アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
年末年始休業のお知らせ
平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。年末年始の休業および営業日についてお知らせいたします。

【休業期間】
平成22年12月29日から平成23年1月3日まで
【営業開始】
2011年は1月4日(月)より通常営業

年末年始のお問い合わせについては、4日以降に順次対応させていただきます。
ご不便をおかけ致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願いいたします。

また、この一年のご愛顧に心より感謝とお礼を申し上げます。
来年も皆様にとって、すばらしい年になることを社員一同お祈り申し上げます。

アメリエフ株式会社 社員一同

| きむ | 会社のこと | 09:29 | comments(0) | trackbacks(0) |
「QuickGWAS Academic」リリースのお知らせ
ゲノムワイド関連解析ソフト「QuickGWAS Academic」を本日リリースしました。

「QuickGWAS Academic」は、ゲノムワイド関連解析ツールセット「plink」のWindows版GUIインターフェースです。PCにインストールしてご利用いただけます。
ケース・コントロール関連解析、Q-Qプロットとマンハッタンプロット作成を行えます。

教育・研究機関に限り、無償でご提供いたします。
(商用利用の場合はご相談ください。)
今後とも、より良い製品を目指して参りますので、皆さまのご意見・ご感想を頂けましたら幸いです。お問い合わせはこちら。

ダウンロードページはこちらです。「Download」をクリックし、ソフトウェア一覧から、「QuickGWAS_1.0.0.zip」をご選択ください。
| 社長 | QuickGWAS | 13:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー5」
Ion Personal Genome Machine (PGM™) sequencerについて、この場を借りて、簡単にメモしたいと思います。

・原理について
半導体チップ上の各ウェルでシーケンシングが行われる。
ヌクレオチドがポリメラーゼによってDNA鎖に取り込まれる時に、副産物として水素イオンが放出される。PHの変化は、イオンセンサーに感知され電圧に変換される。電圧の変化は、半導体に伝えられ出力される。
わかりやすい図や説明はここで見られます。
downdowndowndown
http://www.iontorrent.com/the-simplest-sequencing-chemistry/

Ion 314 Sequencing Chipについて
スケール:130万ウェル
データ量:10Mb以上
リード長:100base

クローニングはemulsion PCRで行うようです。

【参考】
・Ion Torrent Systems
http://www.iontorrent.com/
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 19:40 | comments(0) | trackbacks(0) |
PLINKの使い方3
昨日に引き続き、SNP統計解析ソフトPLINKの、コマンドのオプションについて書きたいと思います。
閾値に関するオプションを何個か紹介します。

--geno {0.01}
説明:Maximum per-SNP missing
集団において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。
1%以上、遺伝子型が不明なSNPは除外されます。

--mind {0.01}
説明:Maximum per-person missing
個体において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。
1%以上、遺伝子型が不明なサンプルは除外されます。
除外されたサンプルは「.irem」ファイルに記録されます。

ファイル名が
PEDファイル    :study1.ped
MAPファイル    :study1.map
の場合、下記のコマンドでデータチェックできます。
plink --file study1 --geno 0.01 --mind 0.01
閾値を変えて試してみてください。

【参考】
・PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml
| きむ | SNP解析 | 18:26 | comments(0) | trackbacks(0) |
PLINKの使い方2
これまで何回か、SNP統計解析ソフトPLINKについて書きました。
QTL解析2(2番目の記事)
PLINKの使い方1
今日は、コマンドのオプションについて書きたいと思います。
ファイルのinput/outputに関するオプションを何個か紹介します。

1.PEDファイル作成(拡張子「.ped」)
縦にサンプル情報、横にSNPごとのGenotypeが並ぶファイルです。
基本のカラム数は7つです。
1 Family ID
2 Individual ID
3 Paternal ID
4 Maternal ID
5 SEX
6 affection status
7.. Genotype

データや血縁関係が無いサンプルの場合、下記のようにPEDファイルに入力しても動きます。
1 Family ID = サンプル名
2 Individual ID = 1
3 Paternal ID = 0
4 Maternal ID = 0
5 SEX = 0
6 affection status
7.. Genotype

オプションでも対応できます。
--no-fid
説明:PED file does not contain column 1 (family ID)
--no-parents
説明:PED file does not contain columns 3,4 (parents)
--no-sex
説明:PED file does not contain column 5 (sex)
上記の3つのオプションを使う場合、カラム数は3つです。
1 Individual ID
2 affection status
3.. Genotype

2.MAPとPEDの書式を確認
ファイル名は
PEDファイル    :study1.ped
MAPファイル    :study1.map
ということで説明していきます。

PEDファイル(カラム数7つ)の時は
plink --file study1

PEDファイル(カラム数3つ)の時はオプションを付けて、
plink --file study1 --no-fid --no-parents --no-sex --allow-no-sex
他にもいろいろオプションを設定します。

【参考】
・PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml
| きむ | SNP解析 | 19:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー4」
Life Technologies社が、12月14日にIon Personal Genome Machine (PGM™) sequencerの発売を開始しましたね。

製品紹介には、3つのポイントが大きく書いてありました。
・scalability
massively scalable semiconductor technology
・simplicity
natural biochemistry, no optical components
・speed
runs in about two hours, not days or weeks

私が注目しているのは、これまで公表されていなかったlibrary and target selection protocolsです。
折を見て、詳細を見ていきたいと思います。

【参考】
・invitrogen by Life Technologies(プレスリリース)
http://www.lifetechnologies.com/news-gallery/press-releases/2010/life-techologies-lauches-io-pgm-sequecer.html
・iontorrent(製品紹介)
http://www.iontorrent.com/lib/images/PDFs/ion_prod_a_121410.pdf
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 20:54 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー4」
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー」として
PACBIO RSについて少し書きました。
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー1」
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー2」
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー3」

PACBIOのSMRT(Single Molecule Real Time)シーケンシングと同時期に話題になった、Life TechnologiesのQuantum Dot FRETシーケンシングについて触れたいと思います。
Quantum Dotは半導体物質からなるユニークな蛍光物質です。2006年から様々な製品として提供されています。
このInvitrogenのQuantum Dot技術と、VisiGen BiotechnologiesのFRET技術を組み合わせることで、高い精度の1分子シーケンシングを目指しています。
確かに、1分子シーケンシングでネックになる蛍光検出の問題は、CCDカメラの性能向上を目指す方法もありますが、明るく安定した蛍光を用いる方法も取り入れることで、解決の道が開けそうですね。

近いうちに、Quantum Dot FRETシーケンシングシステムの発表があることを期待して、来週おさらいしたいと思います。

【参考】
・invitrogen by Life Technologies
http://www.invitrogen.jp/qdot/products.shtml
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 22:11 | comments(0) | trackbacks(0) |
マネジメント
寒い日が続きますね。
毎年この時期になると「今年やり残したことはなんだろう」と考えます。

ブログを見返しながら、すっかり忘れていた本の存在を思い出しました。
P.F.ドラッカーの「マネジメント」です。
「もしドラ」に影響されて、本家を購入しますとブログで宣言したのが、今年の6月。
「マネジメント - 基本と原則 [エッセンシャル版] 」を購入したのも、今年の6月。

通勤時間が長くなったのは、何かの思し召しかもしれないですね。
明日から、持ち歩く本が一冊増えそうです。
| きむ | 書籍の紹介 | 12:32 | comments(0) | trackbacks(0) |
毎日が勉強ですね
キムです。
今日は、社員全員参加で新聞記事プレゼンテーションを行いました。
日本経済新聞の記事をひとつ選択して、要点と考えを述べます。
ブログを書きながら、
高校時代に新聞に投書したこと(採用されず orz )、
大学時代に新聞記事をスクラップしていたこと(引っ越しでバインダーを紛失 orz )を思い出しました。
今回の目的は、経済動向の適正な把握と、プレゼンテーション能力向上にあります。iPhoneを発表したときのスティーブ・ジョブズさんのような「名演」を目指して(?)、日々鍛錬です。

明日は、理化学研究所オミックス基盤研究領域が主催している
「第5回シーケンサー利用技術講習会イルミナ社 Genome analyzer データ解析編」に行ってきます。
内容もさることながら様々な出会いがあり、とても貴重な場だと思います。
今回の参加申し込みは、10日に終わっているようなのでご注意ください。

【参考】
・第5回シーケンサー利用技術講習会
http://www.osc.riken.jp/event/101216/
| きむ | よもやま話 | 17:06 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー3」
今日は、Ion Torrent SystemsのPostLight sequencing technologyについて紹介したいと思います。

チップは、CMOS(complementary metal-oxide semiconductor:相補型金属酸化膜半導体)という半導体のチップを使用します。
CMOS(シーモスと呼ぶらしい)構造は、メモリやマイクロプロセッサなどにも広く利用されているそうです。電圧駆動型のトランジスタで構成されているので、ヌクレオチドがDNAポリメラーゼに取り込まれる時に放出される水素イオンの情報を電圧に変換して、CMOSに渡すと、信号に変換してくれるということになります。

Iontorrentのホームページでは、
半導体技術とシーケンシング技術の出会いを
Watson meets Moore
と表現していました。
半導体技術の導入は、シーケンシングチップの低コスト化やスループットの増大に大きな恩恵をもたらしてくれるのではないでしょか。

【参考】
・Ion Torrent Systems
http://www.iontorrent.com/
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 20:00 | comments(0) | trackbacks(0) |
引越してから一週間が経ちました
オフィス移転から一週間が経ちました。

水道橋駅周辺も便利でしたが、この浜松町周辺も別の意味で便利です。

オフィスが広くなったので、マグネットや文房具などの小物を補充しようと100円ショップを探したのですが、オフィス周辺には見つからず(探し方が足りないだけかもしれませんが)、週末に自宅近くの100円ショップで購入して、今朝の出勤は大荷物でした。

ドラッグストアも見かけないので、こちらも探し続けたいとおもいます。
| 社長 | よもやま話 | 22:00 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー2」
Ion Torrent Systemsのシーケンサーについて書こうと思います。

ケミカルデータを直接デジタルデータに変換するため、第三世代シーケンサーでは重要な技術であったカメラ/レーザー/スキャンが要らないのです。
そのため第四世代シーケンサーで使われている技術は「PostLight sequencing technology」と呼ばれています。

技術革新により、全ての研究室やクリニックが導入できる価格やサイズを目指すことが出来るようになったそうです。
ちなみに、サイズはデスクトッププリンターと同じくらいで、重さは50poundsおよそ22.7キロだとか。

PostLight sequencing technologyを支えているのは、半導体技術です。
来週、勉強していきたいと思います!

それでは、良い週末を〜

【参考】
・Ion Torrent Systems
http://www.iontorrent.com/
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 20:29 | comments(0) | trackbacks(0) |
分子生物学会に参加してきました
今年も分子生物学会に参加してきました。
昨年は横浜でしたが、今年は神戸でした。(来年は横浜に戻るそうです)

8日に始発の新幹線で神戸入りして、翌朝一番の飛行機で東京に戻ってくるという弾丸ツアーでしたが、非常に実りの大きい出張でした。

セッションよりも、ポスターや企業展示ブースをメインにまわり、懇親会にも参加することができて、お客様である研究者のニーズや直面している課題など、多くの情報を得ることができて、大変勉強になりました。
| 社長 | よもやま話 | 22:00 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー1」
キムです。皆さまこんにちは。
今日は、オフィス家具の搬入やPCの設置などで、
経理のスタッフさんと大わらわでした。

とりあえずは、床に転がっている物はなくなったので、
分子生物学会に出張している山口さんに顔向けできそうです(笑)

昨日まで、第三世代のSingle Molecule Real Time sequencing technologyについて書きました。
明日からは、第四世代のPostLight sequencing technologyについて書きたいと思います。
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 18:13 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー3」
先週、PACBIO RSのSMRT(Single Molecule Real Time)シーケンシングを実現するための3つの技術革新シーケンスオプションについて少し書きました。

彼らは、
・flushing, scanning, washingステップが不要
・PCR増幅が不要
・長いシーケンス長(平均1000base)
・時間短縮(sample preparation:one day, run time:30min)
・使いやすさ(SMRTbell sample preparation protocolはシンプルで早い、タッチスクリーンのインターフェース、標準と互換性の高いデータフォーマット)
・柔軟性と精度(多様なプロトコル、コストとスループットを調節可能、SMRT Cellの数を調節)
・kineticsの測定と評価が可能
を優れている点として挙げています。

カメラの性能向上が課題だと思いますが、技術の進歩は目覚ましいですね。
外気や振動に左右されず安定して性能を発揮できるのか、
またコストはどのくらいまで下がりそうなのかが気になるところです。

【参考】
・Pacific Biosciences
http://www.pacificbiosciences.com/
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 19:05 | comments(0) | trackbacks(0) |
会社移転のお知らせ2
キムです。
今日は朝から、お引っ越しをしました!

個人的には数回引っ越しを経験しましたが、
かつてこんなにスムーズに進んだことはありませんでした!
協力していただいた関係者の皆さま、ありがとうございました。

新しいオフィスは下記のとおりです。
住所:〒105-0022 東京都港区海岸1-7-8
東京都立産業貿易センター浜松町館 6F
電話:03-6809-1462
FAX:03-6809-1463

ホームページやちらしも早急に修正していきたいと思います。
オフィスが広くなり、やる気も満々です。
心機一転がんばりたいと思います。

港区から初のブログ更新でした〜upupup
| きむ | 会社のこと | 18:55 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー2」
昨日から、PACBIO RSについて書いています。
テンプレートとなるSMRTbell libraryは、DNAサンプルの両端でループ状になるアダプターをライゲーションすることで作成されます。シーケンスオプションは下記の通り。

・Standard sequencing
標準的なシーケンシング
長い一本のリード

・Circular consensus sequencing
ぐるぐる循環しながら同じ配列を何度も読むことで、精度がアップ。
複数のリード(forwardとreverse含む)

・Strobe sequencing
レーザーを断続的に照射することで、レーザーによるポリメラーゼへのダメージを抑えることが出来る。長くシーケンシングできので、構造多型の解析に有効。
paired readやmate pairsの様に、リード間の距離情報を推定できるリード

・Combining sequencing modes
複数のテクニックを使用して配列データを作り出せる。

まず、Strobe sequencingでscaffold作成
次に、Standard sequencingで長く読む
最後に、Circular consensus sequencingで変異を確認
という流れの解析に一台で対応できるというわけです。

【参考】
・Pacific Biosciences
http://www.pacificbiosciences.com/
・Strobe sequencing
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/10/1291.abstract
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 09:10 | comments(0) | trackbacks(0) |
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー1」
PACBIO RSは、DNAポリメラーゼを利用することで、リアルタイム一分子シーケンシングを可能にしています。
ホームページに、SMRT(Single Molecule Real Time)シーケンシングを実現するための3つの技術革新について書かれていました。
簡単にまとめてみます。

・The SMRT Cell
シーケンシングは、SMRT Cell上で行われる。
150,000個のZMW(zero-mode waveguide)がSMRT Cellに並んでいる。(同時にモニターできるのは75,000個)
ZMWは、ガラス基板上の金属フィルムに空けられた直径数十ナノメートルの穴であり、底にはDNAポリメラーゼが固定されている。
レーザー(600nm)を照射すると、ガラスを通過して、ZMWに入る。
ZMW内で指数関数的に減衰するため、底面の30nmのみが照らし出される。

・Phospholinked nucleotides
ヌクレオチドではなくリン酸基に蛍光物質を付加している。
DNAポリメラーゼによって、ヌクレオチドがDNA鎖に取り込まれると、リン酸基に付加されていた蛍光物質は解き放たれる。

・The PacBio RS
大きな開口数の対物レンズと単一光子が検出可能な4つの高感度カメラを備えている。蛍光を検出して、リアルタイムで塩基配列データに変換する。

こうした技術の組み合わせにより、ヌクレオチドが取り込まれる瞬間の蛍光を観測することに成功したんですね。
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 20:21 | comments(0) | trackbacks(0) |
会社移転のお知らせ
2010年12月6日(月)に、弊社オフィスが移転します。

移転先は浜松町駅近くです。
詳細は後ほどアナウンスさせていただきます。
| 社長 | 会社のこと | 12:00 | comments(0) | trackbacks(0) |
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