アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
<< 変異の絞り込み 【6】 遺伝型による絞り込み | main | 変異の絞り込み 【7】 罹患同胞を用いた絞り込み >>
Circosを使ってみよう
構造変異の論文などでよく見かけるこのような図は
Circosというソフトウェアで描くことができます。

Circosのサイトより

◆Circosのインストール
http://circos.ca/software/download/circos/から適当なバージョンのアーカイブをダウンロードして解凍します。

◆Circosに必要なPerlモジュールのインストール
解凍してできたcircos-0.xxディレクトリ下のbinディレクトリに
チェック用のスクリプトが用意されています。

・必要なPerlモジュール一覧を確認する
$ ./list.modules

・それらのモジュールがインストールされているかどうか確認する
$ ./test.modules

→足りないモジュールをCPANなどでインストールします。
私の環境では、CPANで force install でないとインストールできないモジュールがいくつかありました
また、先にyumでgd-develを入れておかないとGDがインストールできませんでした

◆Circosの実行
circos-0.xxディレクトリ下のexampleディレクトリに移動します。
プログラムについてきたテストデータと設定ファイルで、
Circosを実行してみました。

$ ../bin/circos -conf etc/circos.conf -outputfile mycircos.png

結果画像はPNG形式とSVG形式で出力されます。
実行ディレクトリにmycircos.png、mycircos.svgという名前で
このような画像ファイルが生成されました。


クリックで拡大します

CircosのWebサイトのサンプルページを見ていると、様々な図が
描けるようです。これは使いこなせるようになっておきたいですね。
| hat | バイオインフォマティクス | 15:08 | comments(0) | - |









   1234
567891011
12131415161718
19202122232425
262728293031 
<< March 2017 >>

このページの先頭へ