アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
「QuickGWAS Academic」バージョンアップしました
表題にありますように、遺伝統計解析ソフト「QuickGWAS Academic」がバージョンアップ(→1.2.3)しました。

フリーのGWASソフトである「PLINK」のWindows版ラッパーソフトである「QuickGWAS」シリーズですが、独自の機能として、統計解析パッケージ「R」を利用して、Q-Qプロットとマンハッタンプロットを描画する機能が実装されています。


しかし、この作図の機能を利用するため「make plot」ボタンを押すと、エラーとなりソフトが終了してしまうことがある、というバグが、ユーザー様よりご報告がありました。

この場を借りて、お礼申し上げます。


バグ修正の他にも、細かな機能改善も行っていますので、多くの方にご利用いただけましたら幸いです。
| 社長 | QuickGWAS | 23:50 | comments(0) | trackbacks(0) |
GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」の不具合につきまして
GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」をご利用いただきありがとうございます。

Windows XPにおきまして、「plink.exe」もしくは「Rscript.exe」のパス内に「スペース」を含む場合に、動作しない不具合を確認いたしました。

ご迷惑をおかけしておりますこと、お詫び申し上げます。
早急に修正版を公開いたしますので、もう少々お待ちください。

引き続き、「QuickGWAS Academic」をよろしくお願い申し上げます。
| 社長 | QuickGWAS | 09:43 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic
2週にわたって、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のお話をさせていただきました。
もっと詳しく知りたい方は、チュートリアルをご覧いただくか、弊社ホームページのお問い合わせフォームよりご連絡ください。

機能を充実させた「QuickGWAS Pro.」も現在開発中です。
まずは是非、無料版の「QuickGWAS Academic」をお試しください♪
それでは、皆さま良い週末を〜

【ダウンロードページはこちら】
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。
| きむ | QuickGWAS | 14:27 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「Plot」
先週から、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」を使用しています。解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。
今日は、GWASの結果をPlotして可視化します。

step1
「Plot」タブを選択します。
step2
「.assoc.plot.txt」ファイルを指定します。
GWAS実行後は、自動的にファイルが選択されます。
step3
「make plot」ボタンをクリックすると、Q-Qプロットとマンハッタンプロットを描画されます。
step4
「.assoc.plot.txt」ファイルと同じフォルダに、「.qq.png」と「.manhattan.png」ファイルが作成されます。


【ダウンロードページはこちら】
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

| きむ | QuickGWAS | 12:08 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「GWAS 2」
SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」を使用して解析を行います。
解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。
前回は、GWASを行いました。

GWASが成功すると「GWAS End」ウィンドウが表示され、サンプル数が表示されます。
結果は、BEDファイルと同じフォルダ保存されます。
「.assoc.txt」ファイルには、1.0e-04未満のSNPが保存されています。
Excel等で開くことができます。

「.assoc.txt」のカラム


【ダウンロードページはこちら】
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

| きむ | QuickGWAS | 18:56 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「GWAS」
SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」を使用して解析を行います。
解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。
Preparationが完了したら、GWASを行います。

step1
「GWAS」タブを選択します。

step2
「.bed」「.bim」「.fam」ファイルを指定します。
step3
マイナーアリル頻度(MAF)とハーディー・ワインバーグ平衡(HWE)を、プルダウンメニューから指定します。
step4
「Execute GWAS」ボタンをクリックして、GWASを実行します。
step5
成功すると「GWAS End」ウィンドウが表示され、サンプル数が表示されます。

step6
「view log」をクリックすると、PLINKのログをご覧いただけます。


【ダウンロードページはこちら】
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

| きむ | QuickGWAS | 19:07 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「Preparation」
SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のSettingが済んだら、さっそく解析を行います。
解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。
Preparationでは、PED/MAPファイルから、バイナリーファイル(BED/BIM/FAM)を作成します。

step1
「Preparation」タブを選択します。

step2
「.ped」「.map」ファイルを指定します。
※)パスには、日本語やスペースを含まない場所を指定してください。
step3
「Make bed/bim/fam」ボタンをクリックして、処理を開始します。
step4
「view log」をクリックすると、plinkのログをご覧いただけます。

テストには、ダウンロードしたplinkフォルダ内のtest.mapとtest.pedをご使用いただくと便利です。

【ダウンロードページはこちら】
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

| きむ | QuickGWAS | 20:17 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「Setting」
SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のダウンロードが済んだら、さっそく使ってみましょう!!まずSetting作業を行います。

step1
「QuickGWASAcd_(バージョン番号).exe」をダブルクリックして起動します。
step2
「Setting」タブを選択します。

step3
統計解析ソフト「Rscript.exe」と「plink.exe」へのパスを指定します。
ドラッグ&ドロップで指定もできます。
step4
入力完了後、「save」ボタンをクリックして保存します。

来週は解析をしてみましょう。
皆さま、良い週末を〜

【ダウンロードページはこちら】
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

| きむ | QuickGWAS | 18:05 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「ダウンロード」
今日は、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のダウンロード方法についてお話します。

step1
アメリエフ株式会社の「QuickGWAS Academic」ページを開きます。
URL:  http://amelieff.jp/service/software.html
step2
「QuickGWASAcd_(バージョン番号).zip」ファイルをクリックして、ダウンロードします。
step3
適当なフォルダ(C:¥QuickGWASAcd等)へzipファイルの中身を展開します。

ダウンロードは簡単ですが、他に重要なポイントがあります。
「QuickGWAS Academic」をご利用いただくには、統計解析ソフト「R」とゲノムワイド関連解析ツールセット「PLINK」をダウンロード・インストールする必要があります。
downdown下記のURLからどうぞdowndown
■ 「R」 Download URL
http://cran.md.tsukuba.ac.jp/index.html
■ 「PLINK」 Download URL
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml
| きむ | QuickGWAS | 21:07 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「機能 2」
SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」の機能を、もう少し詳しくお話します。

1.case/control関連解析
3種類のファイルと、MAFおよびHWEを指定します。
実行ボタンをクリックすると解析が行われます。
結果は、テキストファイルで出力されます。Excelでご覧いただけます。


2.マンハッタンプロット、Q-Qプロット作成
ファイルを指定します。
実行ボタンをクリックすると描画が行われます。
結果は、pngファイルで出力されます。


どんなことが出来るかイメージしていただけましたか??
それでは、明日から詳しい使用方法をご紹介いたします。

【ダウンロードページはこちら
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。


| きむ | QuickGWAS | 09:38 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickGWAS Academic「機能」
今週は、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のお話をします。
教育・研究機関の方は無料でご利用いただけますので、是非お試しください。

「QuickGWAS Academic」は、ゲノムワイド関連解析ツールセット「PLINK」のWindows版GUIインターフェースです。
ご利用いただける機能は下記のとおりです。

機能一覧


機能を充実させた「QuickGWAS Pro.」も現在開発中です。

【ダウンロードページはこちら
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。


| きむ | QuickGWAS | 17:49 | comments(0) | trackbacks(0) |
「QuickGWAS Academic」バージョンアップのお知らせ
SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」(無料版)をバージョンアップいたしました。(-> Ver. 1.1.0)

ダウンロードページはこちらです。
http://amelieff.jp/service/software.html
| きむ | QuickGWAS | 20:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
「QuickGWAS Academic」リリースのお知らせ
ゲノムワイド関連解析ソフト「QuickGWAS Academic」を本日リリースしました。

「QuickGWAS Academic」は、ゲノムワイド関連解析ツールセット「plink」のWindows版GUIインターフェースです。PCにインストールしてご利用いただけます。
ケース・コントロール関連解析、Q-Qプロットとマンハッタンプロット作成を行えます。

教育・研究機関に限り、無償でご提供いたします。
(商用利用の場合はご相談ください。)
今後とも、より良い製品を目指して参りますので、皆さまのご意見・ご感想を頂けましたら幸いです。お問い合わせはこちら。

ダウンロードページはこちらです。「Download」をクリックし、ソフトウェア一覧から、「QuickGWAS_1.0.0.zip」をご選択ください。
| 社長 | QuickGWAS | 13:04 | comments(0) | trackbacks(0) |
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