アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
ソフトウェア結果比較【BAMソート編・1】
NGS解析では、同じ処理を行うのにいくつものソフトウェアがあって、どれを使ったらいいのか迷うことがあります。

例えばBAMファイルをゲノムポジションでソートする場合、以下の選択肢があります。
1. samtools sortを使う
2. picard toolsのSortSam.jarを使う

同じBAMファイルを異なるソフトウェアでソートしても、結果は同じになるのでしょうか?

テストデータとして、NCBI SRAのSRR077861の先頭1000リードをhg19にBWAでマッピングした結果のBAMを使いました。

・テストデータ
sample.bam(222,146 bytes)


【samtools sortでソート】
・実行コマンド
samtools sort sample.bam sort_samt

・結果BAM
sort_samt.bam(219,312 bytes)


【SortSam.jarでソート】
・実行コマンド
java -jar /usr/local/src/java/picard-tools-1.75/SortSam.jar I=sample.bam O=sort_pica.bam SO=coordinate

・結果BAM
sort_pica.bam(221,293 bytes)


結果BAMが異なりました!
いったいどこが異なるのでしょうか。

比較結果は次回で。
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MacBookにUbuntu
自宅のMacBookにUbuntuを入れてみました。

既存のOSXを再インストールする必要もなく、あっけないくらい簡単でした。

手こずったのは最初家のWifiを認識しなかったことくらいですが、有線LANにつないでapt-getでアップデートしたらつながるようになりました。

手順はこんな感じです。

1. Ubuntuを入れるためにディスクを空けます。
「ディスクユーティリティ」で現在OSXが入っているパーティションのサイズを小さくし、40GBくらい空けました。

2. OSX上にブートマネージャ「rEFIt」をインストールします。
http://refit.sourceforge.net/

3. Ubuntuをインストールします。
Ubuntuのブータブルディスクから起動してインストールします。私はパソコン雑誌についてきたDVDを使いました。

Ubuntuはマウスをアイコンでクリックするだけでいろいろとできてしまうので、Linux食わず嫌いの方にもぜひお試しいただきたいなあと思いました。
たまに面倒くさい処理をしたい時にだけコマンドを使っていただいて、その便利さを感じていただければと思います。

Ubuntuはディスクから起動することも、VirtualBox上で動かすこともできますので(仮想ハードディスクイメージが公開されています)、それならアプリケーションを一つ入れる感覚で、もっとお手軽ですね。
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