アメリエフのブログ

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NGSの「顔」
チャーノフの顔グラフは、多次元のデータを「顔」のパーツの大きさや配置にあてはめて視覚的に示す手法です。

群馬大・青木繁伸先生が公開されている、Rによるチャーノフの顔グラフ描画プログラムを使って、次世代シーケンサーの「顔」を描いてみました。

この論文のTable1から、Illumina MiSeq、Ion Torrent PGM、PacBio RS、Illumina GAIIx、Illumina HiSeq2000について以下の8つの値を入力しました。

・Instrument Cost(K$)
・Sequence yield per run(Gb)
・Sequencing cost per Gb($)
・Run Time(hour)
・Observed Raw Error Rate(%)
・Read length(bp)
・Paired reads(0:No,1:Yes)
・Insert size(bp)

顔グラフには変数が18個必要なのですが、8個しか用意できなかったため、残りの10変数はすべて0としました。

描画結果です!(クリックで大きくなります)


作為的なことはしていないのですが、さすがライバル、IonPGMとPacBioがにらみ合う構図になりました。脇でMiSeqが心配しています。

GAIIがニコニコしてかわいいです。Illumina3兄弟は共通点が多いと思っていたのですが、意外と似なかったです。

変数を増やしたら全然違う結果になると思います。ご興味のある方はぜひお試しください。
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 12:20 | comments(0) | trackbacks(0) |









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