アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
ゴールデンウィーク
早くも4月が終わろうとしています。
お仕事でもプライベートでも、目が回るような忙しさでした。
「無理してでも最善を尽くして良かったな」と思えるのは、仲間や助言を下さった皆さまのおかげです。
ゴールデンウィークは、Rで素敵な図を描くために格闘したいと思います。
それでは皆様、楽しいゴールデンウィークをお過ごしください。
| きむ | よもやま話 | 17:08 | comments(0) | trackbacks(0) |
晩春の桜
日本気象協会が4月6日に発表した桜開花日・満開日によると、東京都心の
開花日は3月28日(去年より6日遅い)
満開日は4月6日(去年より5日遅い)だったそうです。
ここでの「桜」とはソメイヨシノのことを指します。

先日の勉強会で、晩春に咲く桜があると教えていただいたので、少しだけ調べました。サイトによって、分類の方法に特徴があります。

■開花時期による分類
早春に咲く桜・陽春に咲く桜・晩春に咲く桜
サイト:桜図鑑 (財団法人日本花の会による桜の図鑑)

■開花状況による分類
冬芽 ・蕾 ・咲始 ・満開 ・散始 ・終了
(開花時期の記載もあります)
サイト:多摩森林科学園 サクラ保存林開花情報
| きむ | よもやま話 | 13:53 | comments(0) | trackbacks(0) |
リンクを貼っていただけました
次世代シーケンサー(NGS)メーカーであるライフテクノロジーズ・ジャパンSOLiDソフトウェアコミュニティのページに、弊社が掲載されましたのでお知らせいたします。

SOLiDソフトウェアコミュニティ


ライクテクノロジーズ・ジャパン(旧アプライドバイオシステムズ:ABI)のSOLiDは、NGSの中でもカラースペースによるシーケンシングが特色です。


上記HPには、弊社以外にもいくつかのデータ解析会社様が掲載されておりますので、各社の特色を比較するには便利なサイトかとおもいます。

多くはソフトウェアの開発と販売の会社様です。弊社のようにオープンソースのソフトウェア(bwaやSAMtoolsなど)を駆使して、研究論文のためのデータ解析受託や、研究室内でのパイプライン構築を行う会社は少ないようです。

NGSの外注の参考になりましたら幸いです。
| 社長 | よもやま話 | 11:27 | comments(0) | trackbacks(0) |
【バイオインフォマティクス勉強会】ご参加いただきありがとうございました
雨にもかかわらず、4/23(土)の【バイオインフォマティクス勉強会】「次世代シーケンサーのデータ解析入門」にお越しくださりありがとうございました。

質問も多数頂戴し、活発な議論ができたと考えております。
重ねまして、お礼申し上げます。ありがとうございました。

勉強会後の懇親会も大いに盛り上がり、半分以上のメンバーが二次会にも参加してくださいました。他では聞けない情報など、懇親会ならではの魅力があるとおもいます。


6月にもバイオインフォマティクス勉強会を開く予定ですので、ご期待ください!
| 社長 | 勉強会 | 11:13 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGSデータ解析勉強会
明日は、第5回バイオインフォマティクス勉強会の日です。
今回の内容は、次世代シーケンサーのデータ解析入門です。

これまでの勉強会の内容を思い出してみると‥
第1回 統計解析ソフトR入門
第2回 SNP解析の実践
第3回 ゲノムマップのviewer
第4回 バイオ研究のためのLinux入門
などなど、内容は様々です。

この場を通して、多くの皆様と出会えたことを大変幸せに思います。
勉強会後に開催される懇親会で、学ぶことも多く、とても楽しく有意義な時間を過ごしています。懇親会からの参加もお待ちしておりますラブラブてれちゃうラッキー
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 18:33 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV 2.0 beta版
以前何度か紹介させていただいたBroad InstituteのゲノムブラウザIGV(Integrative Genomics Viewer)が3月にバージョンアップしていました。
IGV 2.0 beta版です。
ダウンロードはこちらからどうぞ
http://www.broadinstitute.org/software/igv/EarlyAccessGuide
| きむ | ゲノムブラウザ | 17:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) 3
DRASeqarch
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/

で、オブジェクトごとにAccession番号のついたリストを表示できると紹介しました。
ちなみに、オブジェクトごとにAccession番号のプレフィックスが異なります。
DRA : Submission(登録者など)
DRP : Study(研究のタイトルやタイプ、文献へのリンクなど)
DRX : Experiment(用いたライブラリーやシーケンサーなど)
DRS : Sample(Taxonomy ID、取得方法など)
DRR : Run(ランが行われた日付、シーケンシングを行った組織名など)
プレフィックスが、DRXやERXだと「実験の情報だな」とすぐに判断できます。

詳しく知りたい方はこちらをどうぞ
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/documentation.shtml

| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 18:16 | comments(0) | trackbacks(0) |
道をひらく 続
「道をひらく」に続いて、
道をひらく 続 [文庫]
松下 幸之助 (著)
を読みました。
人の在り方、社会の在り方を綴った本です。
豊かで美しい日本語を読みたくなったらこの本がおすすめです。

| きむ | 書籍の紹介 | 18:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGSデータ解析勉強会の準備中
今週末23日(土)に行われる「バイオインフォマティクス勉強会 次世代シーケンサーのデータ解析入門」の準備をしています。

おかげさまで増席後も満席となっておりますので、期待の大きさに少々プレッシャーを感じつつも、自分たちが行っているNGSのデータ解析のフローを簡単にではありますがご紹介したいとおもいます。

また、その際の簡易的なスクリプトもお持ち帰りいただいて、ご利用いただけたらと考えております。


私が学生時代にゲル板でシーケンシング(といえるかわかりませんが)をしていた頃は、3日間の実験で100bpとかそのオーダーでした。

それが今や、NGS1台を1週間ランさせるだけ(ラン途中の大半の時間は放置ですし)で、100Gbpのオーダーで配列が読めるわけですから。時間や精度を買っていると考えられますね。


歳をとると昔話が多くなってしまいます。(笑)
いかん・いかん。

身も心も若くいたいとおもっていますが、皇居周辺を9kmほどランニングしただけで、2日間筋肉痛です。(-_-;)

脳みそも肉体も鍛錬が必要ですね。
| 社長 | 次世代シーケンサー解析 | 18:09 | comments(0) | trackbacks(0) |
インターン募集のお知らせ
アメリエフ株式会社では、2011年度インターンを募集させていただくことになりました。

初めての試みですので不安も大きいのですが、「就業体験を通して学生さんと企業とのミスマッチを少しでも減らすこと」、「優秀な未来の社員をリクルートすること」の2つを狙ってベンチャー企業らしくチャレンジしていきたいとおもいます。

【インターン生 募集要項】
対象者:生物学・医学・薬学系を専攻する大学・大学院在学生で、2012年3月卒業予定者、もしくは同卒業後3年以内の方
インターン期間:1週間〜2週間(応相談)
報酬:交通費を含め無し
求める人物像:
1.バイオ・医療分野の専攻で、バイオインフォマティクスに取り組むやる気のある人(プログラミング等の経験は問いません)
2.休日や余暇の時間に勉強や調べ物をしたり、自己研鑽に取り組むことができる人
3.他人と会話をすることが好きな人
4.飲み会が嫌いでない人(下戸でも可)
5.喫煙しない人

予定している課題の例:
1.PerlやC#によるプログラミングで、研究データの処理やデータ解析を行う
2.Visual Studio 2010とC#で、研究に役立つソフトウェアを企画・開発する
3.疫学調査のデータを統計解析パッケージ「R」で解析する

インターンを通して得られること:
1.ベンチャー企業での就業を通して、大企業では得られない体験をする
2.ビジネスを通して学術研究や社会への貢献ができることを知る
3.バイオインフォマティクスの実務を体験する
4.学術研究とビジネスの現場の違いを肌で感じる
5.採用基準に達した方は採用を内定

応募方法:
履歴書と自己PR(研究内容を含む)を会社情報の住所へ郵送(両方とも書式自由)。
連絡はメールにて行いますので、メールアドレス必須。
※)選考後、書類の返却はいたしません。個人情報は責任をもって処分いたします

選考方法:書類選考(最大2週間)後、面接により決定
1.書類選考を通過した方には、面接の日程を決めるためメールいたします
2.面接後、1週間以内に合否結果をメールします
3.合格の方はインターン日程を相談し決定します

インターン受け入れ可能人数:常時1名


在学生の方は、夏休みなどの休暇期間中や、学期中に毎週1〜2日など、インターン期間についてはご相談に応じます。
新しいことにチャレンジしたい人、バイオインフォマティクスの分野に進みたい人は、ぜひ検討してみてください。

社員は4名で、全員2分野以上の専門を持つプロフェッショナルです。

みなさまからのご応募、お待ちしています。

アメリエフ株式会社
代表取締役社長 山口 昌雄
| 社長 | 会社のこと | 18:35 | comments(0) | trackbacks(0) |
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) 2
DRASeqarch
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/

で欲しいデータを検索しましょう!
Statisticsを眺めると、どのくらいの数のどんなデータがどのように管理されているか、概要をつかむ事が出来ます。

「Released Entries」の各Typeをクリックすると、Accession番号のついたリストが表示されます。
各Typeの大まかな内容は下記の通りです。
Submission : 登録者など
Study : 研究のタイトルやタイプ、文献へのリンクなど
Experiment : 用いたライブラリーやシーケンサーなど
Sample : Taxonomy ID、取得方法など
Run : ランが行われた日付、シーケンシングを行った組織名など

詳しく知りたい方はこちらをどうぞdowndowndown
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/documentation.shtml
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 18:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) 1
「試しに、次世代シーケンサーで得られたデータの解析をしたいなぁ」
という時、皆さまはどうしていますか??

日本にいる皆さまは、ココdowndowndown
DDBJ Sequence Read Archive (DRA)
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/index.shtml

から、データをダウンロードしている方が多いのではないでしょうか。

「Search」タブをクリックすると、新しいウィンドウが開きます。

説明が必要ないくらい、見やすくて使いやすいサイトですが、
少しだけ使い方を説明します。
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 18:51 | comments(0) | trackbacks(0) |
【締切】次世代シーケンサーのデータ解析入門
4月23日(土)の第5回バイオインフォマティクス勉強会「次世代シーケンサーのデータ解析入門」ですが、定員いっぱいとなりましたので、募集を締め切らせていただきます。

お申し込みいただきました皆さま、ありがとうございました。
| きむ | 勉強会 | 11:37 | comments(0) | trackbacks(0) |
桜の開花予想 2
キムです。
日本気象協会が、4月6日に発表した桜開花日・満開日によると
東京都心の
開花日は3月28日(去年より6日遅い)
満開日は4月6日(去年より5日遅い)
だったそうです。
上野公園の桜は、日曜には満開だったので、ここ数日の雨と風で散り始めているかもしれません。
甲信・北陸・東北地方でももうじき満開の桜が見られると思います。

桜情報-開花予想(日本気象協会)
http://tenki.jp/sakura/expectation
| きむ | よもやま話 | 17:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
【勉強会のお知らせ】次世代シーケンサーのデータ解析入門
4/23(土)に開かれる第5回バイオインフォマティクス勉強会に、多くの皆さまからお申し込みをいただきありがとうございました。

内容は、次世代シーケンサーのデータ解析入門です。
お手数ですが、詳細は社長ブログをご覧ください。
お申し込みは弊社ホームページ「お問い合わせページ」からお願いいたします。

予想を上回るお申し込みをいただきましたので、急遽定員を増やして対応しておりますが、あと数名で定員になります。
定員になり次第、締め切りとさせていただきますので、ご了承くださいますようお願い致します。

東京以外での勉強会開催も検討しております!
弊社ホームページ「お問い合わせページ」からリクエストいただけますと幸いです。
| きむ | 勉強会 | 18:18 | comments(0) | trackbacks(0) |
基礎から学ぶ楽しい疫学
アメリエフ文庫から拝借して、また新しい本を読み始めました。
基礎から学ぶ楽しい疫学 [単行本]
中村 好一(著)
そうです。疫学の本です。
アメリエフは医療情報のデータマイニング/システム構築/ソフトウエア開発などの疫学研究に関するサービスを精力的に行っています。
私の専門分野ではないので、疫学は基本から勉強しています。
この本は、疾患に関する例が多いので、基礎を習得しながら実務演習もできそうです。
| きむ | 書籍の紹介 | 20:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
よくわかる最新ベイズ統計の基本と仕組み
さて、統計の勉強も続行中です!!
今まで手に取った統計の本で一番面白かった本です。
図解入門 よくわかる最新ベイズ統計の基本と仕組み (How‐nual Visual Guide Book) [単行本]
| きむ | 書籍の紹介 | 18:11 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGS対応ビューワ2
次世代シーケンサー対応ビューワが続々と公開されています。
ここ
http://lh3lh3.users.sourceforge.net/NGSalnview.shtml
によく耳にするビューワ7個の機能一覧があります。
フリーのビューワをお探しの方は、是非ご参考にどうぞ。
| きむ | ゲノムブラウザ | 18:07 | comments(0) | trackbacks(0) |
道をひらく
キムです。
最近読んで面白かった本のご紹介です。
道をひらく [文庫]
松下 幸之助 (著)
道をひらく 続も読みたいところですが、週末に読むとして・・・
今から、技術系の本を探しに行ってきます!
| きむ | 書籍の紹介 | 18:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」がバージョンアップしました
GWAS解析ソフト「PLINK」のWindows版ラッパーソフトである「QuickGWAS Academic」がバージョンアップされました。

PLINKは、SNP解析、GWAS解析、ハプロタイプ解析、連鎖解析、層別化解析などなど、各種のSNPをベースとした遺伝統計解析ができるオープンソースソフトウェアです。

ただ、コマンドライン操作が基本になるので、一般的な実験研究者にとっては少々敷居の高いソフトウェアでもあります。


そこで開発したのが、Windows上で直感的にマウス操作でPLINKの操作(GWASなど)とプロット作成が行える「QuickGWAS」です。
2010年末にバージョン1.0が公開されていましたが、今回はバージョンが1.2.2まで上がり、マルチスレッド化、処理時間の表示、細かなバグ修正などが行われています。

基本機能としては前バージョンの1.1.0から変わりはありませんが、使いやすさは向上していますので、全ユーザー様にバージョンアップをオススメいたします。

QuickGWAS Academic 1.2.2 - GWAS画面
図1.GWAS画面

QuickGWAS Academic 1.2.2 - Plot画面
図2.プロット画面(マンハッタンプロットとQ-Qプロット)
| 社長 | SNP解析 | 16:14 | comments(0) | trackbacks(0) |
GEN2PHEN
キムです。
最近、GEN2PHEN ConsortiumのHPをのぞく機会が増えてきました。
http://www.gen2phen.org/

GEN2PHENプロジェクトは、ヒトゲノム計画から怒涛の勢いで増大している‘parts list ’ ( the gene sequences ) と ‘toolkit ’ ( technologies )を、「Genotype -To -Phenotype Databases」作ることで、効果的に管理して利用しましょうというプロジェクトです。
NGS解析ツールの一覧
http://www.gen2phen.org/wiki/prediction-tools
は目的ごとに整理されています。
NGSデータ解析の後半で、必要になってくるツールが満載です。
| きむ | バイオインフォマティクス | 20:33 | comments(0) | trackbacks(0) |
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