アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
シャーレの別名
お久しぶりです。きむです。
突然ですが、今日のGoogle Doodleご覧になりましたか?
Doodleとはいたずら書きのことで、グーグルの検索ページでGoogleロゴが、お祝いの日やイベントによって変わるという遊び心いっぱいのしかけです。

今日は「ユリウス・リヒャルト・ペトリ 生誕161周年」というテーマです。
ペトリさんは、シャーレ(ペトリ皿)の発明で知られている細菌学者で、コッホの助手として研究したこともあるそうです。

今日の動画を再生すると、6つ並んだシャーレになにやら撒いていて、しばらくするとやっぱりあれが増殖します。くつした、ドアノブ、キーボード・・・
学生時代を思い出しました。
| きむ | よもやま話 | 09:02 | comments(0) | - |
shufコマンド
「入力行をランダムに並び替えて出力する」
shufというコマンドがあることを知りました。

早速試してみました。

こんなファイルを作りました。

$ more urashima.txt
むかしむかし
うらしまは
たすけたかめに
つれられて
りゅうぐうじょうへ
きてみれば
えにもかけない
うつくしさ

shufしてみましょう。

$ shuf urashima.txt
うらしまは
むかしむかし
えにもかけない
うつくしさ
つれられて
りゅうぐうじょうへ
たすけたかめに
きてみれば

前衛詩っぽくなりました。

$ shuf urashima.txt
えにもかけない
りゅうぐうじょうへ
たすけたかめに
うらしまは
つれられて
きてみれば
うつくしさ
むかしむかし

なんだか楽しくなってきたのですが、
キリがないのでこれくらいでやめます。

このコマンド、とても何かに使えそうな気がするのですが、
具体的な用途が思いつきません。
活用されている方がいらっしゃったら、ぜひ教えてください。

知らないコマンドがいっぱいあるなあという話でした。
| hat | システム | 16:42 | comments(0) | - |
改行コードを確認
Linuxで作業をしていると、ファイルの改行コードやタブがどこに含まれているかを確認したい時があります。

そのような時に、私は od -c コマンドをよく使います。

例えば、以下のようなファイル hoge があったとしましょう。

$ less hoge
hoge moge
moge piyo
piyo hoge


これだけではよくわかりませんが、この中にはタブやスペースが含まれています。では、od -c コマンドでこのファイルを覗いてみましょう。

$ od -c hoge
0000000 h o g e   m o g e ¥n m o g e ¥t p
0000020 i y o ¥n p i y o   ¥t   h o g e ¥n


このように、改行コードが¥nであること、¥tが含まれている位置や空白(スペース)がどこにあるかよくわかります。

ちょっとした時に便利なコマンド od -c の紹介でした。
| deda | システム | 15:21 | comments(0) | - |
「第10回国際ゲノム会議」展示のご案内
アメリエフ株式会社は、2013年5月21日(火)〜23日(木)に学術総合センター 一橋講堂で開催される、「第10回 国際ゲノム会議」に出展いたします。皆さまのご来場をお待ち申し上げます。

■ 学会名
・第10回 国際ゲノム会議
 ホームページ:http://gt164.jpn.org/10agw/jp/index.html

■ 開催期間
・2013年5月21日(火)〜23日(木)

■ 会場
・学術総合センター 一橋講堂(東京都千代田区一ツ橋2丁目1番2号)

■交通アクセス
・東京メトロ半蔵門線、都営地下鉄三田線、都営地下鉄新宿線、神保町駅下車A8出口から徒歩3分
・東京メトロ東西線・竹橋駅下車1B出口徒歩4分
※詳細はこちらをご参照ください。

■ 展示内容
・ポスター展示(ポスター番号P-1)
 Analysis of Human Disease-associated Genes using Next-generation Sequencing Data

・受託解析サービスのご紹介
 超高速シーケンスデータ解析の実例
 SNP/CNV/メチル化データ解析の実例

・バイオインフォマティクス・スクールのご紹介
 Linux基礎
 NGS基礎(Resequence、RNA-Seq、ChIP-Seq他)
 R基礎バイオ統計

・バイオインフォマティクス・勉強会のご紹介

・「iPS特異的変異検出」の解析レポートを配布
| akb | 学会出展 | 15:11 | comments(0) | - |
6月期「Linux基礎」「R基礎バイオ統計」開講のご案内
この度は Linux基礎(6月6日〜7日)、R基礎バイオ統計(6月20日〜21日)に多数のお申込みをいただきありがとうございます。
上記の講習につきまして、開講が決定致しましたことをお知らせいたします。
お申込みいただいた皆様へ、順次シラバスを発送いたしますので今しばらくお待ちくださいますようお願い致します。

また、引き続きお申し込みを受け付けております。追加募集を行う期間については、下記のとおりです。

追加募集を行う期間
Linux基礎:2013年5月17日(金)〜 5月31日(金)
R基礎バイオ統計:2013年5月31日(金)〜 6月14日(金)


受講前にソフトウェアの準備がございますので、ご検討中のみなさまはお早めにお申し込みください。

カリキュラムとお申込み方法はこちらからご確認いただけます。
リクエストやご質問などございましたら、お気軽にお問い合わせフォームよりご相談ください。
| akb | スクール | 17:04 | comments(0) | - |
比較演算子の比較
ShellスクリプトとPerlスクリプトを書く機会が同じくらいあるので、
しばしば文法が混乱します。

面倒くさいのが、Shellでやろうと思って書きかけた処理を
途中で「やっぱりPerlにしよう」とPerlに書き直すときで、
変数が最初に出てきたときから頭に「$」がついていて怒られたり、
行末に「;」を付け忘れて怒られたり、とにかく怒られます。

一番混乱するのが比較演算子で、
Shellだと数値比較が「-eq」でPerlだと文字列比較が「eq」だとか、
Shellだと文字列比較が「=」でPerlだと数値比較が「==」だとか、
Shell派とPerl派の間でなにか確執があったのだろうかと勘繰ってしまうくらい
錯綜しています。

毎回混乱するので表にまとめてみました。
これで、いきなり「Shellの数値比較演算子は!」と聞かれても大丈夫ですね。


今回の記事、最初は「SEあるある」だと思ったのですが、
ちゃんとしたSEは文法チェッカーのついている開発環境でプログラムを
書くので(おそらく)、こういった些事は気にならないのかもしれないなと
途中で思いました(私はviで書いています)。

| hat | システム | 17:23 | comments(0) | - |
5/17(金)は全社員研修のため休業とさせていただきます
平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。
明日5月17日(金)は、全社員研修のため営業をお休みをさせていただきます。

ご不便をおかけ致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願いいたします。
| きむ | 会社のこと | 16:26 | comments(0) | - |
いろいろな“平均”
こんにちは。高校以来、数学というものが苦手なkuboです。

 大学にいた頃、実験をしてデータを得ると、データが信頼に値するかどうか、「統計」を使って調べてきました。
しかし、計算ソフトで何をどのようにすれば求められる、というのは覚えたのですが、「ヒョウジュンヘンサ」だの「カイジジョウ」だの、いったい何をやっているのだか、何を求めているのだかは、さっぱりでした……。
 さらに、入社してから統計の知識が求められ、焦っていたところに、この本を渡されました。


マンガでわかる統計学
マンガでわかる統計学
高橋 信,トレンドプロ

 
有名な「マンガでわかる」シリーズ第1冊目です。英訳版も出版されているそうですよ。それだけ人気ということでしょうか。
 統計について、本当に基礎から教えてくれます。

 何より、導入の例題となるたとえがとてもわかりやすいところが優れていると思います。主人公とその友達のテストの点数の差や雑誌アンケート、平均、標準偏差、おなじみの偏差値などが例に使われています。
 また、絵や図解の多さ、易しい言葉の言い換えを駆使して、統計に用いられる難しそうな言葉や、統計で求めるさまざまな値について
「なぜその値を求めるのか」
「その値が大きい(小さい)と、どのような意味になるのか」
を説明しているため、難しい計算はともかく(?)、統計で用いられている計算式や値が何を意味しているのか理解したいという方におすすめします。
| kubo | 書籍の紹介 | 15:31 | comments(0) | - |
Exome家系解析論文
Plos Oneに出ていたExome家系解析の論文をご紹介します。

Wu CC, Lin YH, Lu YC, Chen PJ, Yang WS, Hsu CJ, Chen PL.
Application of massively parallel sequencing to genetic diagnosis in multiplex families with idiopathic sensorineural hearing impairment.
PLoS One. 2013;8(2):e57369. doi:10.1371/journal.pone.0057369.

解析手順は以下の通りです。
1.難聴12家系について、既知の難聴遺伝子(80)およびその周囲をエキソンキャプチャ
2.HiSeq2000 100bp Paired-Endでシーケンシング
3.BWAでヒトゲノムhg19にマッピング
4.GATKでSNVとIndelを検出
5.VariantToolsで変異を絞り込み
6.ANNOVARでアノテーション
7.絞り込み
・1000Genomes ProjectやESP5400におけるアレル頻度
・SIFTやPolyPhen2のスコア
・変異箇所のアミノ酸の進化的保存度

最終的に、既知の変異2つと、新規の変異2つが検出できたそうです。

それら以外の変異も検出されたのですが、
「疾患群以外でもアレル頻度が高い」
「アミノ酸置換による影響が少ない」
「症状の重さやタイプ(低音域が聞こえづらい、など)が異なる」
などの理由で「難聴には無関係の変異」と判断しています。

難聴のように原因遺伝子が多数あり、症状も一律でない疾患の場合は、単に「患者に共通する変異」でなく「同じ症状の患者に共通する変異」を見る必要があるのだということが、発見でした。

当たり前のことなのですが、その疾患について知っているほうがより適切なフィルタリングができると思います。
シーケンシングデータだけを見ているとこの辺を見落としがちなので、お客様から伺えた範囲の疾患やサンプルの情報を活用し、有効な解析結果をご提供できるようにしていきたいです。
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 16:53 | comments(0) | - |
入社一年目の教科書
kuboです。
今回は書籍の紹介です。
過去にもdetさんが紹介記事を書かれたことがあるようですが、私もこの本を読んだので紹介させていただきます。

入社1年目の教科書
入社1年目の教科書 /岩瀬 大輔

「まだ学生気分が抜けない」
新社会人がよく言われる言葉のようです。「学生気分」で検索すると、新社会人を部下や後輩に持った方の愚痴や、叱られた側の新社会人の嘆きがあふれています。
私も新社会人という存在ですが、そもそも学生と、私が目指すべき学生気分が抜けた社会人の違いとはなんなのでしょうか。その答えを求めてこの本を読みました。


この本は、著者がこれまで実行してきたビジネスパーソンとしての成長を加速するための秘訣、3つの原則(仕事に取り組む姿勢)と50のルール(実際にどう動けばいいのか)からなります。

3つの原則
普通なら前書きがあるはずの、目次より前の部分に書かれています。書店で本を買うかどうか迷った人は、まず読むところです。つまり、著者にとってこれこそが伝えたいこと、またはこれさえ伝えれば読者の心をつかめると信じるほど大切なことなのです。
著者は様々な事情で短期間に転職を繰り返していますが、どこの職場でも以下の3つの原則を必ず守ってきたことにより急成長できたと書かれています。
「仕事をやりきる」「仕事を早く終わらせる」「つまらない仕事はない」
「なんだ当たり前だ」と思ったのですが、考えてみると、こんな当たり前のことが、学生時代は案外ないがしろにされていませんか。たとえば、締め切り直前まで課題に手を付けずにいても、ツケを払うのは結局自分で、誰に迷惑をかけるわけでもありませんでした。しかし、会社という組織ではそうはいかない。
もちろん、それだけではありませんが、その違いを心がけて行動できるかどうかが、学生と社会人の境目の一つかなと思いました。


50のルール
こちらは具体的にどのような行動をとるべきかという提案です。
「質問をするときはメモを見せながらだとスムーズに伝わる」など、一流ビジネスマンが効率よく働くための技が惜しみなく伝授されています。
50に項目分けされてはいますが、積極的で丁寧な情報収集(インプット)とアウトプット、自分のペースをつかみ守ることといった5、6個の行動指針に大別できるように思います。入社1年目の新社会人が見習うべきなのは、おそらくこの行動指針でしょう。
私自身が参考にしたいと思ったのは、「ペースメーカーをつくる」ことです。自分のペースを守るとはよく言われますが、本書では「ペースを作る」ことを勧めています。本書ではたとえば資格試験を申し込む方法を紹介しています。だらだらと勉強するよりも、期日があるので勉強にやる気が出るわけです。
とはいえ、この本にはこれらを即座に全部真似るべしとは書いてありません。
「本書を読んだからといって、見違えるように仕事ができるようになる、即効性のあることは書かれていません。(中略)少しだけ行動を変えてみてください。」
新社会人やこれから社会人になる人で、どんな社会人になるのか行動指針を考えたい人、すでに働いている方でも今の働き方について考えたい人が、まず「少しだけ行動を変えて」みるために、参考になる本だと思います。
| kubo | 書籍の紹介 | 16:25 | comments(0) | - |
問題を解決する
イシューからはじめよ―知的生産の「シンプルな本質」
イシューからはじめよ―知的生産の「シンプルな本質」
安宅和人

 会社を運営していく上では、様々な経営戦略上の難しい問題が発生します。そのような簡単には解けない問題をどのように解決すればいいのか。その方法論について明快に著したのがこの本になります。
 著者はあの有名なマッキンゼー出身であり、マッキンゼーが持つ問題解決ノウハウについてかなり具体的に記されています。例えば、「何に答えを出すべきなのか」と「そのために何を明らかにすべきなのか」というイシューの見極めから問題を紐解いていき、「空・傘・雨」などのロジックを駆使して答えの質を高めていく過程などは、読んでいて参考になる部分も多く、面白いと思います。
 ただし、これらの方法を実践するにはかなり訓練が必要であるとも感じました。ですがこの本を読むことで、論理的に問題解決にあたる際の大きなヒントが得られるのは間違いないと思います。
| deda | 書籍の紹介 | 14:54 | comments(0) | - |
   1234
567891011
12131415161718
19202122232425
262728293031 
<< May 2013 >>

このページの先頭へ