アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
BEDtoolsのオプション
BEDtoolsは何かと便利なツールです。当ブログでも、intersectBedの記事のページがアクセスランキング上位になっています。。
つい最近までBEDtoolsのバージョンはずっと前にインストールした2.13を使っていましたが、先日より新しいバージョンのものを使ったところ、intersectBed、windowBedなどのツールに、2.13にはなかったオプションを発見しました。

"-header" です。

旧バージョンのBEDtoolsでは、BED、VCFなどのフォーマットのヘッダ行が無視され、データ行のみが出力されていました。特にVCFはヘッダがないと不便なので、いつもヘッダのみを最初に出力し、次にデータ行を追記していましたが、面倒だなと思っていました。
具体的にどのバージョンから実装されているのかは現在わかりませんが、この -header オプションで、データ行だけでなくヘッダも出力できるようになったので、その手間が省けるようになりました。

ざっとよく使うツールだけ確認しましたが、intersectBed、mergeBed、flankBed、windowBed、sortBedあたりは-headerオプションが使えます。

このオプション追加はツールの性能自体の変化ではありませんが、こうして便利な機能が増えると嬉しいです。
| kubo | バイオインフォマティクス | 14:37 | comments(0) | - |
帰省しました
夏期休暇を頂き、地元沖縄に帰省しておりました。

なんと偶然同じタイミングで、海外から友人が沖縄に遊びに来ていたので、一緒に観光しました。こういう機会がなければ、わざわざ地元を観光することも無いので、とても有意義に過ごすことができました。



実家でゆっくり過ごす時間はありませんでしたが、私の大好きな南国フルーツが用意されていたので、お腹いっぱい頂きました。今夏分のエネルギーをチャージできた気がします。もう秋も近いですが笑
| heshi | よもやま話 | 14:50 | comments(0) | - |
ヒートマップ図の色指定
Rでヒートマップ図を描く時、gplotsパッケージに用意されている色のセットを使うと、色指定が楽です。

> install.packages('gplots')
> library(gplots)


論文などを見ていると、最近は青→白→赤が多いような気がするのは私だけでしょうか。
青→白→赤は、「bluered(色数)」で指定できます。色数を多くするとグラデーションを細かくできます。
> heatmap(as.matrix(mtcars), col=bluered(256))


従来の緑→黒→赤は「greenred(色数)」で指定できます。
> heatmap(as.matrix(mtcars), col=greenred(256))


「もう少し深みのある緑がいい」といったこだわりのある方は、以下のようにして自分で色を作るのもいいかと思います。
> g2r <- c(rgb(0, seq(0.5,0,-0.01), 0), rgb(seq(0,1,0.01), 0, 0))
> heatmap(as.matrix(mtcars), col=g2r)

| hat | バイオインフォマティクス | 14:38 | comments(0) | - |
grepを数えるオプション
特定の文字列を含む行を抜き出す便利なコマンドgrep。
最近便利に使っているオプションをご紹介します。

それは grep -c
grepコマンドで取得できた行数を出力してくれるオプションです。cはcountのcと覚えています。
これを知らなかったときは、grepコマンドの結果をwcコマンドで数えていましたが、-cオプションの方が便利です。

例として下記のようなVCFファイル sample.vcfがあったとします。


ヘッダ行を除いたデータ行の出力コマンドは以下になります。
$ grep -v "^#" sample.vcf

※ -v は指定文字列を除いた行を出力するオプション、^は行頭を示す記号です。

データ行を数えるときは以下のコマンドです。
$ grep -c -v "^#" sample.vcf
3

ちなみにこのオプションを知らなかったときは、こう数えていました。もちろん結果は同じですよ。
$ grep -v "^#" sample.vcf | wc -l
3
| kubo | バイオインフォマティクス | 15:52 | comments(0) | - |
hg38調査(1)
hg20/GRCh38が出る と浮かれていた、去年の夏。

やっと出たhg38(hg20という名前では無かった)をダウンロードして
染色体の長さやNの数を調べた 今年の正月。

それで満足してその後hg38のことはすっかり忘れていましたが、
気が付くと8月も後半。小学生は夏休みの宿題が気になりだす時期です。
私も放置していたhg38のことが気になってきました。

ということで、RNA-seqとChIP-seqの公開データを同じコマンドで
hg19とhg38にマッピングし、マッピング率の違いを調べました。
ゲノムの精度が上がっているなら、マッピング率が上がることが
期待されます。

以下、結果です。左がhg19、右がhg38のマッピング率です。

RNA-seq Paired-end(tophatでマッピング)
サンプルA:85.28% → 85.79%
サンプルB:91.28% → 91.76%

ChIP-seq Single-end(bowtieでマッピング)
サンプルC:69.83% → 70.34%
サンプルD:98.19% → 99.04%

今回選んだ4サンプルは、いずれもhg38でマッピング率がわずかに向上しました。
いいですね!

次回、Reseqデータでも検証してみたいと思います。
| hat | バイオインフォマティクス | 14:47 | comments(0) | - |
京都支店からの風景
akbです。

先週の土曜日はアメリエフ京都支店から「五山送り火」を見てきました。当日は雨がぱらつき、点火への影響が心配されましたが、無事に見ることができました。後から新聞で知ったのですが、51年ぶりに点火時間が変更されたそうです。

京都市内では、外国の方が多く観光されていました。「五山送り火」という日本の伝統行事を外国の方へ何と説明したら良いのだろう、と想像してみたりすると、英語力の強化はもちろんですが、日本の伝統行事をちゃんと知る必要があるなと、自分を見つめ直す良い機会になりました。
| akb | 会社のこと | 14:03 | comments(0) | - |
お盆
東京は7月がお盆だそうですが、地元(新潟)は8月がお盆です。

お正月には神社で手を叩き、お盆には仏壇に手を合わせ、クリスマスにはケーキを食べる無節操な私ですが、いちおう仏教徒のつもりでおります。

実家の宗旨は曹洞宗なのですが、曹洞宗はお経が長いです。
お盆に実家の仏間でお坊さんがあげてくれるお経を聞いていると、独特の発声の気持ちよさやお線香の匂いや足のしびれがあいまって、軽いトランス状態になり、心が浄化されたようなありがたい気持ちになります。

先日のUnyaneeさんの「うなぎを逃がすと功徳がある」という記事を読んで、落語の「後生鰻」というネタを思い出しました。

鰻屋の前を通りかかったご隠居さんが、捌かれそうになっている鰻をお金を払って助けてあげるのですが、善行がエスカレートしてしまうという、なかなか後味の悪い噺です。
ご興味のある方はぜひぐぐってみてください。
| hat | よもやま話 | 16:06 | comments(0) | - |
塩まくら
寝苦しい夜が続きますが、みなさまよく眠れていらっしゃいますか。

安眠に効くという「塩まくら」がお店に売っているのを見ました。
塩が詰まった枕だそうで、塩の効果でよく眠れるそうです。

売っていた「塩まくら」は小さいのに2000円くらいして割高感を感じたので、家で余っていた布袋に塩を詰めて、いつもの枕の上に載せて寝てみました。
重くひんやりした塩の感触が気持ちよく、プラシーボ効果かもしれませんがいつもより深くぐっすりと眠ることができた気がしました。
気のせいか本当に効果があるのか検証すべく、もう少し続けてみようと思います。

仮に効果が感じられない場合は中身を塩として使えばいいだけなので、チャレンジするリスクは低いですね。
快適な睡眠を求めている方は、ぜひ一度お試しください。
| hat | よもやま話 | 13:30 | comments(0) | - |
うなぎ丼


初めまして 。Unyanee (アンヤー二ー) ともうします。タイから来ました。よろしくお願いします。

We have just finished Amelieff's second quater meeting.
During the meeting, I had a chance to eat Unagi-don for lunch.
The size of the eel was so impressive. It was the biggest one that I have been eaten so far !

I got a question if there are any eels in Thailand.
Yes, we have. The popular eel dish probably be curry stir-fried.
Unfortunately, I'm not a big fan of eel, so I've never tried it and can't tell the different between Janapese Unagi and Thai's eel.

Apart from being food, eels are used for making merit. In Thailand where about 90% of people believe in Buddhism, freeing animals such as birds or fish is one of the popular ways to make merit. Releasing eel is specially believed to be releasing your bad luck and sadness.
| unyanee | よもやま話 | 15:20 | comments(0) | - |
全国ツアー2014夏
hatです。

8月第二週は、日本各地のお客様から出張トレーニングのご注文をいただきまして、5日間連続でPerlやLinuxの講師をさせていただくことになりました。

昔から、自分は人にものを教える仕事は絶対向いていないと思い、教員免許をとることなど考えたこともなく、コンピュータと二人の世界を築きたくてSEになったはずだったのですが、気づくとお客様に何かを教える機会が増えていて、人生は不思議なものだと思います。

話し下手で、何を言いたいのかよくわからないと言われる私ですが、私なりに「ITは便利なんですよ!」「こっち(IT)も楽しいですよ!」という思いで一生懸命ご説明させていただいております。

「hatさん、説明は下手だし例えも意味がよくわからなかったけど、なんかLinux(Perl、R、...)っておもしろそうだな、ちょっとやってみようかな」と感じていただけたら嬉しいなあと思います。
| hat | スクール | 12:48 | comments(0) | - |
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