アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
1分子DNAシーケンサー、解析速度が向上
気になるニュースをご紹介します。

1分子DNAシーケンサ「HeliScopeCAGE法」の解析速度を約5倍に向上

すごく詳細に紹介されていて、とてもわかりやすい記事ですね。

従来は、人力によってサンプル調整を行っており、そこが律速と
なっていたようです。
私自身は、このようなサンプルの調整を行ったことがないので、客観的にしか
話せませんが、人力作業だと時間の問題もさることながら、サンプル自体も調整する人によって、微妙に違いが出てくる可能性もあるのではないかと思います。

その点、今回の手法は、サンプル調整を機械により自動化し、かつ一度に複数のサンプル調整ができるという点から解析速度の向上につながったようです。
(もっと細かい改善点もいろいろあるでしょうが)

この自動システムを確立させ、次世代シーケンサーに応用されることを期待します!!
| | バイオ | 18:28 | comments(0) | trackbacks(0) |
CentOS 6.2が公開されました!
弊社でも使用しているLinuxOSの“Cent OS”に、CentOS 6.0が公開されました!!!!
(詳細はコチラ

先日、バージョン6.1が公開されたのですが、試す間もなく・・・。
何が新機能として追加されたのか、非常に楽しみです。

興味のある方は、ぜひ試してみてください。
(CentOS はコチラからダウンロード可能


| | システム | 17:49 | comments(0) | trackbacks(0) |
インフルエンザウイルスの新規検出法!
本日は気になるニュースをご紹介します。

新検出法を理化学研開発 より速く正確に

インフルエンザウイルス検出には、一定量のウイルスが必要です。
従来の方法だと、ウイルスを増加させるために数時間かかります。

今回紹介されている方法は、ウイルスの増殖に関わる遺伝子を増やし、ウイルス自体の増殖を促進させるというものです。

検出時間は、6時間から40分に短縮!
しかも従来の方法より、より正確にウイルス型を検出できるのですから、早く実用化されてほしいですね。
| | バイオ | 18:08 | comments(0) | trackbacks(0) |
生命情報工学研究センターワークショップ 2011
1月24日から27日まで、生命情報工学研究センター(CBRC)ではBiWO2011 (Bioinformatics Week in Odaiba 2011) が開催されています。

今日は、「次世代シークエンサーのデータ解析」にフォーカスしたHPCIワークショップがあったので参加しました。
HPCI(High Performance Computing Infrastructure)戦略プログラムは、文部科学省の補助事業です。CBRCは、平成23年度から5年間、「HPCI戦略プログラムにおける人材養成プログラム」として、セミナーやワークショップを実施するそうです。

3月8日(木)〜9日(金)には、「次世代シークエンサー データ解析入門」として、1人1台のPCを使用する実習つきのチュートリアルセミナーが開催されます!!
URL: https://hpci.cbrc.jp/modules/tutorial/index.html

この機会を活かして、多くのノウハウを取り入れたいと思います。
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 15:17 | comments(0) | trackbacks(0) |
Ion Proton Sequencer
2012年1月10日(米国現地時間)、Life Technologies社がIon Protonシーケンサの先行受注を開始しました。
「1日と1000ドルでヒトゲノム解読を実現するシーケンサ」の登場です。
PGM(Ion Personal Genome Machine)の半導体シーケンシング技術を基盤としています。
すでに、ベイラー医科大学、イエール大学医学部、およびBroad Instituteの導入が決定しているそうですよ。

2種類のチップが、紹介されていました。
1. Ion Proton I Chip
 ヒトエクソーム2人分、10Gbase/ラン、1000ドル/ラン
2. Ion Proton II Chip
 ヒトゲノム1人分、100Gbase/ラン、1000ドル/ラン
スループットと費用は予定の段階だそうですが、短期間に低価格でスケールアップを実現するポテンシャルの高さは、半導体シーケンシング技術ならではということになるのでしょうか。

気になる価格ですが、下記のとおりです。
シーケンサ本体のみ: 149,000ドル
シーケンサ本体+サーバー+その他システム: 244,000ドル

プレスリリースはこちらです。
http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-gallery/press-releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
日経バイオテクに、日本語の記事があります。
https://special.nikkeibp.co.jp/ts/article/ab0a/115203/

日本では、今年の秋にリリースされるそうですよ!
シーケンサ本体+サーバー+テンプレート調製自動システムIon OneTouch システム :3360万
詳細はこちらです。
http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/product/modelpage.jsp?BUCD=138106&PLCD=138105&MODELCD=142136
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 09:15 | comments(0) | trackbacks(0) |
孔脳症の原因遺伝子を発見
本日は気になるニュースをご紹介します。

孔脳症の原因遺伝子発見
(詳細はコチラ
(さらに詳細はコチラ

孔脳症とは、とても簡単に言うと大脳半球内に孔(空洞)ができる症状のことです。その原因として、血管基底膜の形成異常がわかっているそうです。

簡単な絵にしてみました。


(血管だけに限らないが)血管基底膜は、フィブロネクチンやコラーゲンなどで形成されており、血管を生成する細胞は、これらに特異的に結合し、接着しています。
このコラーゲンが形成異常を起こすと、細胞の結合ができなくなるため、空洞ができるのではないでしょうか?

今回は、上記の形成異常の原因が遺伝的変異であるということを解明したそうです。



| | バイオ | 18:35 | comments(0) | trackbacks(0) |
謹賀新年
謹んで新春のお慶びを申し上げます。

あっという間に2012年です!

“一年の計は元旦にあり”という言葉がありますが、
弊社でも本日、“一年の計”をほぼ一日費やして行いました。
元旦ではありませんが。

新しいサービスの案が出たり、これまでのサービスを見直したり。
久しぶりに脳がキャパオーバーを訴えています。

皆様に満足していただけるようなサービスを提供できる様、今年一年、また頑張ります!

よろしくお願いいたします!
| | よもやま話 | 18:22 | comments(0) | trackbacks(0) |
新年のご挨拶
新年、明けましておめでとうございます。
アメリエフ株式会社 代表取締役社長の山口 昌雄です。

2011年は世間でも多くのことがございましたが、弊社にとりましても激動の1年間でございました。

多くの方々に支えられて事業を継続できているという事実の重みに、改めて気付くことができた一年でございました。

私の2012年の抱負は、漢字一文字で表すと「人」です。

社員、お客様、取引先様、家族、そして社会全体に対しまして、どうやったら貢献できるか、を常に考え続け、日々精進して参ります。

本年も宜しくお願い申し上げます。

アメリエフ株式会社
代表取締役社長 山口 昌雄
| 社長 | 会社のこと | 16:53 | comments(0) | trackbacks(0) |
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