アメリエフのブログ

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プライマー設計ツール -Primer3-
今日は、プライマー設計のお話です。

PCRでDNAを増幅させるとき、プライマーが必要ですね。

私は、
ターゲットとなる配列を眺めながら、
塩基の偏りがなさそうな領域を見つけ出し、
反復配列や相補的配列に気を配りながら、
GC含量やTmを計算して、
おっと!3'末端がTなのはよろしくないなぁ・・
なんて言いながら設計をしていました。

10セットのプライマーを作ろうとするだけでも結構な時間がかかりました。


そこで、フリーのプライマー設計ツールを探したところ、
ゲノム解析リンク集に行きつきました。

その中でも、よく耳にするPrimer3
プライマー設計のお手伝いしてもらいましょう。

まず、web上で試してみます。



1.配列を入力
ターゲットの配列だけでなく前後の配列も入力します。

2.Targetsを入力
「ターゲットの配列は、さっき入力した配列の81番目の塩基から100塩基分なんです」
というときは、"81, 100"と入力します。
つまり、"スタートの位置, 長さ"ですね。

3.Pick Primersをクリック
結果が表示されます。
プライマーの基本情報はもちろん、
プライマー間の距離(Product Size)も表示されます。

Number To Returnで表示させるプライマーの数も増やせそうです。
いろいろな条件を設定できますね。


次に、コマンドラインでも試してみます。

ソースコードが公開されているのでダウンロードして、
READMEを読んだら、さっそく使ってみましょう。
Linuxを使用しています。

$ primer3
PRIMER_SEQUENCE_ID=123
SEQUENCE=GAACTTGG(省略)AAG
TARGET=81,100
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-260
PRIMER_MIN_SIZE=18
PRIMER_MAX_SIZE=24
PRIMER_MIN_TM=59
PRIMER_MAX_TM=61
PRIMER_NUM_RETURN=2
=


Enter keyを押すとあっというまに結果が表示されました。

条件を増やしたりきつくするには、
前後の配列を広くとる必要がありそうです。

次回に続きます♪


【参考】
・ゲノム解析リンク集
http://www-btls.jst.go.jp/Links/

・Primer3
http://primer3.sourceforge.net/

| きむ | プライマー設計 | 10:30 | comments(0) | trackbacks(0) |









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