アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
<< 事例紹介ページが更新されました | main | RSQLite依存パッケージインストールのエラーについて >>
ReactomePAを使ってみた
パスウェイデータベースReactomeをRから操作できるBioconductorパッケージ、ReactomePAを使ってみました。

インストール
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("ReactomePA")

テスト実行
> library(ReactomePA)
> library(DOSE)
> data(geneList)
> de <- names(geneList)[abs(geneList)>1]
> require(ReactomePA)
> x <- enrichPathway(gene=de, pvalueCutoff=0.05, readable=T)
> barplot(x, showCategory=8)
遺伝子のパスウェイ解析をする時に便利そうです。
| hat | バイオインフォマティクス | 17:23 | comments(0) | - |









   1234
567891011
12131415161718
19202122232425
262728293031 
<< March 2017 >>

このページの先頭へ