アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
Galaxy の紹介 その2
こんにちは。detです。

本日は以前ご紹介したGalaxyに関する記事の続きです。

先月下旬にシカゴでGalaxyに関する国際会議(GCC2012)が開かれました。全世界から数百人の参加者が集まり、活発なディスカッションが繰り広げられたようです。次世代シーケンサーの登場による、解析基盤としてのGalaxyの盛り上がりは今後ますますホットになっていくと思います。

この国際会議の前日にはGalaxyのトレーニングワークショップ(WS)が開催されました。本日は、この中から最も初心者向けのWSと思われるWS2: Introduction to Galaxy の内容をご紹介したかったのですが、残念ながらまだ当日のスライドが公開されていません。

そこで、本日は、GCC2012関連のスライドではありませんが、Galaxyを用いたNGSデータ解析に関する資料をご紹介したいと思います。

まずは、こちらの資料。Galaxyの概要について大まかに知ることができます。次に、Galaxyを用いたNGSデータ解析の資料。この資料では、以下のデータ解析項目についてGalaxyの画面キャプチャを豊富に取り入れながら紹介しています。(これらの資料が開けない場合は時間をおいて試してみてください。)

・Prepare, Quality Check and Manipulate FASTQ reads
・Mapping
・SAMTools
・SNP & INDEL analysis
・Peak Calling / ChIP-seq
・RNA-seq analysis

Galaxyを利用することで、Linuxに関する知識がなくてもこれらのNGSデータ解析が可能になります。非常に便利なツールと言えるでしょう。

次回もGalaxyについて紹介していきたいと思います。
今日はこのくらいで。detでした。
| deda | バイオインフォマティクス | 10:57 | comments(0) | trackbacks(0) |
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