アメリエフのブログ

バイオインフォマティクスの紹介と社員の日々
プライマー設計、行います
akbです。

いつもブログをご覧いただきましてありがとうございます。
さて、右脇のバナーが新しくなったことにお気づきでしょうか。

プライマー設計受託サービスです。

大量設計にも対応しておりますので、プライマーの設計にお困りの方は、ぜひご検討ください。

また、リクエストやご質問などございましたら、お気軽にお問い合わせフォームよりご相談ください。
| akb | プライマー設計 | 15:59 | comments(0) | - |
QuickPrimer Lite1.0.1を公開しました
お待たせ致しました。
QuickPrimerLite1.0.1を公開致しました。
QuickPrimerLite1.0.1は、弊社のソフトダウンロードページよりダウンロードしていただく事が可能です。

今回バージョンアップした内容は、以下の通りです。
・QuickPrimer Liteを起動する際、Settingタブ画面のprimer3.exeパスを指定する箇所が空白である場合、初期画面は、Settingタブ画面となります。

・primer.exeパスを設定する際、primer_core.exeを選択していただいても使用できるようにしました(以前のブログでは、名前を変更する必要があると記載しましたが、新バージョンではその必要はありません)。

・OSがWindows XPの方も御使用頂けます(ただしprimer3.exeのパスは、スペースを含まないようにしてください)。

不具合または御意見、御感想などがあれば、コメント欄もしくは弊社のお問い合わせフォームよりお問い合わせくださいますようよろしくお願いいたします。

この度は、ご迷惑をおかけし、誠に申し訳ありませんでした。
| | プライマー設計 | 17:55 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickPrimer Liteの不具合に関しまして
昨日、弊社がリリースしているQuickPrimer Lite 1.0.0をWindows XPで使用する場合、不具合が生じるとのご指摘を頂きました。
この様な御意見は、私共開発側にとって、とてもありがたい御意見です。
貴重なご意見に感謝すると共に、ご迷惑をおかけしましたことを深く反省致します。

現在、不具合の原因究明は、終了致しましたので、近々新バージョンをリリースできるよう努めております。もうしばらくお待ち頂けますよう、よろしくお願いいたします。

| | プライマー設計 | 18:16 | comments(0) | trackbacks(0) |
Primer3のダウンロード方法
QuickPrimer Liteにつきましてご指摘を頂きましたので、こちらのブログにて説明をさせていただきます。よろしくお願いいたします。

弊社のソフトダウンロードページにあるQuickPrimer Liteの必須ソフト項目からprimer3.exeをダウンロードする方法を説明させていただきます。

1. 弊社のソフトダウンロードページより、Primer3のダウンロードページへ。


2. Downloadタブを選択します。


3. Primer3 1.1.4 ver.を選択します


4.primer3-1.1.4-WINXP.zipを選択し、zipファイルを適当な場所に保存してください。


5. 圧縮ファイル(zip)を解凍します。Zipファイルを選択し、右クリックを行うことで、図のような画面が表示されます。すべて展開を選択し、解凍してください。


6. 解凍したファイルを開き、binフォルダを開きます。


7. Primer3_core.exeというファイルがprimer3のアプリケーションとなります。
現時点でこのアプリケーションを使用する際は、こちらのアプリケーション名を“primer3.exe”に変更していただく必要があります。

QuickPrimer Liteで御使用になる場合は、Settingタブ画面より、上記で名前変更をした“primer3.exe”を選択してください。

こちらに関しましては、名前を変更せずとも使用できるよう、訂正し、明日以降再度リリース致します。ご迷惑をおかけし、大変申し訳ありません。


| | プライマー設計 | 16:53 | comments(0) | trackbacks(0) |
“QuickPrimer”が細胞工学7月号に掲載されました!!
“QuickPrimer”に関する案内が6月22日に発売された細胞工学(学研メディカル秀潤社)7月号の広告欄に掲載されました。

私は、大学院時代に細胞を用いた実験をする機会が多かった事もあり、「細胞工学」は愛読書の一つです。「細胞工学」は、ライフサイエンスに関する最新情報が掲載されています。毎月異なるテーマごとに特集が組まれており、様々な情報を得ることができます。
通常だとこれらの情報を得るためには、学会に足を運ぶか学術論文を数多く読まないといけません。自分の分野だとそれも可能なのですが、それ以外だと・・・。
そのため細胞工学は、私にとって井の中の蛙状態を脱するための必須ツールの一つでした。学生時代からの愛読書に弊社ソフトが掲載されるということは、私にとってとても興奮することなのです。
“QuickPrimer”は、将来的に研究者のみなさんが使っていて当たり前となりえる商品だと私は思っています。

ぜひ細胞工学7月号をご覧ください!!
| | プライマー設計 | 17:45 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickPrimer Liteの使用方法 〜Tandem編〜
本日は、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)のTandem機能について記述致します。よろしくお願いいたします。
Tandem機能につきましても、以前弊社ブログにて紹介させていただきました。

図1 Tandem機能イメージ図

図1のように広範囲に渡るTarget領域をシーケンシングする場合、複数のprimerを一部オーバーラップさせて設計する必要があります。当ソフトでは、Target領域のstart位置(Target start position)とend位置(Target end position)を設定して頂くことで、広範囲なTarget領域に対応した複数のprimerを設計することが可能です。

操作方法
1. QuickPrimer Liteを起動させます。

2. primer3.exeおよび.csv ファイルの保存先を設定
昨日のブログ(Target編)を御参照ください

3. 各項目を設定
tandemタブ画面を表示し、下記の項目を設定します。

図2 Tandemタブ画面

SEQUENCE
昨日のブログ(Target編)を御参照ください

各種設定
“Target start position”、“Target end position”、“Overlap size”が、図1のTarget Start position、 Target end position、Overlap sizeに対応します。
※“Overlap size”とは、増幅されたprimerのend側の領域と次のprimerのstart側の領域が重なる領域のサイズを指します(図1参照)。

4. 実行ボタンを押す

5. 結果は、CSVファイルで保存されます
結果は、forward(F)、Reverse(R)の情報に分かれており、それぞれ、配列、primerの長さ、primerの位置、GC%、Tm、増幅させる領域のサイズが表示されます。
| | プライマー設計 | 18:02 | comments(0) | trackbacks(0) |
「QuickPrimer Lite」ダウンロードページ
本日、QuickPrimer Liteのダウンロードページが見つからないとのご指摘を頂きました。ご迷惑をおかけして申し訳ありませんでした。
急遽、文字のサイズを変更して対応させていただきました。

【ダウンロード方法】

1.アメリエフ株式会社ソフトダウンロードページを開きます。
URL:http://amelieff.jp/service/software.html

2.赤枠の中の矢印で示している部分をクリックします。


| きむ | プライマー設計 | 19:11 | comments(0) | trackbacks(0) |
QuickPrimer Liteの使用方法 〜Target編〜
本日より、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)の使用方法を記述していきます。
本日は、Target機能について記述致します。よろしくお願いいたします。
Target機能につきましては、以前ブログでも紹介させていただきました。

図1 Target機能イメージ図

当ソフトでは、図のように増幅させたい配列の箇所(以下、Target)が複数ある場合、start位置(5’側、 図ではTarget1, Target2, Target3)を設定していただく事で、各Targetに対応したprimerを設計することが可能です。

準備
当ソフトは、オープンソースツールであるprimer3を用いたprimer設計ソフトです。そのため、事前にprimer3.exeをダウンロードしていただく必要があります。

1. QuickPrimer Liteを起動させます。
2. Primer3.exeおよび.csv ファイルの保存先を設定

図2 Settingタブ画面

Settingタブ画面を表示します(図2)。こちらの画面では、事前にインストールしていただいたprimer3.exeと算出されたprimerの結果を保存する.csvファイルの保存先を指定していただきます。
各項目の右側に位置しているボタンをクリックしていただき、primer3.exeおよびcsvファイルの保存先を指定してください。

3. 各項目を設定
Targetタブ画面を表示し、下記の項目を設定します。

図3 Targetタブ画面

SEQUENCE
配列は、テキスト内に直接入力して頂く、もしくはfastaファイルなど配列情報を含んでいるファイルを“Upload sequence”で指定して頂きます。
Target
Target位置が複数ある場合は、改行しながら入力します。図1のTarget1, Target2, Target3がここに対応します。

各種設定

4. 実行ボタンを押す
5. 結果は、CSVファイルで保存されます

図4 結果ファイル

結果は、forward(F)、Reverse(R)の情報に分かれており、それぞれ、配列、primerの長さ、primerの位置、GC%、Tm、増幅させる領域のサイズが表示されます(図4)。



| | プライマー設計 | 18:23 | comments(0) | trackbacks(0) |
「QuickPrimer Lite」公開
本日、Windows版 Primer3のGUIフロントエンドとなるソフトウェア「QuickPrimer Lite」を公開いたしました。トップページの「ソフトのダウンロード」、もしくは「サービス」→「ソフトのダウンロード」からダウンロードページをご覧ください。


詳細は明日以降のブログでも順次ご紹介させていただきますが、特徴は以下になります。

1.Windows上のマウス操作のみでPrimer3を実行
2.複数のPrimerペアを同時に設計
3.長い領域をシーケンスする際の、複数のPrimerペアを一部オーバーラップさせて自動的に設計


過去のブログでも、Primer3はコマンドラインとWeb版のみで、敷居が高かったり複数のPrimer設計が困難だったりと問題があることは書いてきました。

5/24のブログでは、「何時公開されるのか?」というコメントまでいただき、6月末の公開を目指して開発を進めてきましたが、予定より10日早く公開することができました。

みなさまのご支援が支えになって、開発を予定より早いペースで進めることができました。ありがとうございました。

チュートリアルもご用意しておりますが、まだまだ使いづらい点など多くあるかとおもいます。遠慮なくご意見・ご要望をお寄せください。

このソフトをより良くするため、みなさまのご支援とご協力を頂戴できましたら幸甚でございます。
| 社長 | プライマー設計 | 21:15 | comments(2) | trackbacks(0) |
誰でも簡単にPrimer設計!への道 ~QuickPrimerのTandem機能について~
こんにちは。タノです。
昨日のブログでは、弊社で作成した“QuickPrimer”の1つ目の機能であるTarget機能について紹介させていただきました。
本日は、2つ目の機能であるTandem機能について紹介します。よろしくお願いします。


あるゲノムの広範囲(数kb)に渡るTarget領域を網羅的にシーケンシングする場合を考えます。
数kbを超えるTarget領域を網羅的にシーケンシングする場合には、絵のように複数のprimerを使用する必要があります。さらに個々のprimerのTarget領域同士を重ねるように設計 (Tandem)することで、網羅的なシーケンシングの信頼度が上がります。

“QuickPrimer”では、Tandemにprimerを設計することが可能です。

Tandem用のprimer設計は、設定画面でTarget領域の位置とprimerのTarget領域同士が重なる領域の長さ(overlapの長さ)を設定するだけです。
ヒトゲノムのように大きなゲノムをシーケンシングする際などにとても有効です。
| | プライマー設計 | 18:01 | comments(0) | trackbacks(0) |
誰でも簡単にPrimer設計!への道 〜QuickPrimerのTarget機能について〜
こんにちは。タノです。
今日の東京は、とてもお天気に恵まれていました。思わず鼻唄が出てしまいました。

昨日のブログでは、Primer設計ソフトである“QuickPrimer”を開発中であることをお伝えしました。
本日は、“QuickPrimer”に含まれるTarget機能について書いていこうと思います。よろしくお願いします。

機能1 Target機能
ここからは、上記の図にありますように、あるゲノム配列に目的の配列や塩基(SNP:一塩基多型)などが見つかった際の例を取り上げます。

Primer3を用いてprimer設計する場合は、増幅させたい配列の箇所(今後Targetと記します)を含めた範囲でprimerの長さなどを考慮しながら行います。
しかし、このTargetが数百・数千といった場合、1か所ずつ設定することは不可能です。

今回弊社が開発した“QuickPrimer”では、一括して複数の領域のプライマーを設計することができます。

まず初めの設定画面でTarget(上図でいうならばSNP1, SNP2, SNP3の箇所)を設定し、ボタンを一回押すだけで、各Targetごとにprimerの情報を得ることができます。
とてもシンプルな機能ですが、あるととても便利だと思います。
| | プライマー設計 | 20:40 | comments(0) | trackbacks(0) |
誰でも簡単にPrimer設計!への道 ~Primer3について~
こんにちは。タノです。
本日からPrimer設計ソフトに関する記事を書いていきます。よろしくお願いします。

ある先生からこんなことを言われました。
「Primerを設計するときはさ、配列マップを見ながら目的の配列に近い部分を探して、GC含有量やTmを考慮しながら設計をしているよ。面倒だし、なかなか思い通りには増えないんだ。」

その先生曰く、Primer設計ソフトを試してみたこともあるとのことでしたが、条件設定が簡単でかつ1度の設定で多数のプライマー設計結果が得られるようにかゆい所に手が届くようなものがないとおっしゃっておりました。

弊社のブログでは、以前よりフリーのプライマー設計ツールであるPrimer3を紹介させていただいております(参照ブログ)。
こちらのツールは、YouTubeにも使い方が掲載されるほど、世界中で使用されているオープンソースツールです。
ユーザーは、目的の位置や、primerの長さ、Tmなど様々な条件を設定することができ、かつ瞬時に設計されたprimerの情報を得ることができます。
Primer3は、コマンドラインを用いることで、タンデムまたは複数箇所のprimerを容易に設計することが可能です。一方で、優れた機能がある反面、慣れない方にはコマンドラインを書くことが面倒でもあります。
先ほどの先生がおっしゃった「かゆいところに手が届くようなものがない」とはまさにここです。
そこで弊社では、必要最小限の情報をユーザーが記入するだけで、タンデムにおよび複数のターゲットから設計可能なプライマー設計ソフト“QuickPrimer”を作成致しました。

このソフトは、Primer3のWindows版GUIインターフェースです。

明日からは、“QuickPrimer”に含まれる2つの機能の詳細を書いていきます。
| | プライマー設計 | 18:00 | comments(2) | trackbacks(0) |
プライマー設計ソフト「Primer3」のGUIインターフェース
先々週の金曜日にアナウンスしました「Windows版 Primer3のGUIフロントエンド」について、多数のお問い合わせをいただいております。
この場を借りてお礼申し上げます。

Web版やコマンドライン版、有償のプライマー設計ソフトはいくつか存在しますし、バクテリアや特殊な条件など特化型のプライマー設計ソフトもいくつか存在します。

その中で「Primer3」は業界標準といっても過言ではないほど一般的な「オープンソース」のプライマー設計ソフトで、Web版とコマンドライン版が公開されています。

私自身、10年余り前にこの業界(SNPやバイオインフォマティクス分野)に入ってからの最初の5年間は、ABIのキャピラリーシーケンサーでヒトゲノムをリシーケンシングしながらSNPを探索するプロジェクトにも携わっていました。

サンガー法によるシーケンシングですので、PCRでの増幅とシーケンシングにプライマーの設計が欠かせません。しかも長い領域(数百kbp)を連続してシーケンシングするため、プライマー設計だけで何千ペア以上も設計することが度々ありました。

近年でも、SNPによるGWAS解析におけるReplication解析(2段階目や3段階目のSNP関連解析)の際に、SNP周辺をPCR増幅するためのプライマー設計で数千〜数万ペアを設計することもあります。

そんな事情もありましたので、Primer3には以前から大変お世話になってきました。Web版のPrimer3では1ペアずつしか設計できませんので、プログラミングをして、コマンドライン版のPrimer3で大量のプライマーを設計するノウハウを積み上げてきました。
(余談ですが、未公開ながらこれで論文を1本書いたこともあります。全ゲノムにBLASTして単一であることを確認したプライマーペアなので、実験成功率が10%ほど上昇しました。)

大量にプライマーを設計する理由として、、
1.連続した領域をシーケンシングする
2.SNPなどマーカーを起点としてPCRする
と考えましたので、そのようなプライマー設計をする際に便利になるであろうというGUIソフト(Windows版のPrimer3のGUIインターフェース)を開発しました。

開発は終わっているため、現在は公開に向けて準備中です。
公開までもう少々お待ちください。

ご意見やご要望などがございましたら、お問い合わせまでご連絡ください。
| 社長 | プライマー設計 | 23:41 | comments(0) | trackbacks(0) |
Primer3の使い方
こちらのブログでも紹介しているプライマー設計ソフト
「Primer3」ですが、セットアップ方法や使い方についての
お問い合わせをいくつか頂いております。


Windows版も公開されていますが、
基本的にはCUI(コマンドライン)上で動作させるプログラムなので、
少々敷居が高くなっています。

使い勝手が良いのは、Mac OS X
Linux上で動作させることですので、
私たちはLinux(CentOS 5.4 64bit)で動作させています。

そこで、私たちが利用しているLinuxサーバーで使用する方法を
簡単にご説明したいとおもいます。



大まかな流れは以下になります。
(用語がわからなくても、とりあえず無視してください)
1.ソフトをダウンロードする
2.コンパイルする
3.適切な場所(ディレクトリ)に配置する
4.コマンドラインから実行して動作確認する


1.ソフトをダウンロード
Primer3の「Downloadページ」から、
圧縮されたプログラムをダウンロード。
ここでは、安定版であるRelease 1.1.4 (Apr 28, 2008)
「primer3-1.1.4.tar.gz」をダウンロードしました。


2.ダウンロードしたファイルを展開し、コンパイルします
※)root権限が必要な操作もありますので、
rootユーザーで実行することをオススメします
# mkdir /usr/local/primer3 # Primer3用のディレクトリを作成(ディレクトリ名は一例です)
$ cd /usr/local/primer3 # そのディレクトリ内に移動
$ tar zxf primer3-1.1.4.tar.gz # 展開
$ cd src # プログラムが収められているフォルダに移動
$ make # コンパイル

無事に、primer3_coreというファイルが
出来上がっていることを確認します。


3.適切な場所に配置
使い勝手を良くするため、
以下のようにリンク(ショートカット)を作成しました。
# cd /usr/local/bin # パスが通っているフォルダに移動
# ln -s /usr/local/primer3/src/primer3_core primer3 # primer3というリンクを作成


4.動作確認
Primer3を展開したディレクトリにサンプルファイル
「example」がありますので、これで動作確認します。
$ primer3 < example

すぐに大量の情報が画面に流れてきましたか?

それぞれの項目の意味は、Readmeファイルを参照いただくとして、
最低限利用する項目だけ以下にリストします。
・PRIMER_SEQUENCE_ID=example
・PRIMER_LEFT_SEQUENCE=TGACNACTGACGATGCAGA
・PRIMER_RIGHT_SEQUENCE=ATCGATTTGGGTCGGGAT
・PRIMER_LEFT=15,19
・PRIMER_RIGHT=94,18
・PRIMER_LEFT_TM=57.619
・PRIMER_RIGHT_TM=60.096

特に設定をしないと通常は複数のプライマー候補が設計されますので、
「PRIMER_LEFT_2」などと番号が付いた項目となります。


【まとめ】
はっきりいいまして、
このままだと不便で使い物になりません


プログラムを組んで自動的に大量のプライマー設計をする用途には向いていますが、一つ一つのプライマーを設計する場合は用意されているWebインターフェースを利用した方が便利です。

大量にプライマーを設計する場合は、プログラムを作成して自動化するか、
外注するかになるとおもいます。

この状況は実験をするうえで大変不便ですので、Webインターフェース上で大量にプライマーを設計するSaaS型サービスを準備中です。

現在でもプライマー設計サービス(ヒト・マウス・酵母・大腸菌など)はアメリエフで受注していますが、
わざわざ注文しなくてもWeb上で自身で何度でもプライマー設計できるようになる予定です。

詳しくはお問い合わせください。
お問い合わせ

| 社長 | プライマー設計 | 16:39 | comments(0) | trackbacks(0) |
プライマー設計ツール -目的に合ったプライマーを設計したい!2-
前回は、Primer3を用いて
複数のプライマー設計を一気に行いました。

条件を設定するだけで、
自動的に、
配列情報を探して
Primer3にかけて
結果から必要な情報だけを取り出して
一覧表にしてくれる。

そんなツールを作れないだろうかと考えています。

ゲノムワイド連鎖解析やゲノムワイド関連解析(GWAS)によって
検出された特定の領域あるいは関連が予想される遺伝子の
SNPを網羅的に解析したりシーケンシングするときに、

webページを開いて、
SNP名(rs ID)の一覧を入力して条件を設定すると、
Primerが設計されて一覧が出来上がる
というイメージです。

SNP名だけでなく、
位置情報からもプライマー設計できたり、

ある領域を網羅的に解析するための
連続的な(contiguous)なプライマー設計もできるように

ツールを開発しています。


他にもアイデアがございましたら、
是非お聞かせください。


お問い合わせページ
http://amelieff.jp/enquiry/index.html


| きむ | プライマー設計 | 11:02 | comments(0) | trackbacks(0) |
プライマー設計ツール -目的に合ったプライマーを設計したい!1-
今回と次回は、実際の研究を想定してprimer3を使ってみます。


ある病気の原因遺伝子を探索する研究を考えます。

まず、ゲノム全域を探索する(ゲノムワイド関連解析 = GWAS)ため、
100万SNPのジェノタイピングアレイを行いました。
統計的な検定を行うと、
病気と関連がありそうな新規候補SNPがいくつか見つかりました。

新規候補SNPの近傍の遺伝子を詳しく調べたい!!

ということになると、
新規候補SNPや遺伝子近傍のSNPを複数探してきて、
SNPタイピングを行うことになります。

TaqMan PCR法
Invader法
MALDI-TOF/MS法
方法はいろいろありますが鋳型DNAが必要になりますね。

この鋳型DNAを作成するためのプライマー設計を
Primer3でやってみます。

前置きがだいぶ長くなりましたが、
このとき何セットくらいのプライマーが必要でしょうか??
標的を絞ったとはいえ、かなりの量になりそうです。

まずは、web上で行ってみます。
ひとつずつ、配列を入力して、条件を設定します。
ちょっとした手間でも、
何度も繰り返すのは負担ですね・・。

次に、コマンドラインで試してみます。

$ primer3
PRIMER_SEQUENCE_ID=123
SEQUENCE=GAACTTGG(省略)AAG
TARGET=81,100
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-260
PRIMER_MIN_SIZE=18
PRIMER_MAX_SIZE=24
PRIMER_MIN_TM=59
PRIMER_MAX_TM=61
PRIMER_NUM_RETURN=2
=
PRIMER_SEQUENCE_ID=1234
SEQUENCE=tcccagct(省略)cta
TARGET=81,100
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-260
PRIMER_MIN_SIZE=18
PRIMER_MAX_SIZE=24
PRIMER_MIN_TM=59
PRIMER_MAX_TM=61
PRIMER_NUM_RETURN=2
=
PRIMER_SEQUENCE_ID=12345
SEQUENCE=gacataaa(省略)AGC
TARGET=81,100
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-260
PRIMER_MIN_SIZE=18
PRIMER_MAX_SIZE=24
PRIMER_MIN_TM=59
PRIMER_MAX_TM=61
PRIMER_NUM_RETURN=2
=


Enter keyを押すと結果が表示されました。

だいぶ楽になりました。
PRIMER_SEQUENCE_IDとSEQUENCEはそれぞれ違いますが、
条件は同じ文章ですね。

こうなると、SEQUENCEを探してくる作業を自動化するだけで
かなりのスピードアップができそうです。

次回へ♪


【参考】
・Primer3
http://primer3.sourceforge.net/




| きむ | プライマー設計 | 14:44 | comments(0) | trackbacks(0) |
プライマー設計ツール -Primer3-
今日は、プライマー設計のお話です。

PCRでDNAを増幅させるとき、プライマーが必要ですね。

私は、
ターゲットとなる配列を眺めながら、
塩基の偏りがなさそうな領域を見つけ出し、
反復配列や相補的配列に気を配りながら、
GC含量やTmを計算して、
おっと!3'末端がTなのはよろしくないなぁ・・
なんて言いながら設計をしていました。

10セットのプライマーを作ろうとするだけでも結構な時間がかかりました。


そこで、フリーのプライマー設計ツールを探したところ、
ゲノム解析リンク集に行きつきました。

その中でも、よく耳にするPrimer3
プライマー設計のお手伝いしてもらいましょう。

まず、web上で試してみます。



1.配列を入力
ターゲットの配列だけでなく前後の配列も入力します。

2.Targetsを入力
「ターゲットの配列は、さっき入力した配列の81番目の塩基から100塩基分なんです」
というときは、"81, 100"と入力します。
つまり、"スタートの位置, 長さ"ですね。

3.Pick Primersをクリック
結果が表示されます。
プライマーの基本情報はもちろん、
プライマー間の距離(Product Size)も表示されます。

Number To Returnで表示させるプライマーの数も増やせそうです。
いろいろな条件を設定できますね。


次に、コマンドラインでも試してみます。

ソースコードが公開されているのでダウンロードして、
READMEを読んだら、さっそく使ってみましょう。
Linuxを使用しています。

$ primer3
PRIMER_SEQUENCE_ID=123
SEQUENCE=GAACTTGG(省略)AAG
TARGET=81,100
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-260
PRIMER_MIN_SIZE=18
PRIMER_MAX_SIZE=24
PRIMER_MIN_TM=59
PRIMER_MAX_TM=61
PRIMER_NUM_RETURN=2
=


Enter keyを押すとあっというまに結果が表示されました。

条件を増やしたりきつくするには、
前後の配列を広くとる必要がありそうです。

次回に続きます♪


【参考】
・ゲノム解析リンク集
http://www-btls.jst.go.jp/Links/

・Primer3
http://primer3.sourceforge.net/

| きむ | プライマー設計 | 10:30 | comments(0) | trackbacks(0) |
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