アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
GISTIC解析
きむです。
本日は、GISTIC解析についてご紹介します。

GISTICとは、ヒトのがん細胞における Somatic Copy-Number Alterations( SCNAs )を検出するためのツールです。

論文はこちらです。
GISTIC2.0 facilitates sensitive and confident localization of the targets of focal somatic copy-number alteration in human cancers.

結果として、下記のような図や、アノテーション付けされたファイルが出力されます。
GISTIC

GISTIC
| きむ | CNV解析 | 09:55 | comments(0) | trackbacks(0) |
次世代シーケンスデータ解析サーバーのHPをリニューアルしました
弊社では研究目的に合わせてお選びいただける、下記の2つの解析サーバーをご用意しております。

☆スタンダード
☆エンタープライズ

2つのサーバーはCPU、メモリ、ストレージ、冷却システムなどの性能に違いがありますが、最も特徴的な差は、サーバーによって、お選びいただける解析パイプラインの数が異なる点です。

下記の4つの解析パイプラインからスタンダードでは1つエンタープライズでは2つ、お選びいただくことができます。

☆Resequence/Exome解析パイプライン → 解析フローはこちら
☆RNA-seq解析パイプライン
☆ChIP-seq解析パイプライン
☆microRNA解析パイプライン

詳細は弊社ホームページでもご覧いただけます。

お客様の研究目的に合わせて解析パイプライン、サーバー構成をカスタマイズいたします。
次世代シーケンスデータの解析を行っている方は、ぜひ一度ご検討下さい。
| akb | 次世代シーケンサー解析 | 16:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
1万時間の法則
「1万時間の法則」という言葉を耳にしたことはありますか?

凡人であっても、真剣に累積1万時間くらいやれば、その道を極められるという考えだそうです。

私はバイオインフォの世界に入ったのがほぼ10年前なので、1日8時間仕事をしたとして
8H * 20Day * 12Month * 10Year * 0.8 ≒ 15000H
(※一日中フル集中というわけではないので、なんとなく0.8をかけてみました)
となり、1万時間以上は仕事しているはずですが、まだまだ学ぶことがたくさんあると感じます!

このような若輩者ですが、2月に東京で短期集中で開催するバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」で講師を務めることになりました。

15000H分のありったけの経験を振り絞って受講生のご要望にお応えしたいと思います。
まだお申込み受付中です(→右のバナーからどうぞ)。ご参加お待ちしております。
| hat | よもやま話 | 18:21 | comments(0) | trackbacks(0) |
鎖鋸
皆様こんにちは。detです。

本日は、とあるデータベースをご紹介したいと思います。

タイトルにもある鎖鋸とは、DRA/SRAなどのリードアーカイブの中から、論文が発表済みのリードデータのみを収集したデータベースです。DRAやSRAには論文が発表されていないリードデータも含まれるため、リードの質をチェックするために、こちらのデータベースで確認してみるのもいいかもしれません。
では、トップページにアクセスしてみましょう。 

何とも言えないキャラクターが登場します。



キャラクターの横に、検索窓がありますので、私がDRAで適当に検索した
SRA038332 と入力してみます。
もし論文があれば、タイトルとアブスト等の情報が出てきます。
また下の方には、リードに対してFastQCをかけた結果も表示されています。



以上のように、IDを入れるだけで、論文情報とリードクオリティを確認することができます。
まだ、アップされていない情報もあるようですので、今後の発展に期待したいですね。

それでは、また。
| deda | バイオインフォマティクス | 18:05 | comments(0) | trackbacks(0) |
SRAをRで検索
毎日寒いですね。
家ではこたつから出られなくなって、こたつの中で生活している方もいらっしゃるのではないでしょうか。

今日は、RでNCBI SRAのデータを検索するRパッケージ「SRAdb」をご紹介します。

最近出たばかりのSRAdbの論文はこちらです。
Zhu Y, Stephens RM, Meltzer PS, Davis SR.
SRAdb: query and use public next-generation sequencing data from within R.
BMC Bioinformatics. 2013 Jan 17;14(1):19.


・インストール
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("SRAdb")

・ライブラリ読み込み
library(SRAdb)

・検索
sqlfile = getSRAdbFile()  # 10分くらいかかります
sra_con = dbConnect(SQLite(), sqlfile)
rs <- getSRA(search_terms = "Human RNA-Seq", out_types = c("run", "study"), sra_con = sra_con)
# ↑"Human RNA-Seq"で検索する場合の例
head(rs[, c(1:5, 7)])

・結果
run_alias run run_date updated_date spots run_center
1 poly_1 DRR000008 2012-09-06 19153889
2 poly_3 DRR000010 2012-09-06 18079621
3 poly_2 DRR000009 2012-09-06 17668118
4 cyto_2 DRR000012 2012-09-06 15075547
5 cyto_1 DRR000011 2009-06-12 2012-09-06 15788579 UT-MGS
6 cyto_3 DRR000013 2009-06-15 2012-09-06 15490013 UT-MGS

結果が返ってきました!


面白いと思ったのは、SRAdbには、起動中のIGVの表示領域を切り替える機能もあることです。

※予めIGVを起動しておき、「View」→「Preferences」→「Advanced」の「Enable port」にチェックが入っていて、「60151」になっていることを確認してください。

・IGVの表示領域切り替え
myBam = file.path("path/to/bam")  
# bamと同じ場所にbam.baiも置いておきます
sock <- IGVsocket()
IGVgenome(sock, "hg19")
IGVload(sock, myBam)
IGVgoto(sock, "chr1:1-1000")

今はDBCLS SRAなど便利なサイトがたくさんあるので、SRAデータの検索をあえてRで行いたい場面はあまり思いつかないのですが、面白いパッケージだと思いました。

「こたつ」ならぬ「Rに入ったままなんでもやりたい」方にはよさそうです。
| hat | 統計解析ソフトR | 14:44 | comments(0) | trackbacks(0) |
エクソーム/RNA-seq/ChIP-seqデータ解析キャンペーンのお知らせ
キャンペーン期間:2013年3月15日(金)ご発注分まで
NGSデータ解析を最短2週間特別プライスにてご提供いたします。

■プラン

                 その他の生物種につきましてはご相談ください
■納期
最短2週間
ベーシックプランで4サンプルまでご注文の場合、2週間で発送いたします。

詳細は弊社ホームページでもご覧いただけます。
お問い合わせはこちらから受け付けております。

ぜひ、この機会にご検討ください。
| akb | 会社のこと | 13:12 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGSの「顔」
チャーノフの顔グラフは、多次元のデータを「顔」のパーツの大きさや配置にあてはめて視覚的に示す手法です。

群馬大・青木繁伸先生が公開されている、Rによるチャーノフの顔グラフ描画プログラムを使って、次世代シーケンサーの「顔」を描いてみました。

この論文のTable1から、Illumina MiSeq、Ion Torrent PGM、PacBio RS、Illumina GAIIx、Illumina HiSeq2000について以下の8つの値を入力しました。

・Instrument Cost(K$)
・Sequence yield per run(Gb)
・Sequencing cost per Gb($)
・Run Time(hour)
・Observed Raw Error Rate(%)
・Read length(bp)
・Paired reads(0:No,1:Yes)
・Insert size(bp)

顔グラフには変数が18個必要なのですが、8個しか用意できなかったため、残りの10変数はすべて0としました。

描画結果です!(クリックで大きくなります)


作為的なことはしていないのですが、さすがライバル、IonPGMとPacBioがにらみ合う構図になりました。脇でMiSeqが心配しています。

GAIIがニコニコしてかわいいです。Illumina3兄弟は共通点が多いと思っていたのですが、意外と似なかったです。

変数を増やしたら全然違う結果になると思います。ご興味のある方はぜひお試しください。
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 12:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
統合データベース講習会に参加してきました
皆様こんにちは。detです。

先週の土曜と日曜に、NBDC主催の「統合データベース講習会(AJACS駿河)」に参加してきました。

今回は生命科学系のデータベースに関する講演だけでなく、超高速シーケンサーのデータ解析パイプラインに関する講演もあり、様々なお話が伺えて非常に勉強になりました。

今日は、その講習会で知ったKNApSAcKという面白いデータベースについてご紹介したいと思います。これは、奈良先端科学技術大学院大学の金谷先生が開発されているもので、薬、生物、食品、ヒトの様々な情報に関するデータベースの集合体として公開されています。このKNApSAcKのHPにアクセスすると、ポップな柔らかい感じのトップページが現れます。特に私が面白いと思ったのは、左にあるDietNavi(病気予防データベース)です。その中の各病気をクリックすると、その病気を予防する効果がある食物の詳細なリストが表示されます。このデータベースを活用すれば、様々な病気の予防に一役買ってくれるかもしれません。
他にも、食べ合わせリスト等のユニークなデータベースがあり、いろいろ見てみるのも楽しいでしょう。

まだまだ構築途中のようですので、今後の発展に期待したいと思います。
| deda | バイオインフォマティクス | 17:23 | comments(0) | trackbacks(0) |
第20回バイオインフォマティクス勉強会「Exomeデータ解析入門」開催のお知らせ
第20回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。
今回の勉強会では、多因子疾患のRare Variant探索を目的とした『Exomeデータ解析』を中心にご紹介したいとおもいます。
さらに、株式会社KMデータの谷口様をお招きして、Exome解析から得られた遺伝子の機能解析についてお話いただく予定です。

               記
日時 :2013年1月19日(土) 15:30〜17:00
場所 :東京ライフサイエンスインキュベーションセンター会議室A(東京     都立産業貿易センター 浜松町館6階)
地図 :http://tlic.incubation-center.com/access.htm
定員 :24名

お申込み方法などの詳細はこちらをご参照ください。勉強会後に懇親会を開きますので、ぜひ懇親会への参加をご検討ください。

今回の勉強会はUstreamにてライブ配信いたします。
http://www.ustream.tv/channel/amelieff

勉強会前(13:30〜14:30)には、会社説明会 in 東京を開催いたします。参加をご希望の方は、こちらをご参照のうえ、申込み下さい。

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。
| akb | 勉強会 | 11:15 | comments(0) | trackbacks(0) |
私の話し方は軽すぎました
その話し方では軽すぎます!  エグゼクティブが鍛えている『人前で話す技法』
その話し方では軽すぎます!  エグゼクティブが鍛えている『人前で話す技法』
矢野香

これは、NHKで長年アナウンサーをされてきて
「正統派スピーチ」第一人者を名乗る矢野 香さんが書かれた
「話し方」についてすぐ使えるノウハウがつまっている本です。

この本を読んで
「私の話し方は軽すぎた」
と思いました。

説得力のあるスピーチをするには、終始ニコニコしたり、
おもしろいことを言おうとしたりする必要はないそうです。
親しみやすさを狙うつもりが、軽薄に見えてしまう恐れがあるようです。

落研出身の性かもしれませんが、私は「いけそうだな」と思うと
つい受けを狙いにいってしまいます。
それによって人としての信頼感が失われていた可能性があります。
今後ちょっと気を付けたいと思います。

それと同じくらい私が一番衝撃を受けたのが、
「場になじみすぎては印象に残らないので、
 あえて似合わない色の口紅をつけて
 ちょっとだけ違和感をもたせる」

というテクニックでした。

著者は非常におきれいな方なのですが、
自分を最もきれいに見せるよりも
インパクトをとりにいくという男前な姿勢に
ぐっときました。

私も今まで選んだことがないような色の
口紅を買ってみようかなと思いました。
| hat | 書籍の紹介 | 18:19 | comments(0) | trackbacks(0) |
サポート
皆様、こんにちは。detです。

弊社のお客様には、アカデミアでご活躍されている先生方も大勢いらっしゃいます。私も、昨年4月にアメリエフにやってくる前は、アカデミアの世界でポスドクをやっていました。アカデミアの世界における評価尺度の一つに、論文があります。Peer-reviewed journal であることはもちろん、より impact factor の高い雑誌に載ることが重要になってきます。そのためには、研究の質が非常に大事になってきますね。

実は本日、私がポスドク時代に書いた論文がとある雑誌にアクセプトされました。First author が私ということもあり、嬉しさもひとしおです。この論文はなかなか雑誌に載らずに苦労したのですが、ようやくといった感じですね。

私どもにデータ解析をご依頼されるお客様も、論文発表を目標とされる方が多いと思われます。そのためには、質の高いデータをご提供することはもちろん、研究のより深い部分までのサポートも重要になってくると考えられます。ただ単に受けとったデータを解析して提出するだけ、ではいけません。専門性・情報収集力をより高めることで、お客様へ質の高いサポートが出来るよう、社員一同、これからも尽力していきたいと思います。
| deda | よもやま話 | 15:14 | comments(0) | trackbacks(0) |
Linux基礎 短期コース in 神戸 3月期 お申込み受付中です
バイオインフォマティクス・スクール『Linux基礎 短期コース in 神戸』のご案内です。現在、3月期のお申込みを受付けております。
Linuxを扱った経験がない方や初級者の方、また集中して学習したい方におすすめのコースとなります。

■Linux基礎 短期コース
2時間×5回の講義を2日間で学ぶコースです。

■開催日 : 3月12日(火)第1回 10:00〜12:00
               第2回 13:30〜15:30
               第3回 15:45〜17:45
       3月13日(水)第4回 10:00〜12:00
               第5回 13:30〜15:30

■会場   : 神戸会場

■講義内容:第1回 Linuxとは
      第2回 Linux のコマンドを用いたファイルの加工方法
      第3回 ソフトウェアのダウンロード方法と使用方法
      第4回 次世代シーケンスの公開データおよび解析ツールの活用
      第5回 次世代シーケンスのデータ解析

詳細は弊社ホームページでもご覧いただけます。
お申込みはこちらからお願いいたします。

関東圏の方は、『Linux基礎 定期コース in 東京』、『Linux基礎 短期コース in 東京』も開講しておりますので、こちらをご検討いただけましたら幸いです。

どうぞよろしくお願い申し上げます。
| akb | スクール | 10:36 | comments(0) | trackbacks(0) |
風邪と入浴
皆様、こんにちは。detです。

この季節、風邪をひかれている方も多いのではないでしょうか。

私も、先月はずっと体調を崩していました。栄養ドリンクを飲んだり、ミカンを食べたりと頑張ったのですが、体調は良くなりませんでした。そして、そのまま年末に帰省しました。折角の休みなのに、としょんぼりしていたのですが…。

実家で暖かいお風呂に浸かってお湯から出た途端、体調が復活していました。あれだけ対策をしても改善しなかった風邪が一気に治ったのです。我ながら驚きでした。

私は普段はシャワーしか浴びません。体がきれいになればいいぐらいの感覚でいました。もちろん、入浴には免疫力の向上や、ストレスの解消など、様々なメリットがあることは知っていましたが、ここまで効果があるとは思っていませんでした。

もし、風邪がなかなか良くならず、困っている方がいらっしゃいましたら、暖かいお湯に長時間浸かって、ゆっくり温もることをお奨めします(高熱がある場合は別ですが)。体調を整えて、一年のいいスタートを切りたいものですね。

それでは、本年も社員一同、お客様のニーズに応えられるよう努力を重ねていきたいと思います。よろしくお願いいたします。
| deda | よもやま話 | 16:45 | comments(0) | trackbacks(0) |
DNA折り紙
あけましておめでとうございます。hatです。

冬休みは折り紙にはまって、家にこもって
変わった種類の鶴やなにかをずっと折っていました。

ふと「DNA 折り紙」でネットを検索したところ
DNA二重らせんの折り方を紹介しているサイトがありました。
うまくできたので会社に持ってきて机に飾っています。
金と赤で、なんだかめでたい感じです。


「DNA 折り紙」で検索すると、紙の折り紙以外に、
DNA origamiのページもたくさんヒットしました。

DNA origamiは、DNAが相補的にくっつく性質を利用し、
任意の構造をとるポリマーとして利用する手法です。

DNA origamiで作ったニコニコマークの画像は有名ですが
小さい箱を作ったりもできるそうです。
ナノレベルの技術はいまいち実感がわかないのですが、
きっといろいろな産業利用の可能性があるのでしょうね。

今年も、二重らせんのようにお客様に寄り添って、
長く長く伸びていきたいと思います。
| hat | よもやま話 | 18:35 | comments(0) | trackbacks(0) |
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