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Galaxy の紹介 その3
こんにちは。detです。

本日は先日ご紹介したGalaxyに関する記事の続きです。

Galaxyは、基本的には、公開のパブリックサーバーにジョブを投げて利用することになります。しかし、重いデータや、外部に出したくないデータを解析したいこともあるでしょう。特に次世代シーケンサーから得られる出力は膨大になりがちです。
解決策として、Galaxyを自分の手元にあるローカルなサーバーにインストールして使うことができます。

Galaxyの動作メカニズムを簡単に説明します。まずユーザーがデータをGalaxyサーバーに投げると、apacheやnginx等のwwwサーバー(proxy)がそのデータをGalaxy本体へ渡します。GalaxyはそれらのデータをMySQLやPostgreSQLなどのSQLデータベースで保管し、適宜データを取り出しながらジョブを実行します。
つまり、Galaxy本体のインストールとは別に、SQLサーバーとproxyのインストールが必要になってきます。
(このあたりの概要はこちらの資料をご参照ください)

Galaxyの開発者はSQLサーバーにはPostgreSQL、proxyにはnginxを用いることをお勧めしているため、これらの組み合わせでGalaxyのローカル環境を構築するのが、安定稼働への近道でしょう。

Galaxy Wiki 内の以下のページにローカルへのインストール方法について詳しく載っています。これらを参考にGalaxyサーバーを構築することができます。

・Galaxyの入手と起動まで
・詳細設定について

構築途中に上手くいかず困ったときは、Galaxyのメーリングリストで質問するか、過去の質問を検索するとヒントが得られるかもしれません。
| deda | バイオインフォマティクス | 11:28 | comments(0) | trackbacks(0) |









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