アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
6月27日(金)休業のお知らせ
平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。
全社研修による休業のお知らせです。

【休業期間】
2014年6月27日(金)9:00〜18:00
【営業開始】
2014年6月30日(月)より通常営業

お問い合わせにつきましては、6月30日以降に順次対応させていただきます。
ご不便をおかけ致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願いいたします。
| akb | 会社のこと | 12:57 | comments(0) | - |
grepのこんなオプション
grepでは検索にヒットした行の前後の行を併せて表示することができます。

このようなファイルがあった場合に
Humpty Dumpty sat on a wall,
Humpty Dumpty had a great fall.
All the King's horses, And all the King's men
Couldn't put Humpty together again!


$ grep -B 1 'King' file を実行すると以下の結果が得られ、
Humpty Dumpty had a great fall.
All the King's horses, And all the King's men


$ grep -A 1 'King' file を実行すると以下の結果が得られます。
All the King's horses, And all the King's men
Couldn't put Humpty together again!


例えば、fastqファイルをIDで検索して塩基配列も同時に見たりするときに便利です。
AfterのAとBeforeのBと覚えると覚えやすそうです。

| hat | システム | 14:32 | comments(0) | - |
新しいタキシードはいかが?
RNA-Seqを何度も実行している弊社の某社員が、先日
「bowtie、tophat、cufflinksの名前が紳士関連なのに気づいた」
と言っていたので「気づくの遅っ」と思ったのですが、
私には二十歳を過ぎてからサザエさんの登場人物名が海産物関係である
ことに気付いた知り合いもいるので、意外と固有名詞の意味は考えない
ものなのかもしれないと思いました。

bowtie(マッピング)、
tophat(スプライシングを考慮したマッピング)、
cufflinks(発現比較)、
cummeRbund(cufflinksの結果を描画するRパッケージ)
などをまとめてtuxedo suiteと呼ぶそうです。

最近monocle(single cell用のRパッケージ)というのも
公開されました。
個人的には次は「ステッキ」だろうと予想していたので
外れました。

cufflinks 2.2.0以降から、tuxedoが新しくなったそうです。


cuffnorm、cuffquantという新しいコマンドを使うことにより
サンプルが多い場合の発現比較が行いやすくなるそうです。
single cell RNA-seq案件が増えることでサンプル数が多い解析も
多くなってくると思います。
早く検証を行ってお客様に情報提供できるようにしたいと思います。
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 14:15 | comments(0) | - |
納涼床


鴨川沿いの納涼床を初体験してきました。
暗くなるとまだ肌寒い時期だったので、凍えながら冷たいビールと食事を頂きました。納涼というより耐寒でした。梅雨が明けてもう少し暖かくなったら今度こそ納涼しに行きたいです!
| heshi | よもやま話 | 15:22 | comments(0) | - |
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