アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
遺伝子検査
内輪事ですが、弊社では今月、健康診断があります。私にとっては、社会人になって初めての健康診断です。世間的にはまだ健康を気にするような歳ではありませんが、日ごろの生活習慣を見つめなおす良い機会だと思っています。

さらに私事ですが、数か月前にアメリカで23andMeの遺伝子検査を受けました。サンプル採取キットの送料込みで$99でした。手間もかからず、Webで申込み→キットが送られてくる→唾液採取→送り返す→結果はWebでっ!という簡単な工程でした。

検査結果は、祖先のルーツや身体的特徴、健康リスクなどがレポートされていました。私の場合、琉球・アイヌ民族のルーツや、髪質・アルコール分解酵素の有無などの表現型が合致していて驚きました。健康リスクの結果についても、現在父親が悩まされている症状の発症リスクを私自身も持っていたり…と、まあまあリアルでまあまあショックな結果でした。。薄毛ではないです!

結果を100%鵜呑みにするわけではありませんが、自称健康オタクの私としては、今後の健康オタク活動方針のヒントを得られただけで、非常に大きな収穫でした。具体的には、サプリメントを選ぶときの参考にしました。

1万円以内で遺伝子検査ができる23andMeのサービスは、残念ながら日本での受注を行っていませんが、いくつか代行業者があるみたいです。
| heshi | バイオ | 15:40 | comments(0) | - |
人間の遺伝子操作(映画紹介)
前回のドラマ紹介に引き続き、今回は映画を紹介させていただきます。2作品とも、人間の遺伝子操作を題材にしたSF映画です。

まず、いわずと知れた名作「GATTACA(1997年、邦題:ガタカ)」です。出生前の遺伝子操作により遺伝的にあらゆる面で優秀な「適正者」と、自然に生まれた「不適正者」が混在する近未来的なストーリーです。「不適正者」である主人公は宇宙飛行士を夢見ますが、宇宙飛行士になれる資格は、遺伝的に優秀な「適正者」にしか与えられていません。そんな厳しい社会的差別の中、主人公は生体偽装(もちろん違法)によって宇宙開発の研究所へ入社し、「不適正者」としての正体を隠しながら、宇宙飛行士を目指します。が…
将来的にありえなくもないストーリー設定ですよね。差別や劣等感に苦しむ不適正者像だけでなく、過度の期待に追いつめられてしまった適正者像も丁寧に描かれています。
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「Splice(2011年、邦題:スプライス)」は、キメラを題材にした映画です。ある研究者カップルが、人間の遺伝子と複数の動物の遺伝子を組み合わせ、実験的にキメラを作り出し、ドレンと名付けます。その姿に愛情を持ってしまった二人は、同僚や上司に黙って世話を続けますが、ドレンは急速に、そして凶暴に育ちます。最終的に二人の手に負えなくなるほどに成長したドレンは、親代わりである二人を…((( ;゚д゚)))アワワワ…という若干ホラー要素を含む内容です。衝撃的な結末です。。
遺伝子工学の入り口において、誰もが、キメラへの好奇心を一度は持つことと思いますが、この映画は、遺伝子組み換えによって新しい動物種を作り出す行為の代償を考えさせてくれます。線引きが難しいですが、この映画のドレンのように人間らしい感情を持っていたら怖いです。
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ぜひ吹き替えなし・英語字幕でご覧になり、ご自身の英語学習にお役立てください。
| heshi | バイオ | 15:05 | comments(0) | - |
ドラマで英語学習
弊社代表からビジネスのちょっとした講義を受けた際に、自社の強みを見つけて同業他社との差別化を図る、というマーケティング戦略を学びました。私も、今のところは留学経験を自分の強みにして、個人レベルでの差別化を意識し、会社の成長とお客様の研究活動に貢献できるように努めていきたいです。ブログの内容も、技術的な内容をお伝えできるようになるまでは、英語学習や留学などの話題を中心に書いていこうと思います。

さっそくですが、私の英語学習方法を紹介させていただきます。
吹き替えなし・英語字幕ありで海外ドラマを鑑賞することです。ドラマを楽しみながらリーディングもリスニングも同時に訓練できます。ついでに台詞を復唱するとスピーキングの練習にもなります。なんと一石鳥です!息抜きの時間も無駄にしたくない、という忙しい方にうってつけの方法です。

バイオ系研究者におすすめなTVシリーズは、科学捜査班をフィーチャーした「CSI」です。我が国が誇る「科○研の女」のレベルを遥かに超える大作です。ラスベガス・ニューヨーク・マイアミを舞台にした3シリーズが同時進行しています。作中では、アメリカの大都会の街並みも楽しめます。

また、カナダの「Re:Genesis」はバイオ系科学者が主人公です。バイオテクノロジー研究機関の研究者グループが、バイオテロや伝染病、遺伝子操作の問題と対峙するストーリーです。若干古いのが残念ですが(2004-2008)、我々が日ごろから使う専門用語が多いので、英語でも親しみやすい作品だと思います。作中にはバイオインフォマティシャンの女性も登場します。

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ちなみにアメリカでは、数年前になぜかヴァンパイアとヒトのラブストーリーが流行り、それを題材にした映画・ドラマが、5作品ほど同時に制作されていました。今のLuxのTVCMに出演している美人さんは、その作品の一つである「Vampire Diaries」というドラマのヒロインです。

次回は、遺伝子操作を題材にした映画を紹介しようと思っています。
| heshi | バイオ | 14:54 | comments(0) | - |
アメリカ人類遺伝学会に来ています
山口です。

米国サンフランシスコで開催されている、
アメリカ人類遺伝学会(ASHG)に参加しています。

特にブースなどを出展したり、発表があるわけではありませんが、
勉強のために来ています。

初めての参加でしたが、約7000人の参加者があるそうで、
日本の人類遺伝学会とは1桁規模が大きいので、驚くことばかりです。

研究発表も、SNPによるGWASはもちろん、
半分以上がWhole Exome Sequence (WES)やWhole Genome Sequence (WGS)になっていて、
研究規模の大きさや発展スピードの速さが目立ちます。

「我々もがんばらなければ!」と奮い立っています。

山口

ASHG 52nd Annual Conference
| 社長 | バイオ | 18:14 | comments(0) | trackbacks(0) |
ENCODE勉強会
先月、ENCODEプロジェクトから約30報の論文が発表されました。

これを個人で全部読むのは大変だということで、東大の尾崎さんが音頭をとってくださった「皆で集まってENCODE論文を一気に輪読する会」に参加してきました。

東京会場・大阪会場・仙台会場をPolycomでつなぎ、発表は各自10分、質疑応答はTwitterで行うという流れで、テンポよく大量の論文のエッセンスを知ることができ、非常に有益な会でした。

内容は、Non-coding領域に関するものが多かったです。

Non-coding RNAは、以前「宝の山だ」と大フィーチャーされた後、少しブームが沈静気味だった印象があるのですが、次世代シーケンサーで安価に大量にデータが取得できるようになったことで、また研究が加速してきているように思います。
RNA-SeqとChIP-Seq、RNA-SeqとCAGEを併用するなどの合わせ技を使うことが多いようです。

Regulatory elementのSNPを集めたRegulomeDBも公開されました。
コーディング領域以外も解析対象とするなら、dbSNPだけではなく、このようなデータも使っていく必要がありますね。
| hat | バイオ | 16:48 | comments(0) | trackbacks(0) |
データをDNAへ変換!?
tokunagaです。
本日は気になるニュースを財経新聞で見つけましたのでご紹介いたします。
DNAを記録メディアにする試み

そしてDNAの記録メディア化を実践したハーバード大学のGeorge Church氏らの論文も見つけました。
Next-Generation Digital Information Storage in DNA

配列情報をデジタルに変換したデータを私たちはよく扱っていますが、
これはその逆ですね。非常に面白いアイディアです!
生成される”丈夫なDNA”というのがどこまで丈夫なのか気になるところではありますが、シンプルで小さい上に莫大な情報を入れられるので優れた記録媒体になるかもしれません。そして実践した結果も上々のようなので、近い将来使われるようになるのかもしれませんね。

もしそうなれば、将来シーケンサーも大活躍しそうですね!
| tokunaga | バイオ | 21:14 | comments(0) | trackbacks(0) |
「遺伝子組み換えアスリート」
tokunagaです。

最近はオリンピックや甲子園があり、選手たちが観客に多くの感動を与えてくれまていますね。
そんな中、アスリートに関するこんなニュースを見つけました。

アングル:金メダルか死か、「遺伝子組み換えアスリート」の実現性

遺伝子のドーピングとは驚きです。

2004年に「マラソンマウス」と呼ばれる通常の個体の2倍走ることが出来るマウスは誕生していますが、サルを対象にした実験では命を落とすリスクが高いことが示唆されてるようです。
しかし、世界レベルの選手の中には命への危険があろうと、遺伝子ドーピングで金メダルが欲しいと思う選手が少なくはないことにさらに驚きです・・・スポーツは勝負の世界ですが、その勝利への執着心はすごいものですね。本当に金メダルというのは「魔力」を持っているようです。

マウスレベルでは成功していますので、もしかすると人間にも適用できる日も近いのかもしれませんが・・・・そのような科学技術に頼らずに、これからも正々堂々と戦って金メダルを勝ち取ってもらいたいと、個人的には願ってます。
| tokunaga | バイオ | 11:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
フルーツゲノム解読
akbです。
今日は気になるニュースのご紹介です。
「メロンのゲノム解読」
メロンの全遺伝情報(ゲノム)を解読したと、スペイン農業ゲノミクス研究センターなどの欧米チームが11日までに米科学アカデミー紀要電子版に発表した。
「バナナ原種のゲノム解読」
食用に栽培されるバナナの原種の全遺伝情報(ゲノム)を解読したと、フランス農業研究開発国際協力センターなどの国際研究チームが11日付の英科学誌ネイチャー電子版に発表した。
私が特に興味を持ったのは、「メロンのゲノム解読」のニュースです。
これまでメロンの起源はアフリカと考えられてきましたが、ドイツ・ミュンヘン大の研究チームによる遺伝子比較解析の結果によれば、アジア原産の可能性があるそうです。
身近な食べ物の起源や謎の解明は、とても興味深いです。今後、どんな生物のゲノムが解読され、どのような謎が明らかになっていくのか、楽しみですね。
| akb | バイオ | 10:32 | comments(0) | trackbacks(0) |
ニホンウナギ卵の遺伝子解析
akbです。

私は学生時代、ウナギを研究対象にしていました。
ウナギは日本人の食生活に欠かせない魚類ですが、
その生態は、謎ばかりです。
2009年に初めてウナギの卵が発見されました。
発見場所は、なんと日本から2000kmも離れた「西マリアナ海嶺」の南端海域でした。
研究チームの発表によると、2012年6月18日,ニホンウナギ卵の大量採集に成功したそうです。
そして得られた卵の遺伝子解析を行い,ウナギがどのようにして産卵しているのかを調査するようです。

かの有名なアリストテレスでさえ、『ウナギは泥から生まれる』と云ったそうです。そんなウナギの生態の謎が解き明かされる日も近いかもしれません。
<参考URL>
http://www.kitasato-u.ac.jp/mb/fieldwork/fieldwork12/index.html
| akb | バイオ | 18:20 | comments(0) | trackbacks(0) |
ライフサイエンス新着論文レビュー
akbです。

ライフサイエンスのwebサイトを1つご紹介致します。

ライフサイエンス新着論文レビュー
FIRST AUTHOR'S


”新着論文レビューとは”サイトでも詳しくご説明されていますが、
Nature,Science,Cell などに代表されるトップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文を、だれでも自由に閲覧・利用できるようWeb上にていち早く無料で公開しているサイトです。
特徴は、論文の著者自身が日本語で執筆しており、専門分野の異なる生命科学研究者向けに書かれていることです。

本日は、ライフサイエンス新着レビューで拝見した興味深い論文についてご紹介致します。

『母性因子PGC7はヒストンH3の9番目のリジン残基のジメチル化との結合を介し受精卵における5-メチルシトシンから5-ヒドロキシルメチルシトシンへの変換を阻害する』

2012年6月20日
中村肇伸・仲野 徹
(大阪大学大学院医学系研究科 幹細胞病理学)

PGC7 binds histone H3K9me2 to protect against conversion of 5mC to 5hmC in early embryos.
Toshinobu Nakamura, Yu-Jung Liu, Hiroyuki Nakashima, Hiroki Umehara, Kimiko Inoue, Shogo Matoba, Makoto Tachibana, Atsuo Ogura, Yoichi Shinkai, Toru Nakano
Nature, 486, 415-419 (2012)

要約
5-メチルシトシンによるDNA修飾はエピジェネティックな遺伝子の発現制御に重要な役割をはたしている.
5-メチルシトシンはメチルシトシンデオキシナーゼTetにより5-ヒドロキシルメチルシトシンという別のDNA修飾へと変換されうる.
また,ゲノムにおける5-ヒドロキシルメチルシトシンと5-メチルシトシンとのバランスは多能性や細胞系譜の運命決定と密接に関係している.
母性因子であるPGC7は,初期発生において5-メチルシトシンから5-ヒドロキシルメチルシトシンへの変換から雌性ゲノムを保護することが報告されている.
今回,筆者らは,PGC7がヒストンH3の9番目のリジン残基のジメチル化を介して雌性クロマチンと結合し,
これをTet3による5-メチルシトシンから5-ヒドロキシルメチルシトシンへの変換から保護することを見い出した.
さらに,成熟した精子において,ヒストンH3の9番目のリジン残基のジメチル化の存在するインプリント遺伝子の制御領域にある5-メチルシトシンも,
PGC7との結合により保護されていた.このような制御機構は,初期胚と同様に体細胞においてもDNA修飾に関与していることが考えられた.

©  2012 中村肇伸・仲野 徹 Licensed under CC 表示 2.1 日本
(※ライフサイエンス新着論文レビュー 要約を参照)

日本語のレビューに頼ってしまうのは、英語の勉強にはならないと思いますが、いち早く&幅広く生命科学の情報を得るには適したサイトだと思います。
是非、ご覧になって下さい。
| akb | バイオ | 09:15 | comments(0) | trackbacks(0) |
免疫不全ブタ
tokunagaです。

今日はyahooニュースで気になる記事を見つけたのでのご紹介したいと思います。

生物研など、「免疫不全ブタ」開発で臓器再生などに用いるヒト化ブタに進展

マウスでは免疫関連遺伝子をKOして作成された「免疫不全マウス」がヒトの疾患モデルとして使われているとはよく聞きますが、ブタでも開発されていたんですね!
一時前にブタの臓器がヒトへの移植に適しているという話を聞いてはおりましたが、あれから研究は着々と進んでいたんですね・・・
獲得免疫の因子を失った哺乳類は非常に抵抗力が弱くなるというのは聞いていたので、マウス以外の動物、しかも体が大きい動物で開発されたことに驚きました。そして免疫系においてIL2rgはかなり重要な働きをしていることを改めて知りました。たった一つのサイトカインの働きを失うだけでも致命的になるのですね。
しかし、やはり哺乳類なので獲得免疫の機能がなくては長生きは出来ないようです。

近い将来ヒト化されたブタが開発され、再生医療に用いられる・・・ちょっと不思議な感じがします!
| tokunaga | バイオ | 15:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
小さな彼らの恋愛事情
卒業研究のテーマが「ショウジョウバエの求愛行動」だったhatです。

ショウジョウバエの仲間には多数の近縁種がいますが、それぞれオスの求愛行動が微妙に異なります。
この求愛行動の違いが種分化に関係していると考えられています。
「交尾をしなくなる」→「だんだん遺伝的に遠くなる」→「別の種になる」という説です。

先日、ショウジョウバエの求愛行動がRNA-editingにより調節されているという論文が発表されました。

Savva YA, et.al
Auto-regulatory RNA editing fine-tunes mRNA re-coding and complex behaviour in Drosophila.
Nat Commun. 2012 Apr 24;3:790. doi: 10.1038/ncomms1789.


RNA-editing(RNAエディティング)とは、mRNA上の塩基を酵素が編集することによって、ゲノムに書かれていたのとは違うアミノ酸がコードされるようになるしくみです。
ショウジョウバエのゲノムサイズは200Mbpもありませんので、限られた遺伝子の中で求愛行動を複雑化するには、RNA-editingのような付加的なしくみが必要なのかもしれません。よくできているものだと感心します。

ところでショウジョウバエの求愛行動はどのようなものだと思いますか?

オスがメスを追い掛け回した後、オスが羽を震わせて求愛歌と呼ばれる旋律を奏で、それを聞いてメスが「いいな」と思うと交尾に至ります。
音楽で愛をささやくなんてロマンチックですね!

ちなみに、ショウジョウバエの性行動を支配しているfruitlessという遺伝子に、ある種の変異が起きたオスは、メスに興味を示さなくなり、オスに求愛するようになるそうです。satori(悟り)変異体という名前がついています。

そのうち、「さなぎにしか興奮しない」とか「2次元にしか関心がない」とかいった変異体も出てくるかもしれないですね。
| hat | バイオ | 10:59 | comments(0) | trackbacks(0) |
トマトで痩せる??
本日は、気になるニュースをご紹介します。

トマトが品切れ

トマトジュースが品切れ状態だそうです。

その原因は・・・・これです!
トマトから血中中性脂肪改善に有効な成分を発見!

これまで、トマトはリコピンなどが健康に有効な成分(抗酸化成分)であるということが知られていましたが、今回は、新しい健康機能性物質が発見されたそうです。

トマトジュースは苦手ですが、気になります。

ちなみに私のおすすめトマト調理法は、
冷凍トマトをおろし器でおろして、にんにくとオリーブオイルで炒めるだけのトマトソースです。
かけてもいいし、カレーみたいな煮込みに入れてもいい!!
ぜひ。
| | バイオ | 19:51 | comments(0) | trackbacks(0) |
インフルエンザにご注意ください!!
先週は、インフルエンザや風邪の影響でお休みを頂きました。
しかも弊社内で(私を含め)2名も・・・。

病院内は、患者さんでいっぱいでした。
やはり流行っているんですね。。。

皆様もお体には十分にお気をつけください!

| | バイオ | 19:01 | comments(0) | trackbacks(0) |
名古屋へ出張
本日は、出張のため、名古屋へ来ています。

今月は、出張が続く予定ですが、いろいろな先生方、研究者の方に
お会いすることでとても刺激的な日々を過ごせそうです。

また、出張の楽しみの一つは、お食事ですよね!!
名古屋では全てがボリューミーかつ絶品料理ばかりです!!

健康管理には気をつけて、今月もがんばります!

| | バイオ | 22:29 | comments(0) | trackbacks(0) |
1分子DNAシーケンサー、解析速度が向上
気になるニュースをご紹介します。

1分子DNAシーケンサ「HeliScopeCAGE法」の解析速度を約5倍に向上

すごく詳細に紹介されていて、とてもわかりやすい記事ですね。

従来は、人力によってサンプル調整を行っており、そこが律速と
なっていたようです。
私自身は、このようなサンプルの調整を行ったことがないので、客観的にしか
話せませんが、人力作業だと時間の問題もさることながら、サンプル自体も調整する人によって、微妙に違いが出てくる可能性もあるのではないかと思います。

その点、今回の手法は、サンプル調整を機械により自動化し、かつ一度に複数のサンプル調整ができるという点から解析速度の向上につながったようです。
(もっと細かい改善点もいろいろあるでしょうが)

この自動システムを確立させ、次世代シーケンサーに応用されることを期待します!!
| | バイオ | 18:28 | comments(0) | trackbacks(0) |
インフルエンザウイルスの新規検出法!
本日は気になるニュースをご紹介します。

新検出法を理化学研開発 より速く正確に

インフルエンザウイルス検出には、一定量のウイルスが必要です。
従来の方法だと、ウイルスを増加させるために数時間かかります。

今回紹介されている方法は、ウイルスの増殖に関わる遺伝子を増やし、ウイルス自体の増殖を促進させるというものです。

検出時間は、6時間から40分に短縮!
しかも従来の方法より、より正確にウイルス型を検出できるのですから、早く実用化されてほしいですね。
| | バイオ | 18:08 | comments(0) | trackbacks(0) |
孔脳症の原因遺伝子を発見
本日は気になるニュースをご紹介します。

孔脳症の原因遺伝子発見
(詳細はコチラ
(さらに詳細はコチラ

孔脳症とは、とても簡単に言うと大脳半球内に孔(空洞)ができる症状のことです。その原因として、血管基底膜の形成異常がわかっているそうです。

簡単な絵にしてみました。


(血管だけに限らないが)血管基底膜は、フィブロネクチンやコラーゲンなどで形成されており、血管を生成する細胞は、これらに特異的に結合し、接着しています。
このコラーゲンが形成異常を起こすと、細胞の結合ができなくなるため、空洞ができるのではないでしょうか?

今回は、上記の形成異常の原因が遺伝的変異であるということを解明したそうです。



| | バイオ | 18:35 | comments(0) | trackbacks(0) |
モンゴル族の全DNA配列を解明
本日は気になるニュースについて記述します。

モンゴル族の全DNA配列を解明

チンギスハンの子孫のDNA配列を基に、モンゴル族の全DNA配列を解明したそうです。どれくらいのサンプル数で比較したのでしょう。

相撲界でもモンゴル出身の方々が活躍されています。
あの強さの源もゲノム上に組み込まれているのでしょうね。
気になります。
| | バイオ | 19:32 | comments(0) | trackbacks(0) |
ニューヨーク医薬品フォーラム
本日は気になるニュースをご紹介します。

NYで「医薬品フォーラム」が開催される

上記フォーラムのテーマは、
人間の設計図ともいえる全遺伝情報(ゲノム)解読を生かした新しい医薬品開発と治療法だそうです。

上記テーマは、まさに研究者によるwetな観点とバイオインフォマティクスの手法を取り入れることでなしえるものだと思います。
ワクワクしますね。



| | バイオ | 18:30 | comments(0) | trackbacks(0) |
やっぱり陸で暮らしてた?!
本日は気になるニュースをご紹介します。

腹びれイルカに後ろ足?!

写真を見ると、特に左の腹びれの骨が3つに枝分かれしています。
まるでワニの足のような・・・(哺乳類ではありませんが)。

陸上で生活し、海に戻った鯨類は、なぜ足が消えたのか?ということが焦点になるそうですね。

個人的には、泳ぐ際の水の抵抗を減らすためでは?と考察します。
が、なんの根拠もないですね。

| | バイオ | 17:49 | comments(0) | trackbacks(0) |
明日はいよいよ
明日は、弊社の新しい事業であるバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の開講初日です。
(詳細はコチラ

Day1では、Linuxの基本から、基本的なLinuxのコマンド操作までをご紹介します。
計画通りにいけばよいですが・・・。

今からとても緊張しています。
| | バイオ | 18:33 | comments(0) | trackbacks(0) |
ゲノム解析によるがん治療の進展

世界初 肉腫治療へゲノム創薬

滑膜肉腫に対するゲノム解析の結果を応用し、治療薬の開発を行ったそうです。

日本では、創薬・臨床過程の規約が厳しいため、臨床試験をすることができませんが、フランスではすでに始まったようですね。

上記の記事にも記載されていますが、再生医療や今回のような創薬分野は、日本発というものが多いのではないでしょうか?
しかし、行政的な規制が厳しい理由から臨床実験までに大変長い時間がかかります。

規制の厳しさは、創薬において大切です。
慎重であることはよいことだと思います。

しかし、個人的には、科学の進歩をもう少し信用して、少しでもよいから規制を緩めてもよいのではないかな?とも思います。
| | バイオ | 17:54 | comments(0) | trackbacks(0) |
インフルエンザ予防接種
私事ですが、大学院時代から毎年インフルエンザ予防接種を受けています。
今年は10月中旬ぐらいからだそうですが、ワクチンが遅れる可能性もあるとのこと(こちらから)。
しかしこれは、毎年ニュースになっていますね。

私は、11月初めに受けます。
ワクチンが効き始めるのは、接種して1か月後から3カ月間がピークだと聞いたことがあるためです。
インフルエンザの流行の期間と予防接種の効果がある期間をかぶらせようという作戦です!

その作戦は、見事に失敗し、3月初期にインフルエンザにかかってしまいました。

でも予防接種を受けていたため、軽い症状で済みましたよ。
今年も必ず接種します。


| | バイオ | 17:48 | comments(0) | trackbacks(0) |
ペスト菌は600年前から進化せず?!
本日も気になる記事を紹介します。

ペスト菌、600年前から変化せず

さらに詳しい情報はこちらから

ペスト菌は、黒死病の原因とされている菌です。
600年前のペスト菌を採取し、Referenceとしてペスト菌CO92株とマッピングを行っています。

今回は、ペスト菌の進化に関与しているとされている2つのプラスミドの塩基配列を比較しています(pMT1, pPCP)。
その結果、600年前のペスト菌とReferenceとでは、わずか2および4箇所のみの違いしか見つからなかったそうです。つまり、ペスト菌はほぼ進化せず現代に至るという結論です。

600年前は、死の病と恐れられていた黒死病ですが、現在では回復率85%!
医学の進歩を感じます。

| | バイオ | 19:10 | comments(0) | trackbacks(0) |
勇気ある前進
本日は、気になる記事を紹介します。

なぜ東日本大震災を想定できなかったか

日本地震学会が始まります。
今回の議論内容は、地震の予測ができなかったことに対する原因についてです。

人間は、自分が間違いや失敗を起こした時、まず言い訳をするように思います。私もそのうちの一人。

日本地震学会のような大きな学会、組合で間違いをみとめ、原因を探ろうとすることは、とても勇気が必要なのではないでしょうか?
しかし前進する為には、必ず避けられないことだと思います。

私的なプライドを優先することなく、学問に対するプライドを見せた学会に対して、誰も批判することはできないと思います。

私も、変わらないといけないなと痛感しました。
| | バイオ | 19:45 | comments(0) | trackbacks(0) |
光速よりも速い?!
光より速いニュートリノ

この見出しを見た時、衝撃的でした。
原因が特定できず、詳細は不明ですが、これから世界中がこの話題一色になるのではないでしょうか?(もちろん反論も含め)

知人の言葉を思い出しました。
「データに勝るものはない。」
私もそう思います。
興奮しますね。
| | バイオ | 18:16 | comments(0) | trackbacks(0) |
世界規模のゲノム解析で高血圧症に関与する遺伝子を解明!
本日も気になる記事を御紹介します。

高血圧症の成因に関与する遺伝子を解明

4タイプの人種、計約27万人のサンプルを用いて、SNPと血圧の関係を解析したそうです。
特に“ATP2B1”という遺伝子は、血圧に関係する確立がとても高く、今回は、人種に差があるものの上記の“ATP2B1”以外にも新しい高血圧症に有意な遺伝子を見つけたそうです。

ゲノム研究が進む中で、これまでアバウトだった病気の原因、成り立ちも徐々に解明されつつありますね。
| | バイオ | 17:49 | comments(0) | trackbacks(0) |
失明疾患の原因遺伝子-九州大学
昨日に引き続き、気になる記事を記述します。

失明疾患の原因遺伝子特定

九州大学では、失明患者および健常者計2万人の遺伝子から、ゲノム解析を行い、失明疾患の原因遺伝子を特定したとのことです。

昨日も記述しましたが、次世代シーケンサーと解析技術の発展は、これからの疾患治療に多大な貢献をしていくと強く思います。


P.S.
九州大学が記事になるとやっぱり嬉しいですね。
地元愛です。

| | バイオ | 18:18 | comments(0) | trackbacks(0) |
人工細胞!
本日も気になるニュースを御紹介します。

東大グループ、有機合成物質から人工細胞を構築

上記は、細胞を“生体”からではなく、“物質”から人工的に作成したという記事です。学生時代に、少々細胞を取り扱っていたこともあり、この様なニュースはとても気になります。

よく“細胞というのは生命の最小単位である”と言われています。ついに人間は、“無”から“生”を作り上げたか!と興奮しました。
| | バイオ | 18:13 | comments(0) | trackbacks(0) |
血液検査でうつ病診断
本日も気になる記事を紹介させていただきます。よろしくお願いします。

広島大学で、鬱病診断の指標を血液検査で行うという報告がなされました。
詳細はコチラ。 より詳細はコチラ

鬱病という病気は、気持ちの病気であることから、見える形として表れにくく、お医者様の判断で診断しています。

しかし広島大学のグループでは、BDNFという物質を産生させる遺伝子のメチル化反応が通常の人と鬱病患者とで反応パターンに差異があるということを発見したそうです。

これまでは、鬱病の指標として、脳内セロトニンの物質量が注目されていたと思います。しかしこの物質は、脳内に存在するため、診断段階の指標には向かないように思います。

今回広島大学が発見された指標は、遺伝子評価であるため、血液で診断する事が可能だという事です。補助的な診断法として用いるということですが、これは、鬱病診断に於いて大きな一歩ではないでしょうか。

| | バイオ | 17:52 | comments(0) | trackbacks(0) |
擬地球とダイヤモンド星
最近、宇宙関連のニュースに目が行くタノです。
ということで、本日は、宇宙関連で気になる記事を2つ紹介致します。

地球に似た惑星を発見!

地球からわずか36光年離れた場所にある惑星です。中心星(太陽系だったら太陽)からの距離が太陽から金星より少し遠いそうで、ギリギリ水が存在できる距離だそうです。
でもそれは中心星が太陽ぐらいの威力(大きさ)だったらの話ではないのか?という疑問が消えず、詳しい話を論文等で読んでみたいと思いました。

ダイヤモンドでできた星!

ほとんどの成分が炭素であり、密度が高いことから、ダイヤモンドのような構造体が集合した星であると推測されたとのことです。宇宙空間ではダイヤモンドの様な堅い鉱石が飛び回っているのでしょうか。衛星やシャトルの外壁って壊れたりしないのかな(記事の内容とズレている)。
| | バイオ | 18:29 | comments(0) | trackbacks(0) |
ホッキョクグマとヒグマ
気になるニュースがありましたので、記載します。
ホッキョクグマとヒグマが遺伝的につながっているという記事が、米雑誌であるCurrent Biologyに掲載されました。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110813-00000014-jij-soci
ホッキョクグマとアイルランド系およびEngland本土に生息するヒグマが遺伝的にとても近い事がわかったそうです。さらにホッキョクグマは、アイルランド、英国に生息したヒグマが移動したと考えられるそうです。

では、日本のヒグマ(Japanese系)は・・・・・?

Japanese系ヒグマは、ホッキョクグマとは違う遺伝子クラスに属します。
しかも一番離れたクラスです。
この事から、Japanese系のヒグマは、アイルランド、英国系のヒグマが広いユーラシア大陸を渡ったため、多くの種と交配したヒグマであると推測されます。そのため、同じヒグマでも、遺伝的に最も異なるグループに属するという事です。

このように種をさかのぼる事で、大昔の動物の動き、地球の環境を推測する事ができます。とても面白いです。
| | バイオ | 16:47 | comments(0) | trackbacks(0) |
遺伝子解析は、過去にも光を当てるのだ!
もう1週間前にもなりますが、yahooニュースに気になる記事がありました。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110803-00000066-reu-int

欧州男性の半数がツタンカーメンと同じ遺伝子ルーツ。

エジプト好きの私には、たまらない記事です。

こちらの記事にもありますiGENEAでは、ツタンカーメンとその父(アクエンアテン)と祖父(アメンホテプ3世)のミイラを用いて“DNA鑑定”を行ったそうです。

その際に比較対象となったのが、Y染色体。その結果ツタンカーメン一族は、“R1b1a2”という遺伝子分類に属する事がわかったそうです。
このR1b1a2は、欧州男性(特に西側)の50%以上が属するグループなんだとか。(詳細はコチラ)

大昔のエジプト人が、北へ移動し、ツタンカーメンの血筋は今もなお継承されていることが分かります(究極を言えば、皆家族)。

昔は、ツタンカーメンの死因は“ツタンカーメン暗殺説”が有望でしたが、それもX線調査や今回の様な遺伝子解析により、暗殺説は今や蚊帳の外です。

よくテレビなどで特集されるエジプトの物語は、あくまで推測だと考えます。しかし遺伝子解析という新しい技術が加わる事で、過去の真実が明らかになっていきます。

過去に光を!
| | バイオ | 17:54 | comments(0) | trackbacks(0) |
酸素分子の発見
昨日の朝日新聞夕刊に“オリオン座星雲領域に酸素分子を発見”という見出しがありました。

宇宙空間に於いて酸素原子は、氷の中に存在し、新星誕生によって生じる熱によりその氷が溶かされ、宇宙空間に放出し、酸素分子を産生すると推測されてきたそうです。

今回NASAは、新星現象が起きているオリオン座の星雲領域をハーシェル宇宙望遠鏡という赤外線を用いた望遠鏡で観察を行ったそうです。

その結果、酸素分子特有の電磁波波長を観測する事に成功したそうです(その画像はコチラを参照)。宇宙に生物が存在するという証拠がこれから出てくるかもしれないと夢馳せてみる今日この頃です。
| | バイオ | 15:43 | comments(0) | trackbacks(0) |
痛くない治療法。そんな方法が本当にあるのか?
今日は、最新の歯科治療法を御紹介します。

そもそも虫歯は、口内にいる菌が糖から酸を作り、その酸が歯の表面にあるエナメル質層を溶かす事でできるそうです(ここまでは痛くない)。

放置しておくと、エナメル質の下にある象牙質、さらには神経や血管が通っている歯髄にまで達するそうです(ここまで進行すると痛みを感じる)。

従来の方法は、酸により溶かされた部分を全て削るというもの。一見、最適な方法に思えますが、菌を完全に死滅させる事は困難であり、再発することもあるそうです。
そしてとにかく治療が怖い!痛い!!

その恐怖があるため、歯科病院に行くことに抵抗を示す人が多いのではないでしょうか?

最新の歯科治療というのは、治療が痛くなく、かつ無菌化状態にする方法だそうです。

その名も“3Mix-MP法”。

3つの抗菌剤を調合して、虫歯の穴に置き、そのまま穴をふさぐという方法です。削らない治療法。なるほど痛みはなさそうです。
また、この方法だと穴の奥まで、無菌化する事が可能であり、虫歯の再発を防げるそうです。
これなら試してみたい!
(他にも、削らない治療の提唱が多くされているそうです)


提唱当初は、批判もされたそうですが、患者さんが求めており、かつ科学的原理の観点から考えても、納得できます。

いいものはいいのだ!


| | バイオ | 19:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
平均値じゃなく中央値!
本日は、中央値について記述します。
よろしくお願いいたします。

あるテレビ番組で、24歳、 22歳、 22歳、25歳の方々が出演していたとします。そこにゲストとして60歳の方が登場しました。そこで60歳の方が「自分が平均年齢を上げているなー!」と一言。こんなシーン見た事ありませんか?
平均というのは、“いくつかの数や量の中間的な値”という意味。中間的という事は、平均値の前後に同じ数だけ数値データが分布しているという事だと考えます。 今回の場合だと平均年齢は30.6歳となります。しかし・・・各年齢(数値データ)は、30.6歳前後に均等には存在せず、むしろ平均値より前に固まっています(Figure1 参照)。


Figure1 中央値の概念図

こんな時は、中央値を求めます。
中央値は、数値データの半分が上側に、半分が下側にある所の数値です。上記のように数値データが正規分布の形ではなく、Figure1のように歪んだデータ(skewed 分布)の際に、平均値の代わりに使用されます。
明日は、このRを用いて簡単に中央値を算出する方法を記述します。
| | バイオ | 18:26 | comments(0) | trackbacks(0) |
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