アメリエフのブログ

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CircosでSelfChainを描く(2)
CircosでSelfChainを描く(1)のつづきです。

手順
(1)データファイル用意
(2)設定ファイル作成
(3)Circos実行


今回は「(2)設定ファイル作成」を行います。
以下のような内容のtest.confという名前のファイルを作成します。


<<include colors_fonts_patterns.conf>>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

karyotype = karyotype.human.txt

<ideogram>
<spacing>
default = 30u
<pairwise /hs/ /hs/ >
spacing = 0.5r
</pairwise>
</spacing>
thickness = 25p
stroke_thickness = 1
stroke_color = black
fill = yes
fill_color = black
radius = 0.3r
show_label = yes
label_font = default
label_radius = dims(ideogram,radius_outer) + 10p
label_size = 28p
band_stroke_thickness = 0
band_stroke_color= black
band_transparency= 4
</ideogram>

<links>
radius = 0.7r
crest = 0.5
thickness = 1
color = red
bezier_radius = 0r
bezier_radius_purity = 0.3
<link>
file = data.txt
<rules>
<rule>
condition = var(intrachr)
color = blue
radius = 0.7r
bezier_radius = 1.7r
</rule>
</rules>
</link>
</links>

<<include etc/housekeeping.conf>>


以下のような設定を行っています。

1. 外円にヒトの染色体領域を描画する。
2. その内側にSelfChainのデータファイルを読み込んで描画する。
_a. 同一染色体上の関係は青線で外側に描画する。
_b. 異なる染色体間の関係は赤線で内側に描画する。


詳しい説明はCircosのチュートリアルをご覧ください。

次回は描画を行います。
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