アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
「遺伝医学合同学術集会2011」出展のご案内
アメリエフ株式会社は、2011年6月16日(木)〜19日(日)に京都大学百周年時計台記念館で開催される、「第60回日本医学検査学会」に出展いたします。
皆さまのご来場をお待ち申し上げます。

■ 学会名
遺伝医学合同学術集会2011
第35 回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
第18 回日本遺伝子診療学会大会
第17 回日本家族性腫瘍学会学術集会
日本人類遺伝学会 後援
全国遺伝子医療部門連絡会議 後援
ホームページ:http://gc.pbh.med.kyoto-u.ac.jp/gajm2011/

■ 開催期間
2011 年6 月16 日(木) 〜19 日(日) (6 月16 日は委員会等のみ開催)

■ 会場
京都大学百周年時計台記念館
〒606-8501 京都市左京区吉田本町 Tel:075-753-2285
ホームページ:http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/clocktower/

■ 展示内容
・SNP、CNV、メチル化解析のご紹介
・DNAアレイチップおよび次世代シーケンサーを用いた解析のご案内
| きむ | 学会出展 | 17:03 | comments(0) | trackbacks(0) |
【バイオインフォマティクス勉強会】6/25(土)NGSによる多型解析入門
6月25日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。

今回のテーマは、「次世代シーケンサー(NGS)による多型解析入門」です。

実験をメインに研究をされている方が、バイオインフォマティクスに取り組もうと考えている、もしくは取り組み始めている、という方を主に対象としています。

ExomeやWhole-genomeなどのResequencingをNGSで行ったデータから、
多型情報(SNPやIndelなど)を抽出し、データ解析を行います。
VCFファイルの説明や、フリーの解析ツールや実際のコマンドもご紹介させていただきます。

              記
日時: 2011年6月25日(土) 15:30〜17:00
場所:東京ライフサイエンスインキュベーションオフィス 会議室A
   (東京都立産業貿易センター 浜松町館6階)
地図:http://tlic.incubation-center.com/access.htm
定員:24名

※)前回と同様、締切前に満席となることが予想されますので、
  お早めにお申し込みをお願いいたします。

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
ノートPCの持ち込みは可能ですが、ネット環境の準備はございません。
WiMAXは感度良好のお部屋です。


また例によって、勉強会後に懇親会を開きたいとおもいます。
毎回、勉強会以上に盛り上がっておりますので、ぜひ懇親会への参加をご検討ください。予算は4,000円です。

勉強会のみの参加、もしくは両方の参加をご希望の方は、
6/20(月)までに、こちらのお問い合わせページからお申し込みをお願いいたします。

勉強会(15:30〜17:00)   ○
懇親会(17時半〜)     ○

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。

アメリエフ株式会社
代表取締役社長 山口 昌雄
| 社長 | 勉強会 | 14:18 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGS勉強会@熱海に参加します!
今週末の土日(5/28〜29)に開かれるNGS現場の会 第一回研究会に参加します。
会社からは私を含め2名での参加です。

参加者は、当初予定の60人からなんと100人余りになっているそうです!
しかも全員がポスター発表をしないといけないというルールまであります。

一度に100通りのノウハウを吸収できるなんて、とてもありがたいイベントです。しかも1泊2日の温泉付きです!!!

夜には懇親会もあるので、飲み過ぎないように今から注意しておきます♪
| 社長 | 次世代シーケンサー解析 | 19:09 | comments(0) | trackbacks(0) |
誰でも簡単にPrimer設計!への道 ~QuickPrimerのTandem機能について~
こんにちは。タノです。
昨日のブログでは、弊社で作成した“QuickPrimer”の1つ目の機能であるTarget機能について紹介させていただきました。
本日は、2つ目の機能であるTandem機能について紹介します。よろしくお願いします。


あるゲノムの広範囲(数kb)に渡るTarget領域を網羅的にシーケンシングする場合を考えます。
数kbを超えるTarget領域を網羅的にシーケンシングする場合には、絵のように複数のprimerを使用する必要があります。さらに個々のprimerのTarget領域同士を重ねるように設計 (Tandem)することで、網羅的なシーケンシングの信頼度が上がります。

“QuickPrimer”では、Tandemにprimerを設計することが可能です。

Tandem用のprimer設計は、設定画面でTarget領域の位置とprimerのTarget領域同士が重なる領域の長さ(overlapの長さ)を設定するだけです。
ヒトゲノムのように大きなゲノムをシーケンシングする際などにとても有効です。
| | プライマー設計 | 18:01 | comments(0) | trackbacks(0) |
誰でも簡単にPrimer設計!への道 〜QuickPrimerのTarget機能について〜
こんにちは。タノです。
今日の東京は、とてもお天気に恵まれていました。思わず鼻唄が出てしまいました。

昨日のブログでは、Primer設計ソフトである“QuickPrimer”を開発中であることをお伝えしました。
本日は、“QuickPrimer”に含まれるTarget機能について書いていこうと思います。よろしくお願いします。

機能1 Target機能
ここからは、上記の図にありますように、あるゲノム配列に目的の配列や塩基(SNP:一塩基多型)などが見つかった際の例を取り上げます。

Primer3を用いてprimer設計する場合は、増幅させたい配列の箇所(今後Targetと記します)を含めた範囲でprimerの長さなどを考慮しながら行います。
しかし、このTargetが数百・数千といった場合、1か所ずつ設定することは不可能です。

今回弊社が開発した“QuickPrimer”では、一括して複数の領域のプライマーを設計することができます。

まず初めの設定画面でTarget(上図でいうならばSNP1, SNP2, SNP3の箇所)を設定し、ボタンを一回押すだけで、各Targetごとにprimerの情報を得ることができます。
とてもシンプルな機能ですが、あるととても便利だと思います。
| | プライマー設計 | 20:40 | comments(0) | trackbacks(0) |
誰でも簡単にPrimer設計!への道 ~Primer3について~
こんにちは。タノです。
本日からPrimer設計ソフトに関する記事を書いていきます。よろしくお願いします。

ある先生からこんなことを言われました。
「Primerを設計するときはさ、配列マップを見ながら目的の配列に近い部分を探して、GC含有量やTmを考慮しながら設計をしているよ。面倒だし、なかなか思い通りには増えないんだ。」

その先生曰く、Primer設計ソフトを試してみたこともあるとのことでしたが、条件設定が簡単でかつ1度の設定で多数のプライマー設計結果が得られるようにかゆい所に手が届くようなものがないとおっしゃっておりました。

弊社のブログでは、以前よりフリーのプライマー設計ツールであるPrimer3を紹介させていただいております(参照ブログ)。
こちらのツールは、YouTubeにも使い方が掲載されるほど、世界中で使用されているオープンソースツールです。
ユーザーは、目的の位置や、primerの長さ、Tmなど様々な条件を設定することができ、かつ瞬時に設計されたprimerの情報を得ることができます。
Primer3は、コマンドラインを用いることで、タンデムまたは複数箇所のprimerを容易に設計することが可能です。一方で、優れた機能がある反面、慣れない方にはコマンドラインを書くことが面倒でもあります。
先ほどの先生がおっしゃった「かゆいところに手が届くようなものがない」とはまさにここです。
そこで弊社では、必要最小限の情報をユーザーが記入するだけで、タンデムにおよび複数のターゲットから設計可能なプライマー設計ソフト“QuickPrimer”を作成致しました。

このソフトは、Primer3のWindows版GUIインターフェースです。

明日からは、“QuickPrimer”に含まれる2つの機能の詳細を書いていきます。
| | プライマー設計 | 18:00 | comments(2) | trackbacks(0) |
新入社員のタノです
はじめまして。
4月からアメリエフ株式会社 バイオインフォマティクス事業部の新入社員となりました、タノです。
よろしくお願いいたします。

今回が私にとって初めてのブログ投稿です。
“ついに来たか!!”という心境で、緊張していますがそれと同時に、ようやく仲間入りすることができた喜びと責任を感じております。
今日は、私の自己紹介と、入社してから感じた弊社の印象を綴りたいと思います。

私は、今年の3月に大学院(博士後期課程)を修了し、4月に福岡から上京しました。上京して1カ月半が過ぎましたが、20+数年間に渡り使い続けた方言は、未だ消えることはありません。
大学院では、細胞応答をセンシングするためのデバイス開発をメインに行い、その中でバイオインフォマティクスの技術を用いた細胞応答の統計解析を行っておりました。その経験を活かそう!!とアメリエフへ入社したのですが、まさに井の中の蛙状態でした。
まだまだ勉強することは山とあり、日々勉強に勤しんでいます。

入社してから最も感じることは、このバイオインフォマティクス分野が多くの方面の方々から関心を寄せられているということです。この理由から、弊社では、大学や病院等の研究機関の方々とお仕事させていただける事が多く、常に新しい事に出会える刺激的な環境が私にとってのアメリエフの魅力です。
そしてなにより、人に恵まれていると感じます。

この御縁を大切に少しでも皆様の御役に立てるよう、日々邁進していく所存です。
改めましてよろしくお願いいたします。
| | よもやま話 | 17:56 | comments(0) | trackbacks(0) |
BEDTools 4
BEDファイルを作成してIGVで表示してみましょう。
1.下記の一行を書き込みtest.bedとして保存します。
chr22 1000 5000 cloneA 1000 + 1000 5000 255,0,0 2 500,250 0,3500
2.IGVを起動します。メニューバーの「File」をクリックして「Load from File..」を選択します。test.bedを選択して「ok」をクリックします。

太い部分をblockと呼びます。
10列目のblockCountは2つ。
11列目のblockSizesは、それぞれ500と250。
12列目のblockStartsは、それぞれ0と3500です。chromStartを0した時の相対的な位置で指定します。
| きむ | ゲノムブラウザ | 18:11 | comments(0) | trackbacks(0) |
BEDTools 3
以前、BEDToolsについて簡単にご紹介しました。
「BEDファイル」とはどんなファイルなのか、続きを書きたいと思います。

ファイルに記入できる情報以下の通りです。
1.chrom
2.chromStart
3.chromEnd
4.name
5.score
6.strand
7.thickStart
8.thickEnd
9.itemRgb
10.blockCount
11.blockSizes
12.blockStarts

最初の3列は必須の情報です。
向きを指定したい場合は6列目まで、色を指定したい場合は9列目まで入力する必要があります。
| きむ | ゲノムブラウザ | 17:46 | comments(0) | trackbacks(0) |
UCSC Table Browser 2
昨日は、UCSC Table Browserの簡単な紹介をしました。
UCSC:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

お手元のゲノムブラウザで、特定のデータをアノテーションとして表示させたい場合は、BEDというファイル形式でダウンロードすると良いかもしれません。
BEDはBrowser Extensible Dataの略です。
IGV(Integrative Genomics Viewer)では表示可能でした。
| きむ | ゲノムブラウザ | 09:11 | comments(0) | trackbacks(0) |
UCSC Table Browser 1
ゲノムのアノテーションデータを、お手元にダウンロードしたい時は、
UCSC Table Browserが便利です。
UCSC:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
ファイル形式も、8種類から選択できます。
| きむ | ゲノムブラウザ | 18:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
次世代シーケンサーのデータ解析受託サービス 1
アメリエフ株式会社ホームページの
「次世代シーケンサーのデータ解析受託サービス」ページ
より詳細なサービス内容をご覧いただけるようになりました。

弊社では、データ解析の受託に加え、「パイプライン構築/解析ツール開発」も承ります。研究室内に処理系を構築することにより、素早いデータ解析と結果の検証、その後の再解析を行うことが可能になります。

詳細は、下記URLよりお気軽にお問い合わせください。
URL:http://amelieff.jp/enquiry/index.html
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 18:01 | comments(0) | trackbacks(0) |
ブログ開始1周年
キムです。
「アメリエフの社員ブログ」を始めたのが、2010年5月7日。
あっという間に、1年が経ちました!
改めて見返してみると、R、PLINK、Primer3、NGS対応ゲノムブラウザなど、いろいろな題材をクローズアップしていました。
ご意見やご要望などがございましたら、コメントをお願いいたします。

それでは、良い週末を♪
| きむ | よもやま話 | 17:54 | comments(0) | trackbacks(0) |
BEDTools 2
以前、BEDToolsについて簡単にご紹介しましたが、今日は「BEDファイル」についてお話します。
UCSC Genome Browserではアノテーションが図のように表示されますね。
オリジナルのアノテーションを追加したいとき、BEDファイルを作成してカスタムトラックとして追加すると、緑の枠で囲ったアノテーションと同じように表示することが出来ます。

ファイルに記入すべき必須の情報は、3つです。
1.染色体番号
2.開始位置
3.終了位置
他に、9つのオプションを記入することもできます。
必須の情報を見ても分かる通り、BEDファイルは高さの情報をもたないファイル形式です。線の長さと太さで表現しているんですね。

詳しくはこちらのサイトをご覧ください。
URL:http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat

【参考】
・BEDTools
URL:http://code.google.com/p/bedtools/
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 17:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
梅雨入りと梅雨明け
気象庁が、梅雨入りと梅雨明けの情報をHPで公開しています。
■過去のデータ
梅雨入りと梅雨明け(確定値)
http://www.data.jma.go.jp/fcd/yoho/baiu/index.html
■今年のデータ
梅雨入りと梅雨明け(速報値)
http://www.data.jma.go.jp/fcd/yoho/baiu/sokuhou_baiu.html

沖縄と奄美は、すでに4月末に(昨年より6日も早い!)梅雨入りしているんですね。
今日は台風がきていますが、影響は大丈夫でしょうか。
| きむ | よもやま話 | 17:12 | comments(0) | trackbacks(0) |
BEDTools 1
今日は、BEDToolsを簡単にご紹介いたします。
URL:http://code.google.com/p/bedtools/
BEDToolsは、NGSのデータ解析で役に立つツールです。

まず、bamToBedを使って、BAMファイルをBEDファイルに変換する作業をしてみましょう。
igvで表示すると下記のようになります。
SRX033211.sorted.bedという灰色で表示されているファイルが、
作成したBEDファイルです。

折をみて、詳しい説明をしていきたいと思います。
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 14:57 | comments(0) | trackbacks(0) |
自分の中に毒を持て
キムです。
中学校の時に読んで衝撃を受けた本を、GWに読み返してみました。
自分の中に毒を持て―あなたは“常識人間”を捨てられるか [文庫]
岡本 太郎 (著)

岡本太郎さんの絵画や彫刻同様、読むとエネルギーが湧いてきます。
お仕事モードに切り替えて、今月もエネルギー満タンで頑張ります!
| きむ | 書籍の紹介 | 18:08 | comments(0) | trackbacks(0) |
今日から5月ですね
今日から5月ですね。

会社の決算は12月末なので、第2四半期(4月〜6月)も2ヶ月目となりました。本当にあっという間です。

知人のTwitterによると、GW=ゴールデン・ワークだそうです。
うまいこと云うな〜と関心しました。

長期休暇期間は勉強にも仕事にも集中できる良い機会ですね。
私も社員のみんなに負けないようにがんばります!
| 社長 | よもやま話 | 10:52 | comments(0) | trackbacks(0) |
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