アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
遺伝子ビジネス
本日は、気になる記事を御紹介します。

遺伝子ビジネスの最前線

国家プロジェクトである「オーダーメイド医療実現化プロジェクト」が始り、早9年。
(弊社もそのうちの1つとなるでしょうが)次世代シーケンサーの普及と共に
様々なバイオベンチャーが旗揚げしているように思います。

バイオインフォマティシャンのニーズも今後ますます増えそうな予感です。
| | バイオインフォマティクス | 17:30 | comments(0) | trackbacks(0) |
バイオインフォマティクス・スクールの様子
私が講師を務める、バイオインフォマティクス・スクールの様子をお伝えします。

10/22(土)にLinux基礎コースの第1回目のクラスがあったのですが、みなさん少々苦戦していました。

宿題に少々手こずったことと、授業中も実際にコマンドを打っていただくので、タイポ(タイピングミス)で打ち間違ったり、こちらが想定したディレクトリ構成と異なる準備をされていたため、「ファイルが存在しない」というエラーに直面したり・・・。

弊社スタッフが教室内に控えているので、サポートしながらの進行でしたが、2時間半はあっというまに過ぎてしまった感じがします。

終わった後は、みんなでお昼ご飯を食べに行ったりと、和気あいあいとした雰囲気の第1回目のクラスでした。

私にとっても初めての取り組みなので、わからないことばかりですしとても緊張しています。みなさまに助けられながらも、お役に立つ良いサービスを提供していきたいとおもいます。
| 社長 | スクール | 16:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
タイ洪水の影響でHDDが高騰!?
本日は、気になるコラムをご紹介します。

タイの洪水により、HDDが高騰!

私事ですが、本日サーバーの構築業務を行っており、HDDを追加注文しようとしたところ、目的の内蔵型HDDが品薄状態となっておりました。

そこでこのニュースを発見!

天災であるとはいえ、とても不安です。

タイの友人に連絡をしたところ、“都会はまだ大丈夫だけど、実家は大変!テレビが流された!”と言っていました。
それもすごく心配です。

| | システム | 18:10 | comments(0) | trackbacks(0) |
アライメント続編
先日は、bwaのアライメントアルゴリズムに関して記述しました。
本日は、その続編を記述致します。
よろしくお願い致します。

bwaでアライメントを行う際は、必ずReferenceゲノムのindex化が必要です。つまり、Suffix Arrayを作成しておく必要があります。

そもそもアライメント(Alignment)とは、“位置合わせ”、“一列に揃える”という意味です。つまり、Referenceゲノムの配列と、Sampleの配列で位置合わせを行う事がアライメントです。
すごく簡単に言ってしまえば、Sample配列の文字列検索をするようなものだと考えます。

それでは、なぜ、ReferenceゲノムのSAを作る必要があったのでしょうか?
ということで、ここからSAの補足を行います。


ReferenceゲノムのSAを作っておくことで、検索が容易になり、かつ同時に位置情報まで判明します!
このようなメカニズムでアライメントを行うから、短時間で必要情報を得る事ができるのですね。
| | 次世代シーケンサー解析 | 18:55 | comments(0) | trackbacks(0) |
疾患感受性遺伝子の発見
本日は、気になるニュースを御紹介します。

「思春期特発性側弯症 (AIS)」の疾患感受性遺伝子の1つを発見

2000名のAIS患者さんからDNAサンプルを採取し、GWAS解析を行っています。
その結果、10番染色体上に存在する3つの疾患SNP候補を同定し、その中から、“rs11190870”が最も強い相関を示す事が判明したそうです。

さらに、このSNPは脊髄や筋肉の発生に関与する遺伝子(LBX1)の近傍に存在しています。よって今回発見したSNPが、筋肉、脊髄に関与しているということをより強く示唆する結果となったようです。

弊社でもSNP解析を行っています!詳細はコチラ
| | SNP解析 | 18:54 | comments(0) | trackbacks(0) |
アライメントのアルゴリズム
次世代シーケンサの解析を行う際、アライメントという作業を行います。

本日は、アライメントツールとしてbwaを例にとり、アライメントのアルゴリズムに関して記述していきます。
よろしくお願いします。


bwaのInformationでは、Burrows-Wheeler Transform (BWT)をベースとしたアルゴリズムが組まれています(コチラを参照)。

さらに、bwaでアライメントを行うと、“calculate SA coordinate”と表示されます。

BWTって・・・?
SA(Suffix Array)とは・・・?

ということで下記のHPを参考にし、ゲノム配列に置き換えて考えてみました。

wiki ブロックソート
Burrows Wheeler TransformとSuffix Array
Suffix Arrayの概念

大量のデータを用いて検索を行う際に、用いられる方法のようです。
DNA断片の配列を繰り返し並列で並べ、印を付ける(index化)。
その後、ソートを行うことで、SAを作成することができるようです。



今日はここまでです!
| | 次世代シーケンサー解析 | 19:05 | comments(0) | trackbacks(0) |
明日はいよいよ
明日は、弊社の新しい事業であるバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の開講初日です。
(詳細はコチラ

Day1では、Linuxの基本から、基本的なLinuxのコマンド操作までをご紹介します。
計画通りにいけばよいですが・・・。

今からとても緊張しています。
| | バイオ | 18:33 | comments(0) | trackbacks(0) |
ゲノム解析によるがん治療の進展

世界初 肉腫治療へゲノム創薬

滑膜肉腫に対するゲノム解析の結果を応用し、治療薬の開発を行ったそうです。

日本では、創薬・臨床過程の規約が厳しいため、臨床試験をすることができませんが、フランスではすでに始まったようですね。

上記の記事にも記載されていますが、再生医療や今回のような創薬分野は、日本発というものが多いのではないでしょうか?
しかし、行政的な規制が厳しい理由から臨床実験までに大変長い時間がかかります。

規制の厳しさは、創薬において大切です。
慎重であることはよいことだと思います。

しかし、個人的には、科学の進歩をもう少し信用して、少しでもよいから規制を緩めてもよいのではないかな?とも思います。
| | バイオ | 17:54 | comments(0) | trackbacks(0) |
まるで演劇
本日は、お気に入りのスピーチを紹介させていただきます。

iPhoneを発表するスティーブ・ジョブズ

この時期に紹介すると、ミーハーな印象を与えてしまいますが、
その通りです。

まるでジョブズ劇場ですね。聞いてるだけで、ワクワクします。
コンセプトを熱く説明する必要性とストーリの運びが特に勉強になりました。

そしてなによりこのスピーチは、とても聞き取りやすいです!!


そしてもう一つ。
平井一夫氏のスピーチ

憧れです。本当にかっこいい。
さすが世界のSONYさんです。
ストーリーの運びも好きですが、個人的には平井さんの“間”が好きです。
魅せたいところやここぞ!という時の平井さんの“間”は、本当に心地よいと思います。
| | よもやま話 | 18:35 | comments(0) | trackbacks(0) |
インフルエンザ予防接種
私事ですが、大学院時代から毎年インフルエンザ予防接種を受けています。
今年は10月中旬ぐらいからだそうですが、ワクチンが遅れる可能性もあるとのこと(こちらから)。
しかしこれは、毎年ニュースになっていますね。

私は、11月初めに受けます。
ワクチンが効き始めるのは、接種して1か月後から3カ月間がピークだと聞いたことがあるためです。
インフルエンザの流行の期間と予防接種の効果がある期間をかぶらせようという作戦です!

その作戦は、見事に失敗し、3月初期にインフルエンザにかかってしまいました。

でも予防接種を受けていたため、軽い症状で済みましたよ。
今年も必ず接種します。


| | バイオ | 17:48 | comments(0) | trackbacks(0) |
ペスト菌は600年前から進化せず?!
本日も気になる記事を紹介します。

ペスト菌、600年前から変化せず

さらに詳しい情報はこちらから

ペスト菌は、黒死病の原因とされている菌です。
600年前のペスト菌を採取し、Referenceとしてペスト菌CO92株とマッピングを行っています。

今回は、ペスト菌の進化に関与しているとされている2つのプラスミドの塩基配列を比較しています(pMT1, pPCP)。
その結果、600年前のペスト菌とReferenceとでは、わずか2および4箇所のみの違いしか見つからなかったそうです。つまり、ペスト菌はほぼ進化せず現代に至るという結論です。

600年前は、死の病と恐れられていた黒死病ですが、現在では回復率85%!
医学の進歩を感じます。

| | バイオ | 19:10 | comments(0) | trackbacks(0) |
勇気ある前進
本日は、気になる記事を紹介します。

なぜ東日本大震災を想定できなかったか

日本地震学会が始まります。
今回の議論内容は、地震の予測ができなかったことに対する原因についてです。

人間は、自分が間違いや失敗を起こした時、まず言い訳をするように思います。私もそのうちの一人。

日本地震学会のような大きな学会、組合で間違いをみとめ、原因を探ろうとすることは、とても勇気が必要なのではないでしょうか?
しかし前進する為には、必ず避けられないことだと思います。

私的なプライドを優先することなく、学問に対するプライドを見せた学会に対して、誰も批判することはできないと思います。

私も、変わらないといけないなと痛感しました。
| | バイオ | 19:45 | comments(0) | trackbacks(0) |
満月
休日をいかがお過ごしでしたか?

最近、朝晩とめっきり冷え込み、秋の到来を肌に感じています。

明日は満月です。

暦カレンダー

東京へ来て、空を見上げることが減りましたが、明日は忘れず見てみようと思います。
満月を見ると、月(ツキ)が回ってきたなと感じ、なんだかラッキーな気持ちになります(ダジャレです)。
| | よもやま話 | 19:16 | comments(0) | trackbacks(0) |
土を喰らう日々
本日は書籍のご紹介です。

土を喰らう日々 水上 勉(著)

著者である水上さんは、幼少時代にお寺で修業をされています。
その時の炊事当番時に体験した、野菜や穀物に対する考え方、食し方について書かれた本です。

食べ物を頂くということは、その土地の土を喰らうことと同じであるという観念を通し、人間のあり方まで説いてあります。
これまで野菜の皮は、剥いてましたが、そこが一番土と触れるところ。栄養を頂いているところです。
最近では、剥かずおいしくいただいてます。

私ごとですが、昨日祖父からお米が届きました。
遠く離れていても、故郷の土に触れることができ、とてもうれしく思います。
| | 書籍の紹介 | 19:15 | comments(0) | trackbacks(0) |
Linux講座に向けて
本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールで、“なぜLinux講座を第1科目として選んだのか”を自分なりにまとめました。
よろしくお願いいたします。

その1:解析ツールの問題
バイオインフォマティクスで使用する解析ツールは、Linux仕様で公開されています。
中には、WindowsやMacなどで使えるツールもありますが、このようなツールは、Linuxで公開されたあと、一般的に使用される状態となって、始めて使用しやすいWindowsおよびMacバージョンで公開されます。

Linuxが使えないと自分で解析したくても、WindowsおよびMacバージョンが出るまで、待つ必要がありますね。

Linuxが使用できる様になると、どのような解析ツールも使用する事ができます。新しいツールが出た際は、自分で試してみる事も可能ですよ!

その2:大量データの扱い
次世代シーケンサーでは、結果として大きな出力データを受け取る場合が多いかと思います。しかしそれらのデータは、Excel等で見る事が困難です。

そのデータの必要な部分だけ見たい!もしくは必要な箇所の結果だけ見たい!という時、Linuxが使用できると、データを自分の思い通りに切り抜き、小さなデータを作成する事が可能です。

小さなデータを作成する事で、得たい情報をExcel等で確認する事ができるようになります!

その3:繰り返し操作の簡易化
Primerを数百個作りたい!とか数万個あるクエリー配列がどの遺伝子に当たるのか確認したい!という時、同じ作業を何度も繰り返す事は、とても気が遠くなるお話だと思います。

Linuxでは、この様な繰り返し作業を自動的にやってくれます。つまり、大変なルーチン作業も1度で終了します。時間も短縮です。



いかがですか?
バイオインフォマティクスをやっていく上で、Linuxとは切っても切れない関係にあるのです。
Linuxの勉強会は、多くありますが、上記の様な事が補えるかというと・・・。

弊社が行うLinux講座では、バイオインフォマティクスに特化した内容となっているため、上記の内容を補う事ができるスクールとなっています。
なかなか怪訝されがちなLinuxですが、私たちと一緒に学んでみませんか?
| | スクール | 20:37 | comments(0) | trackbacks(0) |
2011年10月期「バイオインフォマティクス・スクール」「Linux基礎」は土曜日コースのみ
2011年10月期バイオインフォマティクス・スクールLinux基礎平日コースは、お申し込みが最小人数に達しませんでしたので、開講されないことが決定いたしました。

受講をご検討いただいていたみなさまにはご迷惑をおかけしますが、ご理解の程よろしくお願い申し上げます。

なお、土曜日コースは開講が決まっています。
10/8(土) 10時〜説明会もございますので、お気軽にご参加ください。お待ちしております。
| 社長 | スクール | 19:25 | comments(0) | trackbacks(0) |
Eigenstratで主成分分析〜PCA解析〜
これまでに、eigenstratに必要なファイルに関して記述致しました。
本日は、いよいよ主成分分析です。

使用するファイルを記述します。
   example.geno
   example.ind
   example.snp

smartpca.perl -i example.geno -a example.snp -b example.ind -k 2 -o example.pca -p example.plot -e example.eval -l example.log
   
   入力
   -i example.geno を入力する
   -a example.snp を入力する
   -b example.ind を入力する
   
   出力
   -k 出力する主成分(principal components)の数。
   -o 主成分の出力ファイル
   -p トップ二つの主成分を用いたプロットファイル
   -e 全ての固有値を算出したファイル
   -l ログファイル

主成分分析の結果がexample.pca.evecに算出されました!
| | SNP解析 | 18:51 | comments(0) | trackbacks(0) |
第3回バイオインフォマティクス・スクール説明会につきまして
本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールの説明会に関する情報を再度記述させていただきます。

弊社のバイオインフォマティクス・スクールは、バイオインフォマティクスを通した解析技術等を体系的に訓練できる場として提供させていただきます。

クラスの内容や雰囲気などご興味があります方は、説明会・模擬授業にお申し込み下さいませ。
よろしくお願い致します。

【日時】
 10月8日(土) 10時〜11時


お申込みはコチラまでご連絡いただけますよう、よろしくお願いいたします。
| | スクール | 19:07 | comments(0) | trackbacks(0) |
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