アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
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SAM/BAMのフラグの意味を教えてくれるサイト
SAM/BAMのFLAG列には、そのリードまたはペアとなるリードの
マッピング状態に関する情報がビットの和で示されています。

例えばあるリードがFLAG=12だった場合、12は2進数で1100となり、
SAM Specによると「マップされなかったリード」は0x4で
「相方がマップされなかったリード」は0x8ですので、
「自分も相方もマップされなかったリード」であることがわかります。

仕事中、FLAGの意味を確認したいことがしばしばあるのですが、
この「FLAGを2進数変換して解釈する」ステップが地味に面倒くさく
感じていました。

この件に関して、いつも頼りにさせていただいている
NGS Surfer's Wikiに、非常に便利なサイトの紹介があるのを見つけました。
SAMのFLAGを入力すると意味を教えてくれるサービス

http://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html


FLAGの値を入力すると、どこのビットが立っていて
どういう意味かを教えてくれます。これは便利!
ブックマークに入れておくと重宝しそうです。


※NGS Surfer's Wiki「SAM・BAMのマルチヒットの扱い」で紹介されているものと同じサービスですが、2014/11/10時点では上記のURLになっているようです。
| hat | バイオインフォマティクス | 15:06 | comments(0) | - |









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