アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
【勉強会のお知らせ】SNP解析の実務
アメリエフ株式会社の山口です。
梅雨が明けて暑い日が続きますが、みなさんいかがお過ごしでしょうか。

8月21日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご連絡です。

今回のテーマは、ブログでの反響が大きかった「SNP解析の実務」です。
私が講師を務めさせていただきます。
GWAS(ゲノムワイド関連解析)、
CNV(Copy Number Variation)、
ハプロタイプ(Haplotype)、
QTL(Quantitative Trait Locus、およびExpressionQTL)

の解析を扱います。

使用ツールは以下の3つです。

PLINK:GWAS解析パッケージ
HaploView:ハプロタイプ解析ツール
PennCNV:CNV解析ツール

必要に応じて、統計解析パッケージ「R」も加えます。

              記
日時: 2010年8月21日(土) 15時〜17時
場所:文京区シビックセンター5階 区民会議室B
地図:文京シビックセンター・案内図
定員:20名
予算:お一人500円

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
基本的にはLinux上での操作になります。
VMwareで、ノートPC上にLinux環境を構築してのご説明になります。


また、勉強会後に懇親会も開きたいとおもいます。
こちらのブログの読者様は懇親会のみの参加も大歓迎です!
予算は4000円〜5000円です。


どちらかの参加、もしくは両方の参加をご希望の方は、
できるだけ8/13(金)までに、こちらのフォームへご連絡をお願いいたします。

勉強会(15時〜17時)   ○
飲み会(17時半〜)    ○


ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くコメントいただけましたら幸いです。
| 社長 | 勉強会 | 10:21 | comments(0) | trackbacks(0) |
第2世代シーケンサー
7/14(水)・15(木)と弊社のキムが、アプライドバイオシステムズの第2世代シーケンサーである「SOLiD」の講習会に参加させていただきました。

SOLiDの詳細

詳細は上記リンクや他の資料をご参照いただくとして、他の第2世代シーケンサーと比べてリード長が短い(50bp)反面、安価に大量にシーケンシングすることができるので、「De Novo」や「ターゲットシーケンシング」に適していることや、ChIP-Seqやメチル化などエピゲノム解析にも利用できるなど、幅広い場面で適用できるシステムであることが理解できました。

一次・二次解析(配列のアライメント等)は付属やフリーのソフトでできますが、その次の遺伝子ごとに変位をカウントするなど、独自の解析には弊社のようなバイオインフォマティクスの専門家が必要であることに確信を持ちました。

やはり、民間企業によるバイオインフォマティクスは益々 必要&重要になってきています。
| 社長 | バイオインフォマティクス | 14:05 | comments(0) | trackbacks(0) |
BioExpo2010に来ています
お台場のビッグサイトで開催されているBioExpo2010に来ています。
今年で3年連続での参加になります。

最先端のサービスや機器が展示されているので大変勉強になります。
学会はアカデミックが主ですが、展示会はビジネス面がメインになるので、大変刺激になります。
| 社長 | よもやま話 | 15:12 | comments(0) | trackbacks(0) |
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