アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
擬地球とダイヤモンド星
最近、宇宙関連のニュースに目が行くタノです。
ということで、本日は、宇宙関連で気になる記事を2つ紹介致します。

地球に似た惑星を発見!

地球からわずか36光年離れた場所にある惑星です。中心星(太陽系だったら太陽)からの距離が太陽から金星より少し遠いそうで、ギリギリ水が存在できる距離だそうです。
でもそれは中心星が太陽ぐらいの威力(大きさ)だったらの話ではないのか?という疑問が消えず、詳しい話を論文等で読んでみたいと思いました。

ダイヤモンドでできた星!

ほとんどの成分が炭素であり、密度が高いことから、ダイヤモンドのような構造体が集合した星であると推測されたとのことです。宇宙空間ではダイヤモンドの様な堅い鉱石が飛び回っているのでしょうか。衛星やシャトルの外壁って壊れたりしないのかな(記事の内容とズレている)。
| | バイオ | 18:29 | comments(0) | trackbacks(0) |
遺伝統計解析ツールとパラメトリック連鎖解析
昨日は遺伝統計解析である連鎖解析について記述しました。

連鎖解析のためのオープンフリーツールソフト(以後、連鎖解析ツール)が紹介されているサイトをご紹介します。
コチラのHPをご覧ください

解析ごとに分類わけがしてあり、とても使いやすいサイトであると思います。
こちらのサイトにはGenehunterやLinkage、Merlin、Solarなどの連鎖解析ツールが紹介されています。
上記のツールでは、パラメトリック連鎖解析、ノンパラメトリック連鎖解析やLODスコアの算出などを行う事が可能です。

本日は、パラメトリック解析の理論を図にしてみました(下図参照)。

DNAマーカーが偶然に疾患遺伝子(単一座位の遺伝子)と共に遺伝する確立は1/2です。
一方、疾患遺伝子のごく近傍に存在するDNAマーカーは、1/2より高い確率で疾患遺伝子と共に遺伝します(という仮定を立てます)。
パラメトリック解析は、上記の原理を用いた解析手法で、ヒトゲノム中に存在する多数のマーカーを調べ、原因遺伝子が存在する候補領域を検出し、疾患と最もよく対応しているマーカーのごく近傍にある原因遺伝子を特定する方法です。
| | SNP解析 | 18:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
連鎖解析
本日は連鎖解析に関して記述します。
よろしくお願いします。

まず遺伝連鎖は、特定の対立遺伝子の組み合わせがメンデルの独立法則に従わず、親から子へ一緒に遺伝することを言います。
上記の記述を図にしてみました(Figure 1)。

Figure 1 遺伝連鎖のイメージ図

図ではエンドウマメで表しましたが、実際の遺伝連鎖は、ヒトや動物などが対象です。

連鎖解析とは、上記のような遺伝連鎖の遺伝箇所や伝達の様式を遺伝統計学的に解明するものです。

明日からは、連鎖解析のための解析ツール等をご紹介します。
| | SNP解析 | 18:55 | comments(0) | trackbacks(0) |
Windows 8
気になる記事がありましたので、ご紹介します。
Microsoft社のWindows OS 新バージョンのOS、“Windows 8”がmsdn blogsに紹介されていました(詳細はコチラ)。

今回、Windows 8ではコピー機能を充実させるようです。
下記にblog内容を引用します。コピー機能において主に3つの改善点を提案しています。

・One place to manage all copy jobs:
Create one unified experience for managing and monitoring ongoing copy operations.

・Clear and concise:
Remove distractions and give people the key information they need.

・User in control:
Put people in control of their copy operations

(msdn blogsから引用)



要約すると下記になります
・一度に多数のコピーを行う場合、それらの作業を一つのダイアログで表示する。
(これまでだと、コピー作業数に対応した数のダイアログが表示されていたと思います。それを下図のように、一つのダイアログで全てのコピー作業を管理するそうです)

・ユーザーが求める必要な情報をクリアーかつ簡便に提供する。

・ユーザーがコピー作業をコントロールする事ができる。
(例えば、コピー作業の一時停止、再開始、停止など)



上図を見てみると、コピー作業のコントロールがGUIで操作しやすくかんたんであるように見受けられます。
おそらく他にもバージョンアップする箇所があると思います。どこが変わるのか、msdn blogsをチョクチョク見る必要がありそうです。
| | よもやま話 | 17:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
流星の絆
ガリレオシリーズでも有名な東野圭吾氏の作品、「流星の絆」を紹介します。

流星の絆 東野圭吾 講談社

幼い3人の兄弟が、両親の目を盗み、ペルセウス流星群を見に行っている間に、彼らの両親が何者かに殺害されるところから、物語は始まります。
警察との駆け引きや彼らの心情の動きが如実に表わされています。
400ページを超える作品ですが、あっという間に読んでしまいます。

数年前にドラマ化されていたそうです。しかも監督は、宮藤官九郎さん。宮藤さんのコメディな作品風が、このシリアスな作品にも反映されているのでしょうか?とても気になります。
そちらもチェックしたいところです。
| | 書籍の紹介 | 17:56 | comments(0) | trackbacks(0) |
ホルヘ・ルイス・ボルヘス
本日Googleを開いてみると、ロゴが“ホルヘ・ルイス・ボルヘス氏”のイメージロゴに変わっていました。今日で、生誕112周年だとのこと。
お恥ずかしい話ではありますが、私は全く存じておりませんでしたので、またまた調べてみました。

ホルヘ・ルイス・ボルヘス(Jorge Luis Borges)
・アルゼンチンの作家
・夢や迷宮、無限と循環、架空の書物や作家、宗教・神などをモチーフとする幻想的な短編作品によって知られている
・代表作
 「伝奇集」「エル・アレフ」「ブエノスアイレスの熱狂


ホルヘ・ルイス・ボルヘスGoogleのロゴを見ると、近代的な未来を見据える彼というイメージを意識します。
当時にとっては、それがとても幻想的な発想であったのかもしれません。
| | 書籍の紹介 | 17:49 | comments(0) | trackbacks(0) |
RAID 0 とRAID 1
昨日は、RAIDについて記述しました。本日は、RAID0とRAID1について記述します。

RAIDのレベルは0-6まで存在します。しかし実際に利用されるのは、RAID 0, RAID 1, RAID 5だそうです。

RAIDの数字は、働きの種類を表します。この数字を選択することで、目的の耐障害性と速度の比率度合いを選択します。

では、下記に図を示します。


ちなみにですが、私はRAID 0が好きです。
速度重視です。その代わりと言っては大げさではありますが、大事なデータや必要なデータは別に保存しています。

結局二度手間じゃん!とお思いでしょうが、その手間と速度を天秤にかけると、私の場合は速度が勝つんです!

自分に合ったRAIDレベルを組むことが大切です。
| | システム | 17:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
RAID
先日、弊社よりシステムの販売に関する記事を掲載致しました。
よって本日は、システム繋がりということで、“RAID”について記述します。

記述しますとは言いましたが、実は、私も先日社長より御教授いただくまで、「レイド?・・??」という状態でした。

こんな時は、Wikipediaさんに限ります。下記に引用します(sourceはコチラ)。

“RAID(Redundant Arrays of Inexpensive Disks、または Redundant Arrays of Independent Disks、レイド)とは、複数台のハードディスクを組み合わせることで仮想的な1台のハードディスクとして運用する技術。ディスクアレイの代表的な実装形態で、主に信頼性の向上をねらって用いられるものである。”

アレイというのは、ある規則に従って並べるという意味です。
バイオの世界でも細胞アレイ!という様に使用しますね。
上記の言葉を参考に、下記に図示してみました。



明日は、このRAIDのレベルについて記述します。
| | システム | 18:40 | comments(0) | trackbacks(0) |
ホッキョクグマとヒグマ
気になるニュースがありましたので、記載します。
ホッキョクグマとヒグマが遺伝的につながっているという記事が、米雑誌であるCurrent Biologyに掲載されました。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110813-00000014-jij-soci
ホッキョクグマとアイルランド系およびEngland本土に生息するヒグマが遺伝的にとても近い事がわかったそうです。さらにホッキョクグマは、アイルランド、英国に生息したヒグマが移動したと考えられるそうです。

では、日本のヒグマ(Japanese系)は・・・・・?

Japanese系ヒグマは、ホッキョクグマとは違う遺伝子クラスに属します。
しかも一番離れたクラスです。
この事から、Japanese系のヒグマは、アイルランド、英国系のヒグマが広いユーラシア大陸を渡ったため、多くの種と交配したヒグマであると推測されます。そのため、同じヒグマでも、遺伝的に最も異なるグループに属するという事です。

このように種をさかのぼる事で、大昔の動物の動き、地球の環境を推測する事ができます。とても面白いです。
| | バイオ | 16:47 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGSデータ解析Linuxサーバー販売開始しました
次世代シーケンサー(NGS)のデータ解析で利用するソフトには、専用ソフトやオープンソースソフトウェア、さらには自作のプログラムなど、いくつかの選択肢がありますが、自分の研究テーマにぴったりのソフトはなかなか見つからないのが現状かとおもいます。

社内ではNGSデータ解析受託サービスに利用している解析パイプラインがありますので、そのパイプライン自体を購入したいというお問い合わせを多く頂いていました。

そこで、自社のパイプラインを利用しやすいようにインターフェースを整えて、Linuxサーバーに全てを組み込んだ上で販売することといたしました。

→ ホームページはこちら

市販のソフトでは対応が難しいデータ解析パイプラインの出口の部分を研究に合わせてカスタマイズすることで、かゆいところに手が届くサービス・製品をご提供したいと考え、カスタマイズ(ハード・ソフトともに)にも対応させていただいております。

トレーニングなどの運用面でも順次サービスを整備していますので、遠慮無くお問い合わせいただけましたら幸いです。

NGSデータ解析Linuxサーバー
| 社長 | 次世代シーケンサー解析 | 18:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
リフレッシュ
福岡から帰ってきました。
久しぶりに出身研究室を訪問しましたが、たった4ヶ月で私の知らない空気が所々に漂っておりました。
しかし、不思議なもので後輩たちと過ごすにつれ、まるで今も研究室に在学しているような錯覚に陥りました。とても居心地がよく、結局半日ほど滞在しました。

また、実家の方でもゆっくりと過ごす事が出来、心の休暇をする事が出来ました。
| | よもやま話 | 17:38 | comments(0) | trackbacks(0) |
【バイオインフォマティクス勉強会】Ion Torrent入門
8月26日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会の御案内です。

今回は、「Ion Torrent入門」と題しまして、
ライフテクノロジーズジャパン株式会社様の御協力のもと、2部構成とさせていただきました。

【プログラム】
第1部「Ion Torrentの技術的な解説」(担当:ライフテクノロジーズジャパン様)、
第2部「Ion Torrentデータを用いた多型解析」(担当:アメリエフ)です。

Ion Torrentから得られたデータから、多型情報(SNPやIndelなど)を抽出し、データ解析を行います。多型情報を得るまでに必要なファイル操作及びフリーの
解析ツールを用いた操作を実際のコマンドも交えて御紹介させていただきます。

              記
日時: 2011年8月26日(金) 16:00〜17:30(第1部:45分、第2部:45分)
場所:東京ライフサイエンスインキュベーションオフィス 会議室A
   (東京都立産業貿易センター 浜松町館6階)
地図:http://tlic.incubation-center.com/access.htm
定員:24名
会費:無料

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
ノートPCの持ち込みは可能ですが、ネット環境の準備はございません。
WiMAXは感度良好のお部屋です。

お申し込みはコチラ

また例によって、勉強会後に懇親会を開きたいとおもいます。
毎回、勉強会以上に盛り上がっておりますので、ぜひ懇親会への参加をご検討ください。
予算は4,000円です。

どちらかの参加、もしくは両方の参加をご希望の方は、
8/24(水)までにお申し込みをお願いいたします。

勉強会(16:00〜17:30)   ○
懇親会(18:00〜)      ○

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。
| | 勉強会 | 17:12 | comments(0) | trackbacks(0) |
お盆休み営業のお知らせ
平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。
お盆休みは、平常通り営業いたします。
お問合わせは、下記URLから願いいたします。
http://amelieff.jp/enquiry/index.html
| きむ | 会社のこと | 13:35 | comments(0) | trackbacks(0) |
NHK白熱教室シリーズ
最近、NHK白熱教室シリーズをよく見ています。
頻繁に再放送されているので、気になるテーマがありましたら、覗いてみてはいかがでしょうか。

マイケル・サンデル教授の政治哲学
ハーバード白熱教室:http://www.nhk.or.jp/harvard/index.html

起業家育成講座
スタンフォード白熱教室:http://www.nhk.or.jp/hakunetsu/stanford.html

日本人講師7人が授業
白熱教室JAPAN:http://www.nhk.or.jp/hakunetsu/japan.html
| きむ | よもやま話 | 19:08 | comments(0) | trackbacks(0) |
遺伝子医療革命
キムです。
最近読んだ本のご紹介です。
遺伝子医療革命 The Language of Life
フランシス・S・コリンズ (著), 矢野 真千子 (翻訳)

パーソナルゲノム医療の時代は始まっている!
トップ・サイエンティストが、誰にでも分かりやすいように、遺伝子医療について書いています。
すばらしい本です。
| きむ | 書籍の紹介 | 15:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGSデータ解析受託広告を細胞工学8月号に掲載しました
2011年7月22日発売の、細胞工学8月号のテーマは、「次世代シークエンサーを使いこなす」です。
弊社からは「次世代シークエンサーデータ解析受託」広告を掲載させていただきました。
機会がありましたら、ぜひご覧ください。
| きむ | 会社のこと | 09:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
遺伝子解析は、過去にも光を当てるのだ!
もう1週間前にもなりますが、yahooニュースに気になる記事がありました。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110803-00000066-reu-int

欧州男性の半数がツタンカーメンと同じ遺伝子ルーツ。

エジプト好きの私には、たまらない記事です。

こちらの記事にもありますiGENEAでは、ツタンカーメンとその父(アクエンアテン)と祖父(アメンホテプ3世)のミイラを用いて“DNA鑑定”を行ったそうです。

その際に比較対象となったのが、Y染色体。その結果ツタンカーメン一族は、“R1b1a2”という遺伝子分類に属する事がわかったそうです。
このR1b1a2は、欧州男性(特に西側)の50%以上が属するグループなんだとか。(詳細はコチラ)

大昔のエジプト人が、北へ移動し、ツタンカーメンの血筋は今もなお継承されていることが分かります(究極を言えば、皆家族)。

昔は、ツタンカーメンの死因は“ツタンカーメン暗殺説”が有望でしたが、それもX線調査や今回の様な遺伝子解析により、暗殺説は今や蚊帳の外です。

よくテレビなどで特集されるエジプトの物語は、あくまで推測だと考えます。しかし遺伝子解析という新しい技術が加わる事で、過去の真実が明らかになっていきます。

過去に光を!
| | バイオ | 17:54 | comments(0) | trackbacks(0) |
福岡に帰省
明日の夜、福岡に帰省します。

久しぶりに恩師や後輩たち、家族と会ってきます。
福岡を離れてたった4カ月ほどですが、とても長い期間福岡を離れていたような気がします。

きっとこの4カ月、とても充実した毎日を過ごすことができたからでしょう!

福岡はおいしいものがいっぱい!!
ラーメン、ホルモン、餃子、福岡のやわらかいうどん、そして何より母が作るカレー!!
太って帰ってくることになるだろうな。
| | よもやま話 | 19:25 | comments(0) | trackbacks(0) |
明日は8/6です
小学生の頃、8/6および8/9と言えば、夏休みの中で唯一の登校日でした。
登校日は、歴史・戦争の勉強を行った覚えがあります。
当時は、正直「せっかくの休みなのにな」「昔の事でしょ」と強く思っていたような気がします。

歳を重ねるにつれて、小学生の頃のようにしっかりと戦争の勉強をするということはなくなりましたし、当時の記憶も薄れています。しかし一つだけ、はっきり覚えている事があります。それは“ヒロシマの有る国で”(作曲/作詞 山本さとし)という曲です。

小学校3年から中学校3年まで、毎年登校日に学び、合唱した曲です。この曲を歌う事で、今置かれている自分の時代の有難さ、そして上辺だけでなく本当に平和な世の中になってほしいと再認識させられます。

私は必ずこの時期になるとこの曲を口ずさみます。
| | よもやま話 | 17:10 | comments(0) | trackbacks(0) |
【バイオインフォマティクス勉強会】MiSeq入門
明日8月5日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会を再度御案内させていただきます。

今回の勉強会は、「MiSeq入門」と題しまして、イルミナ株式会社様の御協力のもと、2部構成とさせていただきました。

第1部「MiSeqの技術的な解説」(担当:イルミナ株式会社様)
第2部「MiSeqデータを用いた多型解析」(担当:アメリエフ株式会社)

日時:2011年8月5日(金) 16:00〜17:30(第1部:45分、第2部:45分)
場所:東京ライフサイエンスインキュベーションオフィス 会議室A
   (東京都立産業貿易センター 浜松町館6階)
地図:http://tlic.incubation-center.com/access.htm
会費:無料

勉強会は、明日ですが、まだ空席もございますので、興味のある方は、ぜひご参加ください!!
お申し込みはコチラからお願いいたします。



| | 勉強会 | 18:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
酸素分子の発見
昨日の朝日新聞夕刊に“オリオン座星雲領域に酸素分子を発見”という見出しがありました。

宇宙空間に於いて酸素原子は、氷の中に存在し、新星誕生によって生じる熱によりその氷が溶かされ、宇宙空間に放出し、酸素分子を産生すると推測されてきたそうです。

今回NASAは、新星現象が起きているオリオン座の星雲領域をハーシェル宇宙望遠鏡という赤外線を用いた望遠鏡で観察を行ったそうです。

その結果、酸素分子特有の電磁波波長を観測する事に成功したそうです(その画像はコチラを参照)。宇宙に生物が存在するという証拠がこれから出てくるかもしれないと夢馳せてみる今日この頃です。
| | バイオ | 15:43 | comments(0) | trackbacks(0) |
痛くない治療法。そんな方法が本当にあるのか?
今日は、最新の歯科治療法を御紹介します。

そもそも虫歯は、口内にいる菌が糖から酸を作り、その酸が歯の表面にあるエナメル質層を溶かす事でできるそうです(ここまでは痛くない)。

放置しておくと、エナメル質の下にある象牙質、さらには神経や血管が通っている歯髄にまで達するそうです(ここまで進行すると痛みを感じる)。

従来の方法は、酸により溶かされた部分を全て削るというもの。一見、最適な方法に思えますが、菌を完全に死滅させる事は困難であり、再発することもあるそうです。
そしてとにかく治療が怖い!痛い!!

その恐怖があるため、歯科病院に行くことに抵抗を示す人が多いのではないでしょうか?

最新の歯科治療というのは、治療が痛くなく、かつ無菌化状態にする方法だそうです。

その名も“3Mix-MP法”。

3つの抗菌剤を調合して、虫歯の穴に置き、そのまま穴をふさぐという方法です。削らない治療法。なるほど痛みはなさそうです。
また、この方法だと穴の奥まで、無菌化する事が可能であり、虫歯の再発を防げるそうです。
これなら試してみたい!
(他にも、削らない治療の提唱が多くされているそうです)


提唱当初は、批判もされたそうですが、患者さんが求めており、かつ科学的原理の観点から考えても、納得できます。

いいものはいいのだ!


| | バイオ | 19:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
有機ELシフト 加速!
本日のタイトルは、先週の金曜日の日本経済新聞(夕刊)に掲載されていた言葉です。
最近では、携帯電話(スマートフォンにも)を中心としたディスプレイに有機ELが取り組まれています。

私は、学生時代の3年間、有機ELの研究を行っていました。その当時は、多くの企業が有機ELの開発を行っていましたが、コスト面の問題や、液晶ブームに押され、ほとんどが撤退を余儀なくされました。

こんなに美しいディスプレイができるのに、世に出る事はないのかもなと思っていましたが、技術というのはどんどん進化しているのですね。
液晶と変わらない値段で商品化され、かつ画質の良さから“有機ELディスプレイ搭載”が付加価値に値するとされています。

こんなにうれしい事はありません。
| | システム | 17:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
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