アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
grepのこんなオプション
grepでは検索にヒットした行の前後の行を併せて表示することができます。

このようなファイルがあった場合に
Humpty Dumpty sat on a wall,
Humpty Dumpty had a great fall.
All the King's horses, And all the King's men
Couldn't put Humpty together again!


$ grep -B 1 'King' file を実行すると以下の結果が得られ、
Humpty Dumpty had a great fall.
All the King's horses, And all the King's men


$ grep -A 1 'King' file を実行すると以下の結果が得られます。
All the King's horses, And all the King's men
Couldn't put Humpty together again!


例えば、fastqファイルをIDで検索して塩基配列も同時に見たりするときに便利です。
AfterのAとBeforeのBと覚えると覚えやすそうです。

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