アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
perlに挑戦中
perl初心者も初心者のtokunagaです。
まだまだ勉強中です。

先ほどまでvcfファイルをフィルタリングするプログラムを作成していました。
vcfとはVariant Call Formatの略で、次世代シーケンサーのデータから検出された多型を記述する一般的な形式です。
そして無事作成し終わり、ちゃんと実行できたことに感動しました。
ただ、絞り込みすぎて最後まで残る多型の数が少ないので、絞り込み条件を引数で設定できるようにしようと思います・・・・

メタ文字も最初は、なんだろうこの文字列は・・・・と思っておりましたが、使ってみると便利ですね。

近々今度はRにも挑戦予定です。
| tokunaga | バイオインフォマティクス | 12:14 | comments(0) | trackbacks(0) |
perlを他の言語から見つめてみる
こんにちは。detです。

今回は、他言語出身者(特にC言語出身者)がperlに触れるときに、
最初に躓きやすい点について簡単に記事にしてみました。

1.条件分岐において
Cでifの次にもう一度条件分岐するときは、else if と書きます。
perlも同じような制御構造をもつので、つい、else ifと書いてしまいますが、これは怒られます。else if ではなく elsif と書きます。
if(...){..}elsif(...){...}
こんな感じですね。

2.条件分岐において2
条件分岐の後の、実行文が一つだけだと、
つい以下のように書いてしまいます。
if($i<2) $i++; 
これ、perlでは動きません。ちゃんと{}でくくってあげる必要があります。
if($i<2){ $i++; }

3.出力について
printf ではなく print です。
ついprintfと書いてしまいます。
perlにもフォーマット指定出力用にprintfがありますが、
通常は print を使います。

4.変数について
まず、変数の頭に、$を必ず付けること。
これを案外忘れることがあります。
また、myなどの宣言は変数の型を表すのではなく、
その変数の有効範囲を表します。

今日はこのくらいで。detでした。



| deda | バイオインフォマティクス | 13:09 | comments(0) | trackbacks(0) |
送別会!
akbです。

入社して早くも1ヵ月が過ぎようとしています。
社会人生活にも慣れ、徐々に生活のリズムが出来始めてきました。

そんな矢先の出来事です。
昨日は、『タノ』さんの送別会でした。
とても賑やかな会になりました。

”少し”さみしくなりますが、今までタノさんが携わってきた仕事のフォローを少しでも早くできるように頑張っていこうと思います。

タノさん、お元気で!
| akb | よもやま話 | 19:26 | comments(0) | trackbacks(0) |
融合遺伝子検出ソフトウェア defuseを使ってみる【第三回】
融合遺伝子検出ソフトウェア defuseを使ってみる【第二回】のつづきです。

第一回ではデータの準備とソフトウェアのインストール、第二回では設定ファイルの編集とデータセットの作成を行いました。

今回はいよいよ融合遺伝子の検出を行います。

【第一回】
1. 解析データの準備
2. アノテーションデータの準備
3. ソフトウェアのインストール

【第二回】
4. 設定ファイルの編集
5. データセットの作成

【第三回】
6. 融合遺伝子予測



6. 融合遺伝子予測

defuseのscriptsディレクトリにあるdefuse.plを実行します。
この際、以下のオプションを指定します。
-c config.txtファイルのパス
-d 解析データ(Fastqファイル)があるディレクトリのパス
-o 結果を出力するディレクトリのパス
-p 実行プロセス数(指定しなければ1)

◆実行例
$ perl /usr/local/defuse-0.5.0/scripts/defuse.pl ¥
-c /home/hat/test_defuse/config.txt ¥
-d /home/hat/test_defuse/read ¥
-o /home/hat/test_defuse/out -p 2

-oで指定したディレクトリに結果が出力されます。
たくさんのファイルが出力されますが、重要なのは以下の3ファイルになります。

・result.tsv
 予測された融合遺伝子です。1行が1融合を示します。

・result.classify.tsv
 result.tsvにprobability列を追加したものです。

・result.filtered.tsv
 config.txtで指定したprobability_thresholdで、result.tsvをフィルタリングしたものです。

result.filtered.tsvの例を見てみましょう。
defuse-results.filtered.tsv
各遺伝子の染色体番号・染色体上の座標・向き、融合の位置・ロケーション(coding, UTR, intron, 上流下流など)、probabilityなどが記載されています。
本当に融合遺伝子らしいものがどれか、各情報で絞り込みを行ってください。

出力結果の詳しい説明はdeFuse manualをご参照ください。

これは第一回でご紹介した、融合遺伝子 TMPRSS2-ERGが入っているデータに対してdeFuseを実行した結果なのですが、ちゃんとTMPRSS2遺伝子-ERG遺伝子間の融合が予測できています。


これでdeFuseの記事は終わりです。お疲れ様でした!
無事に実行できましたでしょうか?

融合遺伝子解析が癌研究のさらなる発展につながることを期待しています。

ご注意
・本記事ではヒトの解析例を示します。同等の情報を用意できれば他の生物種でも実行可能と思われます。
・データを置く場所・ソフトウェアのインストール先などは、お使いの環境にあわせて読み替えてください。
・defuseは現時点の最新版(0.5.0)を使用しました。
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 10:21 | comments(0) | trackbacks(0) |
融合遺伝子検出ソフトウェア defuseを使ってみる【第二回】
融合遺伝子検出ソフトウェア・defuse【第一回】のつづきです。

前回は、データの準備とソフトウェアのインストールを行いました。
今回は、設定ファイルの編集とデータセットの作成を行います。

【第一回】
1. 解析データの準備
2. アノテーションデータの準備
3. ソフトウェアのインストール

【第二回】
4. 設定ファイルの編集
5. データセットの作成


【第三回】
6. 融合遺伝子予測


4. 設定ファイルの編集

defuseのscriptsディレクトリ以下にあるconfig.txtを適当な場所にコピーし、以下の項目を編集します。

・source_directory にdeFuseのソースコードのディレクトリを記載
source_directory = /usr/local/defuse-0.5.0/



・dataset_directory にデータセットを置くディレクトリを記載
前回ダウンロードしたアノテーションデータを元に、解析に必要なデータを作成しておく必要があります。これをデータセットと呼びます。
dataset_directory = /home/hat/test_defuse/dataset


・gene_models に遺伝子モデルGTFファイルのパスを、genome_fasta にリファレンスゲノムFastaファイルのパスを記載します。
gene_models = /home/hat/test_defuse/annotation/Homo_sapiens.GRCh37.62.gtf
genome_fasta = /home/hat/test_defuse/annotation/Homo_sapiens.GRCh37.62.dna.chromosome.fa


・repeats_filename にリピート情報ファイルのパスを記載します。
repeats_filename = /home/hat/test_defuse/annotation/rmsk_hg19


・est_fasta にESTのFastaファイルのパスを、est_alignments にESTのIntron情報ファイルのパスを記載します。
est_fasta = /home/hat/test_defuse/annotation/est.fa
est_alignments = /home/hat/test_defuse/annotation/intronEst.txt


・unigene_fasta にUniGene情報ファイルのパスを記載します。
unigene_fasta = /home/hat/test_defuse/annotation/Hs.seq.uniq


・各ソフトウェアのパスを記載します。
bowtie_bin = /usr/local/bin/bowtie
bowtie_build_bin = /usr/local/bin/bowtie-build
blat_bin = /usr/local/bin/blat
fatotwobit_bin = /usr/local/bin/faToTwoBit
r_bin = /usr/local/bin/R
rscript_bin = /usr/local/bin/Rscript


5. データセットの作成

defuseのscriptsディレクトリにあるcreate_reference_dataset.plを実行します。この際、-cオプションでconfig.txtファイルのパスを指定します。

config.txtのdataset_directoryで指定したディレクトリ内にデータセットが作成されます。この処理は少し時間がかかります。

これで準備は整いました。
次回はいよいよ融合遺伝子の検出を行います。

ご注意
・本記事ではヒトの解析例を示します。同等の情報を用意できれば他の生物種でも実行可能と思われます。
・データを置く場所・ソフトウェアのインストール先などは、お使いの環境にあわせて読み替えてください。
・defuseは現時点の最新版(0.5.0)を使用しました。

| hat | 次世代シーケンサー解析 | 18:28 | comments(0) | trackbacks(0) |
融合遺伝子検出ソフトウェア defuseを使ってみる【第一回】
前回ご紹介した融合遺伝子検出ソフトウェア・defuseを使ってみます。

一回目の今回は、データの準備とソフトウェアのインストールを行います。

【第一回】
1. 解析データの準備
2. アノテーションデータの準備
3. ソフトウェアのインストール


【第二回】
4. 設定ファイルの編集
5. データセットの作成

【第三回】
6. 融合遺伝子予測

1. 解析データの準備

融合遺伝子を調べたいサンプルのリードデータ(Fastqファイル)を用意します。

とりあえず動かしてみるだけなら、deFuseの論文[1]で使われているテストデータで試してみましょう。
これは元々融合遺伝子検出ソフトウェア FusionSeq[2]で使われたヒト前立腺癌のRNA-Seqデータで、融合遺伝子 TMPRSS2-ERG が含まれています。

2. アノテーションデータの準備

以下のデータをダウンロードして解凍します。

ヒトリファレンスゲノムhg19のFastaファイル(染色体がchr1〜21、MT、X、Y以外のFastaファイルは不要なので削除し、ヘッダーのdescriptionを削除して1ファイルにマージしておきます)

ヒト遺伝子モデルのGTFファイル

ヒトESTのFastaファイル

ヒトESTのIntron情報

ヒトUniGene情報

ヒトのリピート情報(UCSC Genome BrowserのRepeatMaskerトラックをダウンロード)


3. ソフトウェアのインストール

以下のソフトウェアをインストールします。

deFuse

bowtie ※0.12.5以上が必要

blat バイナリ版

faToTwoBit バイナリ版

R


これで、必要なデータとソフトウェアが準備できました。
次回は「設定ファイルの編集」「データセットの作成」を行います。

ご注意
・本記事ではヒトの解析例を示します。同等の情報を用意できれば他の生物種でも実行可能と思われます。
・データを置く場所・ソフトウェアのインストール先などは、お使いの環境にあわせて読み替えてください。
・defuseは現時点の最新版(0.5.0)を使用しました。


[1] McPherson A, et.al
____deFuse: an algorithm for gene fusion discovery
____in tumor RNA-Seq data.
____PLoS Comput Biol. 2011 May;7(5):e1001138.
____http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21625565

[2] Sboner A, et.al
____FusionSeq: a modular framework for finding gene fusions
____by analyzing paired-end RNA-sequencing data.
____Genome Biol. 2010;11(10):R104.
____http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20964841
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 09:19 | comments(0) | trackbacks(0) |
融合遺伝子検出ソフトウェア・defuse
最近この業界でホットなキーワードの一つが、「融合遺伝子(fusion gene)」ではないでしょうか?

融合遺伝子は、体細胞ゲノムで生じたリアレンジメント部位から転写された異常な遺伝子のことで、癌との関連が注目されています。
同じ染色体上で生じる場合も、異なる染色体間で生じることもあります。

融合遺伝子が発現するということは、ページがばらばらに混ざってしまったレシピ本を使って料理を作るようなことではないかと思います。
ハンバーグを作っていたのに途中からレアチーズケーキの手順になってしまったら、とんでもないものができてしまいますよね。

融合遺伝子検出ソフトウェアはいくつかありますが、今のところ最も使われているものの一つが、今回ご紹介するdefuseです。
defuseは、カナダのブリティッシュ・コロンビア州がん研究所(BC Cancer Agency)とサイモンフレーザー大学(SIMON FRASER UNIVERSITY)により開発・提供されているオープンソースのソフトウェアです。

明日から3回にわたって、defuseの使用手順をご紹介したいと思います。
明日は、データの準備と、ソフトウェアのインストールを行います。

【第一回】
1. 解析データの準備
2. アノテーションデータの準備
3. ソフトウェアのインストール

【第二回】
4. 設定ファイルの編集
5. データセットの作成

【第三回】
6. 融合遺伝子予測

ご注意
・本記事ではヒトの解析例を示します。同等の情報を用意できれば他の生物種でも実行可能と思われます。
・データを置く場所・ソフトウェアのインストール先などは、お使いの環境にあわせて読み替えてください。
・defuseは現時点の最新版(0.5.0)を使用しました。
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 09:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
Perl
こんにちは。detです。

先週から、仕事で使用するスクリプトをPerlで書き続けています。
少しずつPerlの記法というものが、理解できて来ました。

なにより、Perlは自由な面が多く、これがメリットでもあり、
デメリットでもあると思います。

たとえば、以下の点などは、私のようなCしか経験のない人間には、
驚きでした。

1:型宣言が無くても変数が使える
型宣言をしなくても、文字でも数字でも何でも格納できてしまいます。
最初はどの変数が何に対応しているのかわかりにくくなるのでは、と思いましたが、これが慣れるとなかなか楽。(スコープの関係で、myはつけます)

2:if修飾子などの省略記法が色々ある
Perlは省略記法が優れていて、どんどんスクリプトを省略できます。
例えばif修飾子は、命令の後ろにつけることでその命令の条件分岐ができます。
my $i = 1;
print "hello!¥n" if $i == 1;


3:多彩な正規表現
なにより、Perlを特徴付けているのが、正規表現でしょう。
多彩な正規表現により、文字列処理がかなり容易に行えます。

ほかにも色々ありますが、今日はこのくらいで…。
| deda | バイオインフォマティクス | 09:52 | comments(0) | trackbacks(0) |
間違えていたのは最初でした・・・・
tokunagaです。

前回の記事で私は、Linux基礎の課題で多くのエラーが出て苦しんでおりましたが、
CentOSをインストールしなおしたところ拍子抜けするほどうまくいきました。
どうやら最初のセットアップの手順を間違えていたようで・・・・
色々なツールが入ってなかったようです。
それまでの苦労が嘘のようにあっさりと最後まで課題をやり遂げられました。
おかげでエラーには強くなれたような気はします。

皆さんもお気をつけください・・・
| tokunaga | バイオインフォマティクス | 18:00 | comments(0) | trackbacks(0) |
「NGS現場の会 第2回研究会」出展のご案内
アメリエフ株式会社は、2012年5月24日(木)〜25日(金)にホテル阪急エキスポパークにて開催される「NGS現場の会 第2回研究会」に出展いたします。
皆さまのご来場をお待ち申し上げます。

■ 研究会ホームページ
http://ngs-field.org/meeting/2nd

■ 開催期間
2012年 5月 24日(木) 〜25日(金)

■ 会場
ホテル阪急エキスポパーク オービットホール
大阪府吹田市千里万博公園1-5
詳細:http://www.hankyu-hotel.com/hotel/hhexpopark/banquet/74/index.html

■交通アクセス
・梅田/新大阪駅から 
地下鉄御堂筋線「千里中央駅」で大阪モノレールに乗り換え
門真市方面(彩都西方面)「万博記念公園駅」下車 徒歩5分
・大阪空港から
大阪モノレールで「万博記念公園駅」下車 徒歩5分
詳細:http://www.htl-expopark.jp/web/access/index.html

■ 展示内容
オープンソースのツールを組み合わせて構築したデータ解析パイプラインをご紹介いたします。実際の解析をイメージ出来ますように、解析手順やコマンド、実行時間などを中心に構成する予定です。
皆様の研究の一助となれますよう準備を進めて参りますので、ご期待ください。
| きむ | 学会出展 | 17:12 | comments(0) | trackbacks(0) |
英語の論文を読む際に便利なツール
akbです。
ブログ更新の順番で、1週間の早さを実感しております。

さて、今日は英語の論文を読む際に便利なツールを紹介します。

1.準備するもの
下記の 銑をインストールします。
.屮薀Ε供Fire fox
▲▲疋ン:Greasmonkey
(https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/greasemonkey/)
スクリプト:『Fast look up JP and EN』
(http://userscripts.org/scripts/show/12901)

2.インストール後の確認
ブラウザ画面の右上か右下にサル(monkey)のアイコンが表示されていればOKです。
サルのアイコンに色が付いてない場合は、アドオンが有効になっていないので、アイコンをクリックして"有効"にチェックをいれます。
サルのアイコンの隣にある下矢印を押すと『Fast look up JP and EN』にもチェックが入っていることが確認できます。
ここで、『ユーザースクリプトコマンド』を選択し、『Fast look up JP and EN-reset setting』の項目をクリックします。

3.起動確認
画面上で、『Alt+y』を押します。
すると、ポップアップ画面が表示されるので使いたい辞書にチェックをいれます。チェックは数字で表記されますので、使いたい順番にクリックしていきます。(画像を参照)


4.いざ実践
web上の英語ページにいきましょう。
検索したい単語の上にマウスのカーソルを持っていき、Altキーを押しながらダブルクリックします。
辞書が表示されれば成功です。
(画像はRNAという単語の上でダブルクリックをした結果です)


これで、論文講読のスピードも上がると思いますので、ぜひお試しください。
| akb | バイオインフォマティクス | 18:24 | comments(0) | trackbacks(0) |
言葉の違い
こんにちは。detです。

私は、現在、バイオインフォマティクス関連のデータ処理プログラムを
Perl言語で作成しています。

今まで、私が主に使っていたのがC言語でしたので、Perlは初挑戦です。

宣言、配列、入出力、関数の取り扱いなど、似ているところもあれば、
かなり異なるところもあり(実際はかなり異なることが多い)
悪戦苦闘しています。

もう少しPerlに慣れてきましたら、Perlについての記事を、
少しずつこのブログで書いていきたいと思っています。

それでは、この辺りで失礼いたします。
| deda | よもやま話 | 17:17 | comments(0) | trackbacks(0) |
「Linux基礎」が始まります
こんにちは。hatです。

今週土曜日から、バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」が始まります。
本コースでは、Linuxをあまりお使いになったことがない方に、Linuxの基本的な使い方からバイオ系ソフトウェアのインストール〜実行までを、実際に手を動かして学んでいただきます。

LinuxのCUIに接して最初に戸惑うのが、「ディレクトリ間の移動」「環境変数PATH」「アクセス権限」あたりではないでしょうか。

「ディレクトリ間の移動」

ディレクトリ間の移動で混乱しがちな原因の一つが、「自分が今どこにいるのかわからなくなる」ことではないかと思います。
今いる場所がわからなくなったら、「pwd」コマンドを実行しましょう。

pwd→今いる場所の絶対パスを表示する

【pwd 実行例】
$ pwd
/home/hat


「絶対パス」という言葉が出てきました。これに対して「相対パス」というものもあります。
絶対パスは「どこから見ても通じるパス」、相対パスは「今いるところから見たパス」です。

例えば「JR浜松町駅」から「弊社(東京都港区海岸1-7-8 東京都立産業貿易センター浜松町館6F)」に移動する場合に

「/銀河系/太陽系/地球/日本/東京都/港区/海岸1-7-8/東京都立産業貿易センター浜松町館/6F部分にワープする」

と指定するのが絶対パスで、

「北口改札を出て右側に5分くらい歩くと右側に東京都立産業貿易センター浜松町館があるので6Fへ上る」


と指定するのが相対パスです。
近い場所に行きたい場合は相対パスが簡単ですし、少し遠いところに行きたい場合は絶対パスのほうが間違えづらいかもしれないですね。

ちなみに、絶対パスは「/」で始まって、相対パスはフォルダ名や「../(=今いるディレクトリの一つ上のディレクトリの意)」などで始まります。

絶対パスと相対パスを理解したら、他のディレクトリに移動してみましょう。
ディレクトリ間の移動は「cd」コマンドで行います。

cd→他の場所に移動する

【cd 実行例1】
$ cd /usr/local # 絶対パスで指定
$ pwd
/usr/local

【cd 実行例2】
$ cd bin # 相対パスで指定
$ pwd
/usr/local/bin

【cd 実行例3】
$ cd # cdだけ実行するとホームディレクトリに移動
$ pwd
/home/hat


ちなみに、パスを途中まで入力して「Tab」キーを押すと、パスが補完されます。

【cd 実行例4】
$ cd /usr/local/ # ここまで打って「Tab」キーを2回

bin/___etc/___games/___include/___lib/___lib64/___libexec/___sbin/___share/___src/
# /usr/local/の下にあるサブディレクトリが表示されます
# (サブディレクトリがない場合は何も出ません)


pwd, cdに加えて、最低限以下のコマンドさえ知っていれば、Linux上で少し自由に動けるようになるのではないでしょうか。

ls→今いるディレクトリに存在するファイル/ディレクトリ、およびそれらの属性を表示する

mkdir→新しいディレクトリを作る

それぞれのコマンドの使い方は、コマンドに-hをつけて実行したり(-hでヘルプを出すようになっているコマンドの場合)、「man」コマンドで見ることができます(マニュアルがないコマンドもあります)。

man→コマンドの使い方を見る

【man 実行例】
$ man pwd # 使い方が表示されます。「q」で終了します。


「環境変数PATH」「アクセス権限」については後日

間違いやわかりづらい点などありましたら、ぜひご意見をお寄せください。
| hat | システム | 12:33 | comments(0) | trackbacks(0) |
昨日は歓迎会でした
tokunagaです。

昨日の夜は歓迎会で焼肉でした。
とてもボリュームがあり、つい食べ過ぎてしまいました・・・・
そしてなによりお酒の強い方々しかいないことに驚きました!

私は先週に引き続き、Linux基礎を学んでおります。
なかなか課題が終えられず、苦戦しております。
一歩進むたびにエラーに出会います・・・

しかし少しずつ基礎は理解出来てきたので、エラーにめげず頑張っていきます。

| tokunaga | よもやま話 | 14:14 | comments(0) | trackbacks(0) |
歓迎会!
春の嵐で帰宅難民になったakbです。
引っ越しの荷物も徐々に片付き、部屋も落ち着いてきました。

入社して早くも1週間が過ぎました。
この1週間は、会社の教材を用いてLinuxの基礎を学びました。
虫食い状態だったLinux知識の体系化ができ、良い勉強になったと思います。

今日は、このあと『歓迎会』です!
入社して初めての飲み会、今から楽しみです^^
| akb | よもやま話 | 18:03 | comments(0) | trackbacks(0) |
はじめまして
この四月から、インターンシップ生としてお世話になっています、
detと申します。

私はこれまで、アカデミアの世界で生体分子の
シミュレーションに関する研究をしていました。
ですが、ビジネスの世界に挑戦したいと思い、
アカデミアを抜け出して、こちらの世界に飛び込んできました。

これまでとは異なる分野の仕事になりますので、
いろいろ、学ぶことも沢山あり、勉強の日々です。
立派なバイオインフォマティシャン && ビジネスマンを目指して
奮闘していきたいと思っています。

よろしくお願いいたします。
| deda | よもやま話 | 09:33 | comments(0) | trackbacks(0) |
はじめまして 〜三人目です〜
2012年度入社のhatです。

今年、弊社に新入社員が三名入りました。
ご挨拶三人目の私は中途採用で、前の会社ではnon-coding RNAやRNA-Seqに関わる仕事をしていました。

私の趣味は落語を聞くことなのですが、つねづね落語は生物のゲノムDNAによく似ていると思っていました。
例えば、
・師弟間で受け継がれ、時流に乗って変化するところ
・流派によって細かい違いがあるところ
・一見無駄話(non-coding)ばかりに見えるところ
などです。

都内には、落語を生で観られる寄席(よせ)がいくつかかあります。
落語がDNAなら、寄席はRNAではないかと思います。
噺家さんはお客さんの様子、時事ネタ、前後の演目との兼ね合いなどから、アドリブを入れたり一部を端折ったりして落語を演じるのだそうです。
まるでRNAの発現調節やスプライシングのようではないでしょうか。

これから皆さんと一緒に、DNAを味わいながらRNAのライブを楽しんでいきたいと思います。

よろしくお願いします。
| hat | よもやま話 | 10:18 | comments(0) | trackbacks(0) |
はじめまして 〜二人目です〜
2012年度入社のtokunagaです。

九州から上京してまいりました。
まだまだ東京の生活にも慣れておりません・・・・

先月、大学院の修士課程を修了しました。
私の大学での専攻は魚類免疫学で、ゼブラフィッシュを用いて硬骨魚類の免疫メカニズムについて研究してました。
ゼブラフィッシュを卵から育ててました。

しかしパソコンを使ってガッツリ分析するという経験があまりなかったので、
今わからないことだらけです!

一生懸命勉強していこうと思います!!
不器用な私ですが、ウサギとカメのカメのように頑張ります。
よろしくお願いいたします。
| tokunaga | よもやま話 | 14:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
はじめまして 〜春の嵐の中で〜
はじめまして。
2012年度入社のakbです。
会社のブログ更新という大役を仰せつかりまして、大変緊張しております^^;

はじめての投稿なので、少し自己紹介をしようと思います。

私は、今年の3月に大学院を卒業しました。
学部ではワムシ、ウナギ、メダカ、トラフグなど様々な水圏生物を対象に研究を行っていました。
大学院では情報生命学を専攻して、シロイヌナズナの研究をして(?)いました。

はやく一人前のインフォマティシャンとして活躍できるように日々精進しようと思います。
これからもブログの更新、頑張っていきますので、よろしくお願い致します。
| akb | よもやま話 | 17:48 | comments(0) | trackbacks(0) |
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