アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
国際バイオEXPOへ
本日は、東京ビッグサイトで開催されております第10回国際バイオEXPOに参加してきます。私は、初めての参加です。
HPやパンフレットを見る限り、幅広い分野(バイオ関連ではありますが)の先生方、企業様が発表、出展をされています。これだけでもワクワクしますが、それに加えて、学生時代より気になっていた先生の講演もあります。時間に余裕がある際にはぜひ講演だけでも拝見したいな・・・と思っています。あわよくばお話もしたい。
では行って参ります!
| | よもやま話 | 09:26 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickPrimer Lite1.0.1を公開しました
お待たせ致しました。
QuickPrimerLite1.0.1を公開致しました。
QuickPrimerLite1.0.1は、弊社のソフトダウンロードページよりダウンロードしていただく事が可能です。

今回バージョンアップした内容は、以下の通りです。
・QuickPrimer Liteを起動する際、Settingタブ画面のprimer3.exeパスを指定する箇所が空白である場合、初期画面は、Settingタブ画面となります。

・primer.exeパスを設定する際、primer_core.exeを選択していただいても使用できるようにしました(以前のブログでは、名前を変更する必要があると記載しましたが、新バージョンではその必要はありません)。

・OSがWindows XPの方も御使用頂けます(ただしprimer3.exeのパスは、スペースを含まないようにしてください)。

不具合または御意見、御感想などがあれば、コメント欄もしくは弊社のお問い合わせフォームよりお問い合わせくださいますようよろしくお願いいたします。

この度は、ご迷惑をおかけし、誠に申し訳ありませんでした。
| | プライマー設計 | 17:55 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickPrimer Liteの不具合に関しまして
昨日、弊社がリリースしているQuickPrimer Lite 1.0.0をWindows XPで使用する場合、不具合が生じるとのご指摘を頂きました。
この様な御意見は、私共開発側にとって、とてもありがたい御意見です。
貴重なご意見に感謝すると共に、ご迷惑をおかけしましたことを深く反省致します。

現在、不具合の原因究明は、終了致しましたので、近々新バージョンをリリースできるよう努めております。もうしばらくお待ち頂けますよう、よろしくお願いいたします。

| | プライマー設計 | 18:16 | comments(0) | trackbacks(0) |
Primer3のダウンロード方法
QuickPrimer Liteにつきましてご指摘を頂きましたので、こちらのブログにて説明をさせていただきます。よろしくお願いいたします。

弊社のソフトダウンロードページにあるQuickPrimer Liteの必須ソフト項目からprimer3.exeをダウンロードする方法を説明させていただきます。

1. 弊社のソフトダウンロードページより、Primer3のダウンロードページへ。


2. Downloadタブを選択します。


3. Primer3 1.1.4 ver.を選択します


4.primer3-1.1.4-WINXP.zipを選択し、zipファイルを適当な場所に保存してください。


5. 圧縮ファイル(zip)を解凍します。Zipファイルを選択し、右クリックを行うことで、図のような画面が表示されます。すべて展開を選択し、解凍してください。


6. 解凍したファイルを開き、binフォルダを開きます。


7. Primer3_core.exeというファイルがprimer3のアプリケーションとなります。
現時点でこのアプリケーションを使用する際は、こちらのアプリケーション名を“primer3.exe”に変更していただく必要があります。

QuickPrimer Liteで御使用になる場合は、Settingタブ画面より、上記で名前変更をした“primer3.exe”を選択してください。

こちらに関しましては、名前を変更せずとも使用できるよう、訂正し、明日以降再度リリース致します。ご迷惑をおかけし、大変申し訳ありません。


| | プライマー設計 | 16:53 | comments(0) | trackbacks(0) |
“QuickPrimer”が細胞工学7月号に掲載されました!!
“QuickPrimer”に関する案内が6月22日に発売された細胞工学(学研メディカル秀潤社)7月号の広告欄に掲載されました。

私は、大学院時代に細胞を用いた実験をする機会が多かった事もあり、「細胞工学」は愛読書の一つです。「細胞工学」は、ライフサイエンスに関する最新情報が掲載されています。毎月異なるテーマごとに特集が組まれており、様々な情報を得ることができます。
通常だとこれらの情報を得るためには、学会に足を運ぶか学術論文を数多く読まないといけません。自分の分野だとそれも可能なのですが、それ以外だと・・・。
そのため細胞工学は、私にとって井の中の蛙状態を脱するための必須ツールの一つでした。学生時代からの愛読書に弊社ソフトが掲載されるということは、私にとってとても興奮することなのです。
“QuickPrimer”は、将来的に研究者のみなさんが使っていて当たり前となりえる商品だと私は思っています。

ぜひ細胞工学7月号をご覧ください!!
| | プライマー設計 | 17:45 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickPrimer Liteの使用方法 〜Tandem編〜
本日は、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)のTandem機能について記述致します。よろしくお願いいたします。
Tandem機能につきましても、以前弊社ブログにて紹介させていただきました。

図1 Tandem機能イメージ図

図1のように広範囲に渡るTarget領域をシーケンシングする場合、複数のprimerを一部オーバーラップさせて設計する必要があります。当ソフトでは、Target領域のstart位置(Target start position)とend位置(Target end position)を設定して頂くことで、広範囲なTarget領域に対応した複数のprimerを設計することが可能です。

操作方法
1. QuickPrimer Liteを起動させます。

2. primer3.exeおよび.csv ファイルの保存先を設定
昨日のブログ(Target編)を御参照ください

3. 各項目を設定
tandemタブ画面を表示し、下記の項目を設定します。

図2 Tandemタブ画面

SEQUENCE
昨日のブログ(Target編)を御参照ください

各種設定
“Target start position”、“Target end position”、“Overlap size”が、図1のTarget Start position、 Target end position、Overlap sizeに対応します。
※“Overlap size”とは、増幅されたprimerのend側の領域と次のprimerのstart側の領域が重なる領域のサイズを指します(図1参照)。

4. 実行ボタンを押す

5. 結果は、CSVファイルで保存されます
結果は、forward(F)、Reverse(R)の情報に分かれており、それぞれ、配列、primerの長さ、primerの位置、GC%、Tm、増幅させる領域のサイズが表示されます。
| | プライマー設計 | 18:02 | comments(0) | trackbacks(0) |
「QuickPrimer Lite」ダウンロードページ
本日、QuickPrimer Liteのダウンロードページが見つからないとのご指摘を頂きました。ご迷惑をおかけして申し訳ありませんでした。
急遽、文字のサイズを変更して対応させていただきました。

【ダウンロード方法】

1.アメリエフ株式会社ソフトダウンロードページを開きます。
URL:http://amelieff.jp/service/software.html

2.赤枠の中の矢印で示している部分をクリックします。


| きむ | プライマー設計 | 19:11 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickPrimer Liteの使用方法 〜Target編〜
本日より、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)の使用方法を記述していきます。
本日は、Target機能について記述致します。よろしくお願いいたします。
Target機能につきましては、以前ブログでも紹介させていただきました。

図1 Target機能イメージ図

当ソフトでは、図のように増幅させたい配列の箇所(以下、Target)が複数ある場合、start位置(5’側、 図ではTarget1, Target2, Target3)を設定していただく事で、各Targetに対応したprimerを設計することが可能です。

準備
当ソフトは、オープンソースツールであるprimer3を用いたprimer設計ソフトです。そのため、事前にprimer3.exeをダウンロードしていただく必要があります。

1. QuickPrimer Liteを起動させます。
2. Primer3.exeおよび.csv ファイルの保存先を設定

図2 Settingタブ画面

Settingタブ画面を表示します(図2)。こちらの画面では、事前にインストールしていただいたprimer3.exeと算出されたprimerの結果を保存する.csvファイルの保存先を指定していただきます。
各項目の右側に位置しているボタンをクリックしていただき、primer3.exeおよびcsvファイルの保存先を指定してください。

3. 各項目を設定
Targetタブ画面を表示し、下記の項目を設定します。

図3 Targetタブ画面

SEQUENCE
配列は、テキスト内に直接入力して頂く、もしくはfastaファイルなど配列情報を含んでいるファイルを“Upload sequence”で指定して頂きます。
Target
Target位置が複数ある場合は、改行しながら入力します。図1のTarget1, Target2, Target3がここに対応します。

各種設定

4. 実行ボタンを押す
5. 結果は、CSVファイルで保存されます

図4 結果ファイル

結果は、forward(F)、Reverse(R)の情報に分かれており、それぞれ、配列、primerの長さ、primerの位置、GC%、Tm、増幅させる領域のサイズが表示されます(図4)。



| | プライマー設計 | 18:23 | comments(0) | trackbacks(0) |
「QuickPrimer Lite」公開
本日、Windows版 Primer3のGUIフロントエンドとなるソフトウェア「QuickPrimer Lite」を公開いたしました。トップページの「ソフトのダウンロード」、もしくは「サービス」→「ソフトのダウンロード」からダウンロードページをご覧ください。


詳細は明日以降のブログでも順次ご紹介させていただきますが、特徴は以下になります。

1.Windows上のマウス操作のみでPrimer3を実行
2.複数のPrimerペアを同時に設計
3.長い領域をシーケンスする際の、複数のPrimerペアを一部オーバーラップさせて自動的に設計


過去のブログでも、Primer3はコマンドラインとWeb版のみで、敷居が高かったり複数のPrimer設計が困難だったりと問題があることは書いてきました。

5/24のブログでは、「何時公開されるのか?」というコメントまでいただき、6月末の公開を目指して開発を進めてきましたが、予定より10日早く公開することができました。

みなさまのご支援が支えになって、開発を予定より早いペースで進めることができました。ありがとうございました。

チュートリアルもご用意しておりますが、まだまだ使いづらい点など多くあるかとおもいます。遠慮なくご意見・ご要望をお寄せください。

このソフトをより良くするため、みなさまのご支援とご協力を頂戴できましたら幸甚でございます。
| 社長 | プライマー設計 | 21:15 | comments(2) | trackbacks(0) |
遺伝医学合同学術集会2011へ出展しました
弊社は、6月16日(木)から6月19日(日)まで開催されておりました「遺伝医学合同学術集会2011」に出展いたしました。
弊社のブースでは、終日、バイオインフォマティクスを基としたデータ解析に興味を抱かれておりますお客様で賑わいました。


本学術集会では、遺伝カウンセリングや遺伝子診断、腫瘍に関する発表があり、最新の治療法、ケア法、データ解析法を学ぶ事ができました。特にデータ解析に関する研究発表は、新人の私にとって具体的な解析の実例を学ぶことができ、大変勉強になりました。
| | 学会出展 | 17:25 | comments(0) | trackbacks(0) |
学会展示のため関西に来ています
私は15日(水)から関西に入って営業活動をしていますが、社員のタノは16日から関西入りです。きむも17日早朝から京都入りしています。

メールの返信等が少々遅れるかもしれませんが、かならずご返信させていただきますので、お待ちいただけましたら幸いです。

なお、事務担当Yは社内におりますので、緊急の対応は可能です。

よろしくお願いいたします。
| 社長 | 学会出展 | 14:38 | comments(0) | trackbacks(0) |
昆虫未来学―「四億年の知恵」に学ぶ
キムです。
最近読んだ本のご紹介です。
昆虫未来学―「四億年の知恵」に学ぶ (新潮選書)
藤崎 憲治 (著)

自然の叡智に学ぶバイオミミクリーの、希望に満ちた明るい展望が語られています。
| きむ | 書籍の紹介 | 17:36 | comments(0) | trackbacks(0) |
次世代シーケンシング結果を用いたデータ解析
本日は次世代シーケンシングのデータ解析を例として、アノテーションの方法を記述していきます。

次世代シーケンシングのデータは、まずリファレンスゲノムと比較する必要があります。

以下に大まかなデータ解析方法を記載していきます。
公開されているリファレンスゲノムをダウンロードする(例:hg19.fa)。

リファレンスゲノムのデータと次世代シーケンシングのデータを比較(マッピング)します。
- バイオインフォマティクスツールを使用します(例:bwa)。Linux上でコマンドを用いる必要があります。

多型の抽出を行います(例:samtools)。
- 多型情報を得ます。
- 多型情報の結果は、通常膨大なデータとして出力されます。

多型情報に位置や変異など目的に合わせた注釈を入れていきます(アノテーション)。
- comon SNPを除外します。
- exone intron, intergenicなどのアノテーションを付与します。
- さらにexoneに含まれるSNPに対して、synonymous、nonsynonymousなどの詳細なアノテーションを付与します。


上記のプロトコールやアノテーションの内容などは、実験の目的や手法によって大きく変わります。実験によっては、適当なバイオインフォマティクスツール(オープンソースツール)がなく、自前でプログラムを作成する必要がある場合もあります。
そのため次世代シーケンシングによるデータ解析には、お客様が求めている事をしっかりと把握し、その目的に合わせて解析手法を組み立てる必要があり、弊社もそれに対応できるよう心がけています。
| | 次世代シーケンサー解析 | 17:25 | comments(0) | trackbacks(0) |
アノテーション付け(入門編)について
本日は、データ解析を行っているとよく耳にする“アノテーション付け”について記していきたいと思います。よろしくお願いします。

アノテーションという言葉を調べると、“塩基配列データに遺伝子構造や遺伝子機能の情報、また文献情報などを注釈付けする事を指す”とありました。注釈というのは補足的な説明を加えるという意味です。具体的にはどういうことを指すのかを疾患遺伝子解析を例として図に表わします。

次世代シーケンサーから得られたデータを解析する際に困難なことは、以下のことだと思います。
最適なリファレンスゲノムを選択し、次世代シーケンサーから得られるデータと比較。データの量が膨大で容易にできない。
多型情報を得るためにバイオインフォマティクスツールを駆使する必要がある。初めてだとどのようなツールをどうやって使うのかがわからない。
△覇世蕕譴紳新疹霾鵑鮃覆蟾むため、アノテーション付けをして多型の分類をする。

本日はここまで!
明日は具体的なアノテーション付けについて記載します。
| | 次世代シーケンサー解析 | 19:17 | comments(0) | trackbacks(0) |
創薬分野とバイオインフォマティクス
本日は、創薬・診断分野とバイオインフォマティクスの関係について記述します。
現在、創薬・診断分野に関する基礎研究は大きく進展してきています。ゲノム、エピゲノム、RNA、タンパク質などのさまざまな切り口や統合的なアプローチによって疾患のメカニズムや生命現象が明らかとなりつつあります。
しかし、これらの基礎研究が直ちに市場に出ない現状があります。その理由の一つには、創薬のプロセスが関係しています。


図に示すように、1つの医薬品が製品化されるまでには、9-17年程度の期間が必要です(開発費も500億ほど必要です)。また臨床試験の段階で、統計学的な調査に時間を要する事も創薬のプロセスを長引かせる原因となっています。
このような状況の中バイオインフォマティクスの分野は、プロセスの効率化に向けた技術として注目されています。例えば経済産業省では、生体分子の機能・構造・ネットワーク解析やそれら研究を強力に推進するためのバイオツールやバイオインフォマティクスの開発などに向けた取り組みを行ってきており、これらを活用することで、日本発の革新的な診断・治療技術を発信していくことを目標としています。
弊社でもそのお手伝いができればと日々邁進しています。
| | バイオインフォマティクス | 19:12 | comments(0) | trackbacks(0) |
C#プログラミング参考書の紹介
こんにちは。ここのところC#プログラミングづけのタノです。
本日は、私が参考にしている書籍を紹介します。

ひと目でわかるVisual C# 2010 アプリケーション開発入門 日経BP社
独習 C# 第3版 翔泳社
猫でもわかるC#プログラミング 第2版 ソフトバンククリエイティブ

“せっかくC#でプログラミングを作成しているのだから、オブジェクト指向にして!!”と言われるたびにこれらの本を活用しています(もう何度言われたことか)。
特に“独習 C# ”は、わかりやすい上に応用までしっかり記述されているので、活用頻度が多いです。
| | 書籍の紹介 | 17:45 | comments(0) | trackbacks(0) |
遺伝医学合同学術集会2011
弊社が出展させていただく「遺伝医学合同学術集会2011」が、とうとう来週に開催されます。
サービスの内容が充実してきたので、チラシを刷新したり、
大幅に展示方法をリニューアルしたり、
準備を着々と進めています!!

学術集会の詳細につきましては、「遺伝医学合同学術集会2011」出展のご案内をご参照ください。開催期間は、2011年6月16日(木)〜19日(日)です。

皆さまのご来場をお待ちしています。
| きむ | 学会出展 | 18:37 | comments(0) | trackbacks(0) |
次世代シーケンサーの参考動画
こんにちは。タノです。
本日は、私が次世代シーケンサーの勉強資料として参考にしている動画を紹介します。

次世代シーケンサを開発していらっしゃる各企業様のHPには、シーケンシング原理の紹介動画が掲載されています。
たとえば
illumina社
http://www.illumina.com/technology/sequencing_technology.ilmn(各機種のサイト内に動画があります)

Applied Biosystems社
http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/videos-webinars.html

私にとって動画は、大まかな原理を学習するための必須ツールです。
私のお気に入り動画を下記に記します。

1. 基礎中の基礎から各シーケンサーの原理まで。
http://www.wellcome.ac.uk/Education-resources/Teaching-and-education/Animations/DNA/index.htm

2. Illumina社 Solexaのシーケンシング方法。
http://www.youtube.com/watch?v=77r5p8IBwJk&feature=related

3. Applied Biosystems社 SOLIDのシーケンシング方法。
http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&NR=1

4. DNA microarray法。
http://www.youtube.com/watch?v=VNsThMNjKhM&feature=related

他にもありますが、どれも原理を可視化することができ、大変わかりやすいと思います。
ぜひ次世代シーケンサー初心者という方は参考にしてみてはいかがでしょうか?
| | 次世代シーケンサー解析 | 17:50 | comments(0) | trackbacks(0) |
次世代シーケンサーのデータ解析受託サービス 2
次世代シーケンサーのデータ解析受託サービスを開始して、1年が経とうとしています。同様のサービスを行う会社さまもどんどん増えています。NGS Surfer's Wikiの次世代シーケンサー受託データ解析企業一覧だけでも、12社もの名前が挙がっていました。
そこで今日は、弊社サービスの特徴をまとめてみます。
データ解析受託サービスを企業間で比較する際の、一助となれましたら幸いです。


オーダーメイド
研究に合った解析をご提案します。大量の結果のフィルタリング、データ間比較、GO解析などを行います。


レポート作成
アノテーションを付与した解析データをご提供します。
解析手順のレポートを作成します。


教育・システム
解析手順やビューワの使用方法をレクチャーします。
解析パイプラインの納入およびトレーニングも承ります。

上記の3つ以外の特徴は、創業当初から「バイオインフォマティクス勉強会」を開催している点です。今年の夏は、NGSによるデータ解析をテーマに勉強会を数回行う予定です。ご興味がございましたら、ぜひご参加ください。

| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 14:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
マレーシア弾丸旅行!
無事マレーシアから帰国いたしました。タノです。
本日は、私の旅行日記を書いていきます。
よろしくお願いします。

今回の旅は、友人の結婚式に参加するため、羽田からシンガポールを経由してマレーシアに向かいました。羽田を出たのが6月3日(金)深夜。マレーシアに到着したのが6月4日(土)の昼12:00(現地時間)。そして帰国したのが本日6月6日の朝5:30です。まさに弾丸スケジュール。
現地到着後すぐに、現地の友人たちと6年ぶりの再会をしました。彼らは、今回の旅の企画、案内人です。そのため弾丸スケジュールにもかかわらず、彼らのおかげで濃密な時間を過ごすことができました。現地の人たちしか知らない屋台風のお店でご飯を食べ、これでもかというほどの種類のフルーツを食べ、伝統的なお祝い料理を食べ・・・・・と食べまくりの日々でした。


(写真は屋台の風景です)

また、新政治の街と言われているプトラジャヤという街へ行きました。ここは、マレーシアが行政新首都として新しく開発された街です。この街には、政治関係の建物しかありません。計算された建物や街づくりにマレーシアの文化がギュッと詰まっており、素晴らしい景観に感動しました。

今回の旅の目的は、上記にもありますが友人の結婚式に参加することでした。
マレーシア(イスラム教)の結婚式は、2日間に渡り行います。1日目は、伝統的なマレーシアの“I do”の儀式を、2日目は盛大にPartyを行います。1日目の式は、通常親族のみで行いますが、今回は特別に私も参加させていただきました。しかも友人である新婦と手をつなぎ、一緒にお祈りをする役目です。静まり返る空気の中で新郎新婦が誓いの祈りを捧げるときには、神聖な気持ちになり思わず涙が出ました。

現地の友人たちがいなければ、今回の貴重で濃密な体験はできませんでした。改めて、友人たちと出会えたことに感謝しまた再訪しようと心に決めた旅でした。

| | よもやま話 | 19:02 | comments(0) | trackbacks(0) |
アジアとバイオインフォマティクス
本日より、友人の結婚式に参加するため、シンガポール経由でマレーシアに行ってきます。初マレーシアです!とても興奮しております。
今日は、アジアとバイオインフォマティクスに関して記述したいと思います。
よろしくお願いいたします。

バイオインフォマティクスがゲノム解析において注目されていますが、アジアではシンガポールやインドがいち早く、バイオインフォマティクスの研究と実用化に乗り出しています。こちらのサイトは、バイオインフォマティクス事業を行っている世界の企業一覧です。インドは圧倒的に多く、シンガポールも代表社が挙がっています。
またシンガポールは上記の企業以外にも多くのバイオインフォマティクス事業を行っている企業や団体が存在します(参考HP)。

そのため、私のマレーシアにいる友人たちの多くが、バイオインフォマティクス関連の企業に勤めています。
日本ではまだ新しい事業ではありますが、世界ではメジャーな事業になってきているのではないかと感じています。
世界で勝負をするためには、多くの情報を得て、技術を高める必要があります。
私も努力していきます。
| | バイオインフォマティクス | 17:50 | comments(0) | trackbacks(0) |
働かないアリに意義がある
キムです。
最近読んだ本のご紹介です。
働かないアリに意義がある (メディアファクトリー新書)
長谷川 英祐 (著)

真社会性生物について興味のある方は是非!
| きむ | 書籍の紹介 | 17:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
【締切】6/25(土)NGSによる多型解析入門
6月25日(土)の第6回バイオインフォマティクス勉強会「NGSによる多型解析入門」に、多くの皆さまからお申し込みをいただきありがとうございました。

予想を上回るお申し込みをいただき、急遽定員を3名増やして対応いたしましたが、定員27名いっぱいとなりましたので、募集を締め切らせていただきます。
多数のお申し込みをいただき、誠にありがとうございました。

7月から8月の間に、京都および東京での勉強会開催を予定しております。
ご活用いただけましたら幸いです。

| きむ | 勉強会 | 17:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
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