アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー2」
昨日から、PACBIO RSについて書いています。
テンプレートとなるSMRTbell libraryは、DNAサンプルの両端でループ状になるアダプターをライゲーションすることで作成されます。シーケンスオプションは下記の通り。

・Standard sequencing
標準的なシーケンシング
長い一本のリード

・Circular consensus sequencing
ぐるぐる循環しながら同じ配列を何度も読むことで、精度がアップ。
複数のリード(forwardとreverse含む)

・Strobe sequencing
レーザーを断続的に照射することで、レーザーによるポリメラーゼへのダメージを抑えることが出来る。長くシーケンシングできので、構造多型の解析に有効。
paired readやmate pairsの様に、リード間の距離情報を推定できるリード

・Combining sequencing modes
複数のテクニックを使用して配列データを作り出せる。

まず、Strobe sequencingでscaffold作成
次に、Standard sequencingで長く読む
最後に、Circular consensus sequencingで変異を確認
という流れの解析に一台で対応できるというわけです。

【参考】
・Pacific Biosciences
http://www.pacificbiosciences.com/
・Strobe sequencing
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/10/1291.abstract
| きむ | 次世代シーケンサー解析 | 09:10 | comments(0) | trackbacks(0) |
   1234
567891011
12131415161718
19202122232425
262728293031 
<< December 2010 >>

このページの先頭へ