アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
<< VCF format | main | VCF format >>
VCF format

どうもakbです。
VCF formatの連載二日目です。

今日は、INFOカラムのIDとFORMATのIDの説明をします。

まずは、INFOカラムの説明です。

(例)





(例)


FORMATの"GT"はGenotypeの略で
0:reference 1:alternate(sample1)のように数字に意味を持たせており、
0/0,0/1,1/1はそれぞれREFのホモ、REFとALTのヘテロ、ALTのホモを示します。
REF = A ALT = G  GT = 0/1

これは、GenotypeがAGのヘテロであることを表しています。

次回は、FORMATの"PL"について説明しようと思います。
| akb | 次世代シーケンサー解析 | 18:07 | comments(0) | trackbacks(0) |









http://blog.amelieff.jp/trackback/177929
   1234
567891011
12131415161718
19202122232425
262728293031 
<< March 2017 >>

このページの先頭へ