アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
5月30日(金)午後休業のお知らせ
平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。
メンテナンス作業による休業および営業日についてお知らせいたします。

【休業期間】
2014年5月30日(金)15:00〜18:00
【営業開始】
2014年は6月2日(月)より通常営業

お問い合わせにつきましては、2日以降に順次対応させていただきます。
ご不便をおかけ致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願いいたします。
| akb | 会社のこと | 15:34 | comments(0) | - |
長時間座っていると・・・


ずっと以前から言われていることですが、長時間イスに座ることは体に悪いようです。一日6時間以上座っている人は、寿命が短くなるという研究結果もあります。

座ることのデメリットが想像以上で怖い

これを受けてか、アメリカでは、数年前からスタンディングデスクなるものが流行っており、あえて立ったまま仕事をする人もいるようです。

日本でも会議の時間を短くする目的で、立ったまま会議をすることが流行りましたね。スタンディングデスクはどうでしょうか。座り続けるのは体に悪いかもしれませんが、私としては、ずっと立った状態で仕事をするのもそれはそれで辛いです。気分に合わせて指一本1秒未満で高さを変えられるようなデスクがあれば嬉しいのですが。。

そういう便利グッズが誕生するまでは、少しでも体の負担を減らすためにも、こまめに休憩を取ったり、ストレッチをすることが必要だと思います。
| heshi | よもやま話 | 15:54 | comments(0) | - |
第32回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるRNA-seq解析@福岡」開催のお知らせ
6月6日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。好評につきまして、東京/神戸会場でご紹介いたしました「フリーソフトではじめるRNA-seq解析入門」を福岡にて開催いたします。

《講師》
 山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
Linux PCでNGS解析(特にRNA-seq)を始めたい方を対象に、公開データを用いたデータ解析手法をご紹介します。また、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。なお、本セミナーでご紹介する主なソフトウェアはTopHat、Cufflinks、Rなどです。ご紹介したコマンドはお配りする資料にすべて記載してありますので、お持ち帰りいただき、ぜひNGS解析を始めていただきたいと思います。
会場にはささやかですがソフトドリンクとお菓子のコーナーをご用意しております。ご質問などございましたら、お近くのスタッフまでいつでもお気軽にご相談ください。みなさまにとって、貴重な情報交換の場となりましたら幸いです。

               記
日時 :2014年6月6日(金) 15:30-17:00
   (受付開始 15:00〜)
場所 :福岡朝日ビルB1 12号室 (福岡市博多区博多駅前2-1-1)
地図 :http://www.asahibuilding.co.jp/fukuoka_access.html
定員 :60名
対象:これからRNA-seq解析を始める方/Linux初心者の方
形式:講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/Oe5ZaO

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。
| akb | 勉強会 | 14:46 | comments(0) | - |
大事なことなので
10年以上Linuxで仕事していますが、いまだに知らないコマンドが
たくさんあります。
最近 yes というコマンドを知りました。
指定した文字列をひたすら出力し続けるコマンドです。

実行例です。

$ yes SPAM!
SPAM!
SPAM!
SPAM!
SPAM!
SPAM!

止めるにはCtrl+Cを押してください。

これはかなり暑苦しいです。これからの季節にぴったりですね。

なんのためにこんなコマンドがあるのかと思いましたが、
インストール中や実行中にしょっちゅうyesかnoか聞いてくるような
ソフトウェアを実行するときにかませると、全部yで自動応答するので
便利だそうです(文字列を指定しないと「y」になります)。

ちなみに no というコマンドがあるか試しに実行してみましたが
ありませんでした。

※実行環境はCentOS 6.4です。

| hat | システム | 14:53 | comments(0) | - |
2014年夏 バイオインフォマティクススクール開催のお知らせ
バイオインフォマティクス・スクールのご案内です。
現在、下記の講座のお申込みを受付けております。
これからLinuxを用いたNGSデータ解析を行う方バイオ研究にプログラミング言語「Perl」を使いたい方統計解析パッケージ「R」を使った統計解析を短期間で学習したい方におすすめのコースとなります。

■Linux基礎
神戸会場
6月開講:6月19日(木)〜20日(金)

■Perl基礎
神戸会場
7月開講:7月3日(木)〜4日(金)

■R基礎
神戸会場
7月開講:7月10日(木)〜11日(金)

詳細は弊社ホームページをご覧ください。
| akb | スクール | 15:20 | comments(0) | - |
DNA vending machine
ご無沙汰しております。
tokunagaです。

最近英語のリスニングのためにTED talksを聞いているのですが、
そこでちょっと興味深いものが紹介されていました。

DNA vending machine
http://www.gabebc.com/DNA-Vending-Machine

普通、自動販売機といえばジュースを売っていますが、
同じようにヒトから抽出したDNAを販売する自動販売機を製作したそうです。
各パッケージの裏の方にはそれぞれの提供者の写真がついていて、
現在はニューヨークの画廊に作品の一つとして置かれています。

DNAをガチャガチャのような「コレクション」として扱うことで、
その所有権についての問題を問う作品のようです。

確かに手軽にサンプルを入手できるのはいいですが、
自分のDNAを提供できるかと言われると難しいです!
でも生物種がヒトでなければ問題なく便利なものになるんじゃないだろうか・・・・・
とか考えてしまいました。

そして芸術というものは広いですね・・・・
メッセージの伝え方って色々あるんですね!
| tokunaga | よもやま話 | 16:16 | comments(0) | - |
計算式がでてこない統計の本
書店の統計のコーナーで目について、思わず買ってしまった一冊です。

この世で一番おもしろい統計学――誰も「データ」でダマされなくなるかもしれない16講+α
この世で一番おもしろい統計学――誰も「データ」でダマされなくなるかもしれない16講+α
アラン・ダブニー (著), グレディ・クライン (著), 山形 浩生 (翻訳)

この本のすばらしいところは、
・マンガとしておもしろい
・統計の基本概念を理解させることに徹底している
・数式がほとんど出てこない
・例えがわかりやすい

ところです。

正規分布を説明するのに夫に魚を投げつける妻がでてきたり、
確率を計算するのに猫を爆竹で驚かす趣味の少女がでてきたりします。
「魚も爆竹も必然性が全く無い!」とクレイジーな設定につっこみながら、
楽しく一気に読んでしまいました。
そして、統計がだいぶ好きになりました。

同じシリーズで経済学の本も出ているので、こちらも買う予定です。
こちらはAmazonで「なか見検索」ができます。ぜひ見てください。

この世で一番おもしろいミクロ経済学――誰もが「合理的な人間」になれるかもしれない16講

この世で一番おもしろいマクロ経済学――みんながもっと豊かになれるかもしれない16講
| hat | 書籍の紹介 | 16:22 | comments(0) | - |
肩こりには・・・
私事ですが、社会人になって10ヶ月目に突入しました。あっという間です。今年の4月には、一丁前に肩こりに悩まされました。暖めてみたり、叩いてみたり、連日マッサージに通ってみたり、、色々試しましたが一向に改善されませんでした。

そんなとき、久しぶりにプールで泳いでみると、肩から後頭部にかけて広がっていた違和感が嘘のように無くなりました。聞くところによると、肩こりに水泳が効く、というのは結構な通説らしいですね。肩をグルングルン回すことで血行が良くなるのでしょうか。それなら、陸上でグルングルンするのも効果があるかもしれません。

実は、仕事帰りに泳ぐという習慣を、働き始めてすぐの頃から続けていました。ところが、3週間ほど泳げない期間がありまして、それがちょうど肩こりに悩まされていた時期とかぶるのです。今までの習慣が、知らず知らずのうちに肩こり予防になっていたようです。

あの肩こりの辛さはもう経験したくないです><頑張って泳ごうと思います!
| heshi | よもやま話 | 16:14 | comments(0) | - |
細かすぎて伝わらないナノブロック(1)
以前研修でレゴを使った話をしましたが、
遊び足りなかったため、家でナノブロックを買ってしまいました。

作品第一弾です。


社内に「これな〜んだ?」と見せたところ、
「IGV!」「SNP!」と即答されました。さすがです。

そして「Strandが偏ってる」
という指摘を受けましたので、タイトルを「StrandBias」にしました。
| hat | よもやま話 | 15:10 | comments(0) | - |
名前が2つ?
学生時代に研究していた植物のタンパク質には、2つの名前がありました。
そのタンパク質をつくる遺伝子をノックアウトすると起きる現象由来の名前と、タンパク質の機能由来の名前です。そのタンパク質の研究は、ノックアウトにより起きる現象から始まったため、前者のほうが歴史的に使われている名前なのですが、後者の方がタンパク質の性質を表す適切な名前、ということで2つの派閥があったようです。
2つも名前があるなんて、ややこしいなと思っていました。

ゲノムの世界でも似たようなことがありました。
主に使われているリファレンスゲノムには、Genome Reference Consortiumが配布しているものとUCSC Genome Browserが配布しているものがありますが、これまでは、両者のbuild番号はたとえばヒトではGRCh36/hg18やGRCh37/hg19と、大きく隔たっていました。
ところが、昨年末に公表されたゲノムのbuild番号はGRCh38/hg38。UCSC Genome Browserの番号が大きく跳んで、Genome Reference Consortiumにそろえられて、互換性のあるバージョンがわかりやすくなっています。

詳細については公式の発表をご覧ください。
| kubo | バイオインフォマティクス | 16:16 | comments(0) | - |
オーガスタ
神田移転祝いに頂いた観葉植物が日に日に大きくなっています。
そのうち天井に届きそうです。



私は葉が肉厚で大きい植物が大好きなので、仕事の合間に触りに行っては癒されています。
水やりは他の社員の担当なので、私は愛でる係です。

調べたところ、オーガスタという名前で、野生では10m以上になるとか。
10mのオーガスタにつく葉がどのくらい巨大なのか、想像するだけで大興奮です。
| hat | よもやま話 | 15:19 | comments(0) | - |
ダウンロードページのご紹介
akbです。

サービスのカタログや技術資料が一覧できるダウンロードページをホームページで公開しました!

新しいカタログも随時アップして参りますので、ぜひご覧ください!

ホームページのトップページからダウンロードページをご覧になる場合は、右上のダウンロードをクリックしてください。




| akb | 会社のこと | 14:25 | comments(0) | - |
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