アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
Galaxy の紹介 その1
こんにちは。detです。

本日はゲノムデータ解析インターフェイスツールであるGalaxyをご紹介したいと思います。



Galaxyはペンシルベニア州立大学のNekrutenko labとエモリー大学のTaylor labの共同で開発されているシステムであり、ウェブ上で利用できます。このGalaxyは様々なフリーのツールを内包しており、例えば raw data のクオリティコントロールから、bwaやbowtieでのマッピング、samtoolsやGATKを用いたSNV/InDel検出、MACSを用いたピーク検出などをGUIで利用することができます。
Linuxのコマンドラインに親しみが薄い方にも敷居の低い、便利なシステムと言えるでしょう。

また、このGalaxyはスタンドアロン版もあるため、自分の手元にあるサーバー上で動かすこともできます。そのため、外部に出せないデータやアップロードするには大きすぎるデータの解析も可能です。

Galaxyはチュートリアルが非常に充実しており(沢山あって困ってしまうぐらい)それらを有効利用することで誰でも解析が出来るように工夫されています。

今日は、Galaxyビギナー向けのチュートリアルを一つご紹介します。それは、Galaxyページ内のGalaxy 101というチュートリアルです。このチュートリアルでは初歩的(基本的)なGalaxyの使い方を学ぶことができます。このチュートリアルは動画でも見ることができます。

今後Galaxyについては、少しずつこのブログで紹介していきたいと思っています。
| deda | バイオインフォマティクス | 15:18 | comments(0) | trackbacks(0) |
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