アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
<< 1000 人ゲノムプロジェクトJPT データの活用 | main | これ、なんて読みますか >>
Rでアノテーション付け
tokunagaです。

これまでにVCFtoolsを使ったVCFファイルの加工や比較の方法をご紹介しました。
VCFtools
VCFtools
今回はVCFファイルに関するRパッケージをご紹介いたします。

VariantAnnotation

Bioconductorのパッケージです。
VCFフォーマットのファイルを入力することができ、変異の概要やアミノ酸の変化、またはSIFTやPolypenスコアなどのアノテーション情報を見ることができます。
マニュアルには比較的分かりやすい使用手順が記載されています。

機会がありましたらまた詳しい情報を載せたいと思います。

まだR初心者ですが、Rには色んな便利なパッケージがありますので、しっかり勉強してご紹介いていきたいと思っております。
| tokunaga | バイオインフォマティクス | 07:50 | comments(0) | trackbacks(0) |









http://blog.amelieff.jp/trackback/194943
   1234
567891011
12131415161718
19202122232425
262728293031 
<< March 2017 >>

このページの先頭へ