アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
TLICビジネスプラン発表会+名刺交換会
今年の1月から東京ライフサイエンスインキュベーションセンター(TLIC)に入居させていただいています。
TLICは東京都が整備している創業支援施設であり、ライフサイエンス/バイオ/ヘルスケア関連産業のベンチャー企業が多数入居されています。
ここでは、起業支援/成長支援の一環として、交流会や勉強会が頻繁に開催されています。
本日、「第4回TLICビジネスプラン発表会+名刺交換会」が開催され、アメリエフも発表させていただきました。
このような恵まれた環境に感謝し、多くを学んでいこうと強く感じた一日でした。
| きむ | よもやま話 | 17:51 | comments(0) | trackbacks(0) |
NGS対応ビューワ
次世代対応ビューワが続々と公開されていますね。
ここ
https://ngslib.i-med.ac.at/node/57
の一覧だけでも18個もあります。
果たして、求めている機能を持ったビューワがこの中にあるのだろうか‥
便利なビューワを見つけたらどんどん紹介していきすね。
| きむ | ゲノムブラウザ | 18:01 | comments(0) | trackbacks(0) |
心機一転
キムです。
先週末に引越し作業(個人的な)が無事終わり、今週から新しい場所での生活がスタート しました。
しかも、引っ越した日から毎朝、窓から差し込む朝日のおかげ(せい?)で5時半に目が覚めます。
国立天文台 天文情報センター 暦計算室
http://www.nao.ac.jp/koyomi/
のデータと比較しても、やはり日の出ととも目が覚めているようです。

そして、なんと今日から、アメリエフに新しいメンバーがひとり加わりました。
いっそうにぎやかで楽しくなりそうですてれちゃうラブラブラッキー

心機一転、今年度も頑張りますので、皆さまどうぞよろしくお願いいたします。
| きむ | よもやま話 | 18:22 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「igvtools 6」
今週も、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
今日は、index機能を使います。
IGVでBAM file(.bam)やSAM file(.sam)を表示するには
・positionでsortする
・indexを付ける
必要があります。
index情報は、BAM index file(.bai)やSAM index file(.sai)などのindex fileに保存されます。
元fileとindex fileは、同じフォルダに配置する必要があります。

対応しているファイルは下記の通りです。
.sam, .aligned, .vcf, .psl, and .bed

| きむ | ゲノムブラウザ | 09:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
バビロンの大富豪―「繁栄と富と幸福」はいかにして築かれるのか
キムです。
最近読んで面白かった本のご紹介です。
バビロンの大富豪―「繁栄と富と幸福」はいかにして築かれるのか [単行本]
George S. Clason (原著), 大島 豊 (翻訳)
1926年に書かれた本です。寓話調で書かれています。
お金に関する考え方を学べるとても良い本だと思います。
個人的な話ですが、今週末は引越しです。
忙しくなりそうですが、頑張ります!!
| きむ | 書籍の紹介 | 18:21 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「igvtools 5」
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
Tile機能を使って、大きなサイズのファイルをバイナリファイル(.tdf)に変換します。
IGVで表示するときに拡大や画面移動がスムーズになります。
対応しているファイルは下記の通りです。
.wig, .cn, .snp, .igv, .res and .gct
IGVからigvtoolsを起動させます。
Commandから「Tile」を選択します。
Input Fileの「Browse」をクリックしてファイルを選択します。
すると自動的に、Output File欄にファイルの場所と名前が入力されます。
良ければ、「Run」をクリックします。

Messagesに「Done」と表示されれば完了です。
手順は、Option以外はSort機能とほぼ同じです。
| きむ | ゲノムブラウザ | 19:51 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「igvtools 4」
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
まず、sort機能を使って、start positionで並び変えます。
対応しているファイルは下記の通りです。
.cn, .igv, .sam, .aligned, .psl, .bed, and .vcf
IGVからigvtoolsを起動させます。
Commandから「Sort」を選択します。
Input Fileの「Browse」をクリックしてファイルを選択します。
すると自動的に、Output File欄にファイルの場所と名前が入力されます。
良ければ「Run」をクリックします。

Messagesに「Done」と表示されれば完了です。
| きむ | ゲノムブラウザ | 09:44 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「igvtools 3」
キムです。お久しぶりです。
今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
以前、「igvtools単体を起動させる」方法と「IGVからigvtoolsを起動させる」方法についてお話ししました。
機能についてはこちらをご参照ください。
明日から使い方のご紹介を行います。


| きむ | ゲノムブラウザ | 17:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
ヤシマ作戦遂行中
都内に住む自分たちに出来ることは何か?

・節電に取り組むこと
・買い占めしないこと
・募金すること
・何よりも自分の仕事を精一杯すること

だと考えています。

節電は、アニメ「エヴァンゲリオン」に登場する、日本中の電力を束ねて長距離電磁砲を撃つというストーリーから「ヤシマ作戦」とよばれているそうです。

本日の日経プラスワン紙によると、ヤシマは日本古来の名称である「八島」にもかけているそうです。

そして何より、一人一人が自分の仕事を精一杯し、日本経済を下支えすることが、震災復興への最短ルートだとおもいます。

節電しつつ、この週末もバリバリ仕事します!!!
| 社長 | よもやま話 | 15:46 | comments(0) | trackbacks(0) |
テレワーク三日目
テレワーク三日目ですが、やりたいことの8割はできているようにおもいます。

社員間のコミュニケーションが致命的である以外は深刻な問題はないですね。

ただ、VPN経由なのでファイルサーバーからのファイル転送が少々遅いことがネック(社内ネットは1GbE)です。


月に数回くらいのテレワークは悪くないかもしれません。
| 社長 | よもやま話 | 19:47 | comments(0) | trackbacks(0) |
テレワーク一日目
全社員テレワークというのは、会社として初めての取り組みになります。

SkypeとVPN、クラウドによって通常よりは不便なものの、デジタル化されている社内リソースには特に問題なくアクセスできます。

年度末ということもあって仕事はたてこんでいますが、打ち合わせがあまり必要ない作業をしているためか、通勤時間が無い分、むしろ集中できているかもしれません。

ITベンチャー企業っぽくなってきました。(笑)
| 社長 | よもやま話 | 19:17 | comments(0) | trackbacks(0) |
緊急の社内会議
本日は、電車が動かず出社できない1名を除いて、緊急の社内会議。

今週の水曜日からの三日間は自宅待機&テレワークとすることを決定しました。

業務は制限がある中でも継続しております。
ご連絡はメールやホームページ上のお問い合わせからお願いいたします。
| 社長 | よもやま話 | 19:14 | comments(0) | trackbacks(0) |
3月11日の東北地方太平洋沖地震で被災された皆さまへお見舞い申し上げます。
アメリエフの山口です。
地震の被害があまりにも大きく、徐々に明らかになる被害状況に心苦しくおもいます。
被害に遭われた皆さまにはお見舞い申し上げます。

東北地方には弊社のお客様やお取引会社様が多数いらっしゃいます。一部では連絡が取れ、全員無事とのご連絡も頂戴しておりますが、まだ連絡が取れないお客様もいらっしゃいますので、大変心配しております。


アメリエフでは、オフィスが大きく揺れて建屋のエレベーターが停止したものの、電気は問題無く、インターネットも一次的に停止しただけで通常通り利用できました。また、サーバー等の機器にも影響はありませんでした。

ただ、交通網の混乱が予想されたため、地震が発生した11日の16時ごろに全員帰宅の指示を出しました。都内の交通網が停止していたため、徒歩での帰宅となりました。

幸い全社員および家族の無事が確認されました。

本日14日(月)は、全員自宅待機としております。
会社の電話は出られませんが、山口の携帯電話およびメールは通じておりますので、ご連絡の際はこちらをご利用いただけますようお願い申し上げます。

業務は一部で制限を受けていますが、ほぼ通常と変わらずデータ解析やソフトウェア開発を行っております。

ブログはホームページ上でも情報発信を続けていきますので、今後もアメリエフをよろしくお願い申し上げます。

アメリエフ株式会社
代表取締役社長 山口 昌雄
| 社長 | 会社のこと | 09:58 | comments(0) | trackbacks(0) |
かばんはハンカチの上に置きなさい
キムです。
今日は本のご紹介です。
かばんはハンカチの上に置きなさい
―トップ営業がやっている小さなルール ―
川田 修 (著)
著者は、「ちょっとだけ違うこと」を徹底することで、プルデンシャル生命・営業の最高峰であるエグゼクティブ・ライフプランナーになった営業マンです。
題名の「かばんはハンカチの上に置きなさい」とは、「ちょっとだけ違うこと」の1つの例です。おすすめです。
| きむ | 書籍の紹介 | 11:07 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「igvtools 2」
IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
igvtoolsは、IGVに入力する前にデータの前処理を行うツールです。
■sort
start positionで並び変えます。
ソート済みのファイルを入力するように求められた場合、この機能を使います。
■tile
大きなサイズのファイル(wigやcnなど)をIGVで表示しようとすると、バイナリファイル(.tdf)に変換するように勧められます。
■count
bamなどのファイルを、計算してwigに変換します。
■index
大きなファイル(samなど)をIGVで表示しようとすると、indexを付けるように勧められます。
| きむ | ゲノムブラウザ | 10:57 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「igvtools」
キムです。
今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
今日は、起動方法についてお話します。

起動方法1「igvtools単体を起動させる」
igvtools_nogenomes_(バージョン番号)/IGVTools/igvtools_gui.batをクリックします。ウィンドウが立ち上がります。


起動方法2「IGVからigvtoolsを起動させる」
IGVの起動方法はこちらをご覧ください。
メニューバーの「File」をクリックして「Run igvtools...」を選択します。

ウィンドウが立ち上がります。


| きむ | ゲノムブラウザ | 09:40 | comments(0) | trackbacks(0) |
スノーボード
はじめまして。
事務担当Yと申します。
これからは、私もブログを書かせていただきます。よろしくお願いします。

とりあえず、初ブログなので私のとある休日を紹介します。

3/5(土)〜6(日)で新潟県妙高高原「池の平温泉スキー場」へ行ってきました。

子供の学童の仲間達に「行きたい人〜?!」と声をかけたところ、なんとっ!!39人も参加希望があり、大所帯で行ってきました。

2日ともいい天気で、最高のスキー・スノーボード日和。

我が家の子供達は今シーズンからスノボーデビューで、1日スノボースクールに入ってくれたので、出産して以来のゆっくりスノボーを楽しむチャンス。

HAPPYPARKには初心者でも楽しめるBOXなどが色々あり、楽しんできました。

リフトを乗り継いで一番上まで行くと、とても絶景で癒されました。

大人も子供も仲間同士で刺激を受け、「2日目はスキーじゃなくてスノボーにする」や、その逆などなど新しいチャレンジもいっぱいあり、大勢で行くのもとても良かったです。

もうすぐシーズンも終わりですが、もう一度ぐらい行きたいなぁ〜と思っています。
| 事務担当Y | よもやま話 | 12:45 | comments(0) | trackbacks(0) |
在来家畜と上野動物園
キムです。
昨日の続きになりますが、東京都恩賜上野動物園には、先日全ゲノムの解析が行われた日本古来の牛「口之島牛(くちのしまうし)」の他に「見島牛(みしまうし)」や、沖縄の在来豚の「アグー」および「アヨー」など、日本の在来家畜が数多くいるようです。
ときどき上野動物園に行くのですが、見ているつもりでも認識できていない事は多いんだなと実感しました。改めて実感すると、ちょっとがっかりしますね。

さて、来週のブログは‥
IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。

それでは皆さま良い週末を♪
| きむ | よもやま話 | 18:51 | comments(0) | trackbacks(0) |
日本古来の牛「口之島牛」全ゲノム解読
キムです。
東京農業大学と名古屋大学との共同研究で、口之島牛の全ゲノムの解析が行われ論文発表されましたね。

私は口之島牛(くちのしまうし)について知らなかったのですが、
鹿児島県のトカラ列島に位置する口之島に生息していて、しかも野生化しているそうです。遺伝的に西洋種の影響をうけていないと考えられます。
実際に、西洋種(ヘレフォード種)と比較すると、630万SNPsが見つかったそうです。
2008年、東京都恩賜上野動物園に一頭(7カ月のメス)寄贈されたそうなので、寿命が15年と考えると今も展示されているかも‥
今噂のパンダ以外にも、見所が増えましたね!!

データもwebで公開されています。
http://www.nodai-genome.org/bos_taurus_en.html

論文はこちらです。
Whole-genome resequencing shows numerous genes with nonsynonymous SNPs in the Japanese native cattle Kuchinoshima-Ushi
| きむ | よもやま話 | 18:09 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「表示 5」
IGV(Integrative Genomics Viewer)の表示機能をご紹介します。

データパネル
■フィルタ
メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Filter Tracks...」をクリックすると、「Filter Tracks」ウィンドウが立ち上がります。
条件を設定します。
「+」をクリックすると、条件を増やすことが出来ます。


「Show All Tracks」をチェックすると、設定した条件は保持したまま、すべてのサンプルを表示することが出来ます。
| きむ | ゲノムブラウザ | 09:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「セッションの保存」
IGV(Integrative Genomics Viewer)の保存機能についてご紹介します。

xmlで保存する
メニューバーの「File」をクリックします。「Save Session...」をクリックすると、「Save Session」ウィンドウが立ち上がります。
お好きな名前(デフォルトはigv_session.xml)で保存します。

開くには、「Open Session...」をクリックして、xmlを選択します。
続けて編集を行えます。

pngで保存する
画像として保存もできます。
メニューバーの「File」をクリックします。「Save Image...」をクリックすると、「Snapshot File」ウィンドウが立ち上がります。
お好きな名前(デフォルトはigv_snapshot.png)で保存します。
| きむ | ゲノムブラウザ | 09:58 | comments(2) | trackbacks(0) |
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