アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
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QCの道 その5
こんにちは。detです。
今日は前回のQCの道 その4の続きです。

FASTX-Toolkitが持つ機能について、引き続き紹介いたします。

・fastx_artifacts_filter
FASTA/Q の各リードにおいて、塩基が特定の種類に偏っている場合にそのリードを除去してくれます。他の塩基を四個以上含んでいる場合は、許容されます。

【optionの説明】
-h: ヘルプを表示します。
-z: 出力をgzip形式で圧縮します。
-i: 入力ファイルを指定します。
-o: 出力ファイルを指定します。指定しない場合は標準出力に出力されます。
-v: 処理前後でのリード数などを出力してくれます。

【実行例: 塩基の偏りをチェック】
$ fastx_artifacts_filter -v -i test.fastq -o out.fastq -Q 33


・fasta_nucleotide_changer
FASTA/FASTQ ファイルの、U塩基をT塩基へ、もしくはT塩基をU塩基へ置換してくれるツールです。出力は全てFASTA形式へ変換されます。

【optionの説明】
-h: ヘルプを表示します。
-r: T塩基をU塩基へ置換します。
-d: U塩基をT塩基へ置換します。
-z: 出力をgzip形式で圧縮します。
-i: 入力ファイルを指定します。
-o: 出力ファイルを指定します。指定しない場合は標準出力に出力されます。

【実行例: T塩基からU塩基へ置換】
$ fasta_nucleotide_changer -d -i test.fastq -o out.fastq -Q 33

それでは、また次回に。


---これまでの記事へのリンク---
QCの道 その1
QCの道 その2
QCの道 その3
QCの道 その4
| deda | バイオインフォマティクス | 09:37 | comments(1) | trackbacks(0) |
2012年7月18日に一部内容を修正しました。
| det | 2012/07/18 7:51 PM |









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