかなり初めのステップで使用するツールです。では、どのようなソフトなのか紹介いたします。
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| kubor | 次世代シーケンサー解析 | 14:11 | comments(2) | - |
ビブリオバトル
書評合戦、またはビブリオバトルというものご存知でしょうか?

何人かで順に、自分の好きな本を5分間の持ち時間の中でアピールし、それぞれの発表についてディスカッションを行った後、最終的に誰がアピールした本を読みたくなるか競うというゲームです。
非常に単純なルールで、必要なのは人数と本、5分を測るタイマーのみ、老若男女を問わず誰でも行えます。

先日某所で開催されたビブリオバトルの様子を見る機会がありました(自分では発表していないのですが)。
自分の好きなものについて、5分間好きなだけ語るという機会はなかなかありませんが、この5分、短いように思えてなかなか長いようです。なにしろ、本ということでネタバレせずに面白さだけを伝えなくてはならないのですから、話せる内容も限られてしまいます。

そんな制限の中、核心に触れず、いかに相手の興味を引く発表をするかと頭を使うことで、プレゼンテーションの練習になりそうです。
ですが、このゲームのもっとも大きな魅力は、何人かで好きな本を持ち寄って発表するため、普段読まないジャンルの本の話を聞くことができるところではないでしょうか。

昨日、そのビブリオバトルで紹介された本を買いました。
読書の秋のちょっとしたイベントに、ビブリオバトル、いかがでしょうか。
| kubo | よもやま話 | 14:43 | comments(0) | - |
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