アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
花粉情報サイト
キムです。
とうとう花粉症の季節が始まってしまいました。
花粉情報は、環境省花粉情報サイトでご覧いただけます。

スギ花粉飛散開始マップ
http://pollen-net.com/KAFUNMAP/kafunmap.html

環境省花粉観測システム(はなこさん)http://kafun.taiki.go.jp/index.aspx
測定局を選択して、過去7日間の時系列グラフを見ると‥
花粉症の症状が出た25日(土)の午後は、
花粉飛散数が200個/m3超えていました。

ちなみに、環境省大気汚染物質広域監視システム(そらまめ君)もあります。
http://soramame.taiki.go.jp/
空をマメに監視するから、そらまめ君だそうです。
| きむ | よもやま話 | 19:43 | comments(0) | trackbacks(0) |
桜の開花予想
日本気象協会が、2月23日に発表した桜開花予想によると、
東京都の予想開花日は3月26日頃です。
ここで、「桜」とはソメイヨシノのことを指すようですね。
予測式には、
・秋以降の気温経過
・気温予想(長期予報のアンサンブルGPVから地上気温を算出する手法を改良)
・桜のこれまでの観測データ
を用いるそうです。

桜情報-開花予想(日本気象協会)
http://tenki.jp/sakura/expectation
| きむ | よもやま話 | 18:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「リファレンスゲノム」
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のリファレンスゲノムについてお話します。
用意されている配列はこちらです。
http://www.broadinstitute.org/software/igv/Genomes

ツールバーでゲノムを選択します。
まず、Human hg18を選択しました。

遺伝子名(KCNQ1)を入力しましょう。
「Go」をクリックすると、遺伝子に飛びます。
自動的に、遺伝子名から位置情報に変わります。
KCNQ1 → chr11:2,422,797-2,826,916


もちろん位置情報から飛ぶこともできます。
RefSeq genesトラックに遺伝子名が表示されています。
カーソルをエクソン上で停止させると、エクソンの情報が表れます。

次に、E.coli K12 MG1655 U00096.2を選択します。

Geneトラックに遺伝子名が表示されませんね。
Humanと違って、このままでは遺伝子名から飛ぶことはできないようです。
位置情報から飛ぶことは出来ます。
U00096.2:421,739-423,556

| きむ | ゲノムブラウザ | 12:32 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「表示 4」
IGV(Integrative Genomics Viewer)の表示機能をご紹介します。
第4回目になりました。

データパネル
■グループで束ねる
メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Group Tracks...」をクリックすると、「Group By Attribute」ウィンドウが立ち上がります。
束ねる基準を選びます。



■ラインを引く
メニューバーの「View」をクリックして、「Preferences...」を選択します。「Charts」タブの「Draw Top Border」および「Draw Bottom Border」をチェックします。



これまでの表示機能紹介はこちらです。
IGV「表示 」:データ入力、グラフの種類、Yラベル
IGV「表示 2」:トラックの高さ、属性パネル
IGV「表示 3」:サンプルパネル
| きむ | ゲノムブラウザ | 09:43 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「表示 3」
前回に引き続き少し脱線して、私がよく使うIGVの表示機能をご紹介します。

サンプルパネル
■移動する
サンプルをクリックする。
ドラッグ&ドロップで移動する。
■ソートする
メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Sort Tracks...」をクリックすると、「Sort」ウィンドウが立ち上がります。
ソートする基準を選びます。昇順または降順をチェックします。
| きむ | ゲノムブラウザ | 18:09 | comments(0) | trackbacks(0) |
これからはじめるVisual C#2010
キムです。
今日は昼間でも冷たい風が吹いていました。
まだまだ寒い日が続きそうですね。
特に朝と夜は冷え込むので、皆様もお体にはお気をつけ下さい。

最近とてもお世話になった本のご紹介です。
これからはじめるVisual C#2010―Visual C#2010 Express Edition対応 [単行本]
木暮 啓一 (著)

とても分かりやすいので、初心者にもおすすめです。
| きむ | 書籍の紹介 | 19:30 | comments(0) | trackbacks(0) |
本棚がいっぱい
キムです。
アメリエフには、「アメリエフ文庫」と呼ばれる本棚があります。
専門書やビジネス書など、多様なジャンルが並んでいます。
新しい本もどんどん増えるので、引越しを機に本棚を一架増やしました。

幸せなことに、アメリエフ文庫のおかげで自己啓発本の面白さにすっかり目覚めました。図書館の予約サービスとアメリエフ文庫を利用すれば、ほとんどの本は(お財布を気にせず)すぐに手に入る環境にあります。
めぐまれた環境に感謝です:-Dひらめき
新書ではありませんが、コラムや知り合いに紹介していただいた下記の本を読む予定です。

ビジネスマンの父より息子への30通の手紙 新潮文庫
G.Kingsley Ward (著), 城山 三郎 (翻訳)

20代、お金と仕事について今こそ真剣に考えないとヤバイですよ!
野瀬 大樹 (著)

年収200万円からの貯金生活宣言
横山 光昭 (著)

バビロンの大富豪―「繁栄と富と幸福」はいかにして築かれるのか [単行本]
George S. Clason (原著), 大島 豊 (翻訳)

ビジネスマンのための「発見力」養成講座
小宮 一慶 (著)

週末に何冊読めますかね??楽しみです!
それでは、良い週末を〜♪
| きむ | 書籍の紹介 | 11:47 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「表示 2」
今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。
入力したCNファイル(mynah.sorted.cn)は、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルです。

今日は少し脱線して、私がよく使う表示機能をご紹介します。

トラックの高さ
■指定する
属性パネルのカラーバーを右クリックします。「Change Track Height...」をクリックすると、ウィンドウが立ち上がります。数字を入力します。

■画面いっぱいにする
メニューバーの「Tracks」をクリックして、「Fit Data to Window」をクリックします。


属性パネル
■表示しない
メニューバーの「View」をクリックして、「Show Attribute Display」のチェックをはずします。
■一部を表示しない
メニューバーの「View」をクリックして、「Show Attribute Display」をチェックをします。「Select Attributes to Show...」をクリックすると、ウィンドウが立ち上がります。表示しない項目のチェックをはずします。
| きむ | ゲノムブラウザ | 11:06 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「表示」
今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。
これまで、
1.ダウンロード

2.起動

3.CNファイル入力

を行いました。
入力したファイル(mynah.sorted.cn)は、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルでした。

今日は、データを見やすく表示させたいと思います。
画面操作については、こちらをご覧ください。

step1
対象を選択します。
ふたつのサンプルを選択するには、
・サンプルパネルのサンプルを「Ctrl」+クリック
・属性パネルのカラーバーを右クリック
する方法があります。選択されたサンプルは灰色になります。
step2
設定を行います。
対象を選択した状態で右クリックします。

下記の図の通り、チェックや設定を変更します。

さらに、メニューバーの「View」をクリックして、「Preferences...」を選択します。
「Charts」タブの「Label Y Axis」をチェックします。

このように表示されました。

お好みで調節してください。
| きむ | ゲノムブラウザ | 11:29 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「画面操作 2」

と屬データパネルです。
オプションを指定しない場合は、Default Displayが表示されます。
今回のファイルは、「CN」フォーマットなので、データタイプは「Copy number」です。データタイプが「Copy number」の場合、デフォルトのオプションは
Default Graph Type :Heatmap
Default Data Range : -1.5 to 1.5
Default Colors : Blue to red
です。
詳細は「IGV Default Display」をご覧ください。downdown
http://www.broadinstitute.org/software/igv/DefaultDisplay

オプションをファイルから指定したい場合は、ファイルにTrack Lineを書き加えます。
詳細は「IGV Track Line」をご覧ください。downdown
http://www.broadinstitute.org/software/igv/TrackLine
| きむ | ゲノムブラウザ | 11:34 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「画面操作」
今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。
先週は、下記URLのCNファイルを、IGVに入力しました。
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/tutorial/gp_fileformats.html
mynah.sorted.cnは、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルでした。

今日は、操作画面を見ます。

.肇薀奪
拡大すると見ている部分が赤枠で表示されます。
▲汽鵐廛襯僖優
ドラッグ&ドロップで順番を変えることもできます。
B粟パネル
「DATA FILE」はファイル名
「DATA TYPE」はデータフォーマット
カラーバー上で静止すると表示されます。サンプルを属性ごとに選択したい時は、カラーバーを選択すると便利です。
ぅ如璽織僖優
データパネルの説明は、次回に持ちこします。

詳細は「IGV Quick Start」をご覧ください。downdown
http://www.broadinstitute.org/software/igv/LoadTutorialData
| きむ | ゲノムブラウザ | 17:12 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「ファイル入力」
今日は、下記URLのサンプルデータをIGVで表示します。
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/tutorial/gp_fileformats.html
CN File Format欄のmynah.sorted.cn(8.55MB)をダウンロードして保存します。
ファイルの中身を見ます。
SNP Chromosome PhysicalPosition MYNAH_p_Affy_plate_9_Mapping250K_Sty_A02_49084 MYNAH_p_Affy_plate_9_Mapping250K_Sty_A04_49116
SNP_A-1909444 1 792429 2.524 2.792
SNP_A-2237149 1 817376 2.104 2.238
SNP_A-4303947 1 819185 2.448 1.472
SNP_A-2236359 1 832343 2.145 1.869
SNP_A-2205441 1 839326 2.197 1.941
SNP_A-2116190 1 1043552 2.464 1.602
縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並んでいます。

step1
igv_win.batをクリックしてIGVを起動します。
step2
メニューバーの「File」をクリックして、「Load from File」を選択します。

Select Filesウィンドウが立ち上がるので、ファイルを選択します。

step3
データが表示されました。


来週に続きます。
| きむ | ゲノムブラウザ | 09:53 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「CNファイル作成」
今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のダウンロード起動について
書きました。

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見てみましょう」です。
フォーマットは、シンプルな「CN File Format」を使用します。
タブ区切りのファイルです。
SNP(tab)Chromosome(tab)PhysicalPosition(tab)Study1(tab)Study2(tab)‥
rs9442372(tab)1(tab)1008567(tab)0.5(tab)0.12(tab)‥
rs6687776 (tab)1(tab)1020428(tab)0.6(tab)0.2(tab)‥
縦にSNP、横に解析結果(SNPごとのP値)を並べます。

詳しくはこちら
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/tutorial/gp_fileformats.html
| きむ | ゲノムブラウザ | 17:49 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「起動」
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)の起動方法についてお話します。

step1
Windowsの場合は、IGV_(バージョン番号)フォルダのigv_win.batをクリックします。cmd.exeが立ち上がり、ステータスバーが表示されます。

step2
十数秒待っていると、IGVのウィンドウが立ち上がります。


うまく起動しない場合は、以下のURLで、Javaのバージョンと、コンピュータで動作しているかを確認しましょう。
http://www.java.com/ja/download/help/testvm.xml

おまけ「ショートカット作成」
IGV_(バージョン番号)フォルダのigv_win.batを右クリックして、「ショートカットの作成」を選択します。赤枠のショートカットをデスクトップに移動しましょう。

これでスムーズに起動できるようになります。
| きむ | ゲノムブラウザ | 09:46 | comments(0) | trackbacks(0) |
IGV「ダウンロード」
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のダウンロード方法についてお話します。

step1
Broad InstituteのIGVページを開きます。
http://www.broadinstitute.org/software/igv/
step2
赤枠の部分から登録して、ダウンロードします。
IGV_(バージョン番号).zipを展開して、任意の場所に配置してください。

step3
Java5.0以上が必要なので、インストールします。
Windowsの場合は、IGV_(バージョン番号)フォルダのigv_win.batをクリックすると起動します。
詳細は、IGV_(バージョン番号)フォルダのreadme.txtをご覧ください。
| きむ | ゲノムブラウザ | 18:48 | comments(0) | trackbacks(0) |
次世代シーケンサーデータ解析サービス
アメリエフ株式会社HPの第二世代シーケンサーのデータ解析受託サービス ページをリニューアルいたしました!!
データ解析のパイプラインや詳細一覧もアップされています。
ご興味をもたれましたら、 まずはお気軽にお問い合わせください。

【お問い合わせはこちらから】
http://amelieff.jp/enquiry/index.html
| きむ | 会社のこと | 14:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
ゲノムブラウザのご紹介「IGV 2」
以前IGVについて、少しだけ紹介しました。
今日からは、GWASの解析結果をIGVで見てみましょうというテーマで書いていきます。
次世代のデータに関しては、おいおい説明させていただくということで・・・
大まかな流れは下記のとおりです。

■IGV(Integrative Genomics Viewer)
IGVをダウンロード
http://www.broadinstitute.org/software/igv/
■Java
Javaをインストール
http://www.java.com/ja/
■入力ファイル作成
使用したフォーマットは「CN File Format」
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/tutorial/gp_fileformats.html
■IGVで表示
| きむ | ゲノムブラウザ | 19:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
生物と無生物のあいだ
今日も本のご紹介です。
私が高校生だったある日、突然本を読みたくて仕方なくなり、手元にあった高校生物の教科書を熟読したことが、生物学に興味を持ったのきっかけでした。
疑問が次から次へとあふれだし、「考えることは面白いんだ」と開眼しました。

以前、中高生に「生物の本なら教科書が面白いよ」と紹介して、きょとんとさせてしまった経験があるので、最近は必ずこの本をお薦めしています。
生物と無生物のあいだ (講談社現代新書)
福岡 伸一 (著)

この本を読んで持った疑問を、ぜひ教科書や生物学辞典で調べてほしいですね。
なにか他にもお薦めの本があれば教えてください♪
| きむ | 書籍の紹介 | 18:18 | comments(0) | trackbacks(0) |
統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析
キムです。
今日は最近しみじみ「買ってよかった!楽しい!」と思った本のご紹介です。

統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析−Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕 [単行本]
樋口 千洋 (著), 石井 一夫 (著)


2007年に発売された本ですが、コマンドも説明も丁寧で、実戦向きの良い本だと思います。
| きむ | 書籍の紹介 | 19:33 | comments(0) | trackbacks(0) |
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