アメリエフのブログ

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fastaの折り返し位置を変える
東京はすっかり夏の日差しです。
夏好きとしては今年も夏が来るのは嬉しいのですが、無防備に紫外線を浴び続けたつけが着実に肌に出てきています。いい美白ケア法がないか気になる今日この頃です。

fastaフォーマットの配列行は一般的に80文字未満で折り返すのがお作法のようですが、折り返す長さを変えたい場合もあると思います。

FastX-toolkitのfasta_formatterを使うと、折り返す長さを変えることができます。

例えばこのようなfastaがあったとして、


以下のコマンドで、80文字で折り返したfastaを作ることができます(-wに折り返す文字数を指定します)。
$ fasta_formatter -i IN.fa -o OUT.fa -w 80


-w 0とすると折り返しなし(ID行と配列行が1行ずつの繰り返し)となり、スクリプト等で処理しやすいファイルが作れます。

お肌の曲がり角もコマンド一発で折り返しなしにできたらいいですね!
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 15:32 | comments(0) | - |









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