アメリエフのブログ

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意外と知らない?FastQCの便利オプション
hatです。

次世代シーケンシングデータのQCツールとして、一番使われているのがFastQCだと思います。

FastQCは非常に高機能なツールなのですが、「ポジションごとのクオリティスコア分布図」で、ポジション10bp以降の領域がグループ化されてしまうのだけが残念だと思っていました。
100bpくらいのリードだと、リードの後ろのほうでどのくらいクオリティが低下するかディテールが見えづらくなってしまうのです。

ところが、今日FastQCのUsageを見ていて、FastQCに--nogroup オプションを付けて実行すると、グループ化を無効にできることを知りました。


このオプションは実は結構前(Version 0.9.1)から実装されていたようです。

今日の教訓:
使い慣れていると思っているツールこそ、Usageをよく読もう。


もしかしたら世間では常識かもしれないのですが、社内で最初にこれを発見したのが嬉しくて、ドヤ顔しています。
| hat | 次世代シーケンサー解析 | 17:55 | comments(0) | trackbacks(0) |









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